seq1 = pF1KE0411.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE0411/gi568815584f_59386712.tfa (gi568815584f:59386712_59604069), 217358 bp

>pF1KE0411 933
>gi568815584f:59386712_59604069 (Chr14)

1-96  (99998-100093)   97% ->
97-251  (100963-101117)   100% ->
252-458  (108307-108513)   100% ->
459-640  (112016-112197)   100% ->
641-717  (114480-114556)   100% ->
718-933  (117143-117358)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTCGATATTCAACCAGCATGCCTTGGACTTTATTGTGGGAAGAC
        |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 AAAGCTGTCGATATTCAACCAGCATGCCTTGGACTTTATTGTGGGAAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTATTATTTAAAAATGGCTCAACTGAAATATATGGAGAATGTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100048 CCTATTATTTAAAAATGGCTCAACTGAAATATATGGAGAATGTGGGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTATGCCCAAGAGGACAGAGAACGAATGCACAGAAATATTGTCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 ..TAGGTATGCCCAAGAGGACAGAGAACGAATGCACAGAAATATTGTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTGCACAGAATCTCCTGAACTTTATGATTGGCTCTATCTTGGATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101008 CCTTGCACAGAATCTCCTGAACTTTATGATTGGCTCTATCTTGGATTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCAATGCTTCCTCTGGTTTTACATTGGTTCTTCATTGAATGGTACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101058 GGCAATGCTTCCTCTGGTTTTACATTGGTTCTTCATTGAATGGTACTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAAAAAGAG         TTCCAGCGCACTTTTCCAACACATCACTGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101108 GGAAAAAGAGGTT...TAGTTCCAGCGCACTTTTCCAACACATCACTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTATTTGAATGCAGCATGGCAGCTATTATCACCTTACTTGTGAGTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108338 TTATTTGAATGCAGCATGGCAGCTATTATCACCTTACTTGTGAGTGATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTTGGTGTTCTTTATATTCGTTCATGTCGAGTATTGATGCTTTCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108388 AGTTGGTGTTCTTTATATTCGTTCATGTCGAGTATTGATGCTTTCTGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGTACACGATGCTTTACAACCCAAGTCCAGATTACGTTACCACAGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108438 GGTACACGATGCTTTACAACCCAAGTCCAGATTACGTTACCACAGTACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTACTCATGAAGCCGTCTACCCACT         ATATACCATTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108488 TGTACTCATGAAGCCGTCTACCCACTGTA...CAGATATACCATTGTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATCTATTACGCATTCTGCTTGGTATTAATGATGCTGCTCCGACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112031 TATCTATTACGCATTCTGCTTGGTATTAATGATGCTGCTCCGACCTCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTGAAGAAGATTGCATGTGGGTTAGGGAAATCTGATCGATTTAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112081 TGGTGAAGAAGATTGCATGTGGGTTAGGGAAATCTGATCGATTTAAAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTTATGCTGCACTTTACTTCTTCCCAATTTTAACCGTGCTTCAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112131 ATTTATGCTGCACTTTACTTCTTCCCAATTTTAACCGTGCTTCAGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGTGGAGGCCTTTTAT         ATTACGCCTTCCCATACATTATAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112181 TGGTGGAGGCCTTTTATGTA...CAGATTACGCCTTCCCATACATTATAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAGTGTTATCTTTGGTTACTCTGGCTGTGTACATGTCTGCTTCTGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114504 TAGTGTTATCTTTGGTTACTCTGGCTGTGTACATGTCTGCTTCTGAAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAG         AACTGCTATGATCTTCTGGTCAGAAAGAAAAGACTTAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114554 GAGGTA...TAGAACTGCTATGATCTTCTGGTCAGAAAGAAAAGACTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTTCTCTTCAGCCACTGGTTACTTCATGCCTATGGAATAATCTCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117181 TGTTCTCTTCAGCCACTGGTTACTTCATGCCTATGGAATAATCTCCATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGAGTGGATAAACTTGAGCAAGATTTGCCCCTTTTGGCTTTGGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117231 CCAGAGTGGATAAACTTGAGCAAGATTTGCCCCTTTTGGCTTTGGTACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACACCAGCCCTTTTTTACTTGTTCACTGCAAAATTTACCGAACCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117281 ACACCAGCCCTTTTTTACTTGTTCACTGCAAAATTTACCGAACCTTCAAG

    950     .    :    .    :    .
    906 GATACTCTCAGAAGGAGCCAATGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 117331 GATACTCTCAGAAGGAGCCAATGGACAC