seq1 = pF1KE0410.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KE0410/gi568815597r_201035666.tfa (gi568815597r:201035666_201253923), 218258 bp

>pF1KE0410 555
>gi568815597r:201035666_201253923 (Chr1)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-158  (102072-102163)   100% ->
159-273  (107070-107184)   100% ->
274-405  (109973-110104)   99% ->
406-555  (118109-118258)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCTTATCTTTGGTGGCTGTGGTCGGGTGTTTGCTGGTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTCTTATCTTTGGTGGCTGTGGTCGGGTGTTTGCTGGTGCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGAAGCCAACAAG         AGTTCTGAAGATATCCGGTGCAAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTGAAGCCAACAAGGTG...CAGAGTTCTGAAGATATCCGGTGCAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATCTGTCCACCTTATAGAAACATCAGTGGGCACATTTACAACCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102097 GCATCTGTCCACCTTATAGAAACATCAGTGGGCACATTTACAACCAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTATCCCAGAAGGACTG         TTGTAGCAACTGCCTGCACGTGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102147 GTATCCCAGAAGGACTGGTA...CTGTTGTAGCAACTGCCTGCACGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGCCCATGCCAGTGCCTGGCCATGACGTGGAGGCCTACTGCCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107094 GGAGCCCATGCCAGTGCCTGGCCATGACGTGGAGGCCTACTGCCTGCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGAGTGCAGGTACGAGGAGCGCAGCACCACCACCATCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107144 GCGAGTGCAGGTACGAGGAGCGCAGCACCACCACCATCAAGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCATCATTGTCATCTACCTGTCCGTGGTGGGTGCCCTGTTGCTCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109973 GTCATCATTGTCATCTACCTGTCCGTGGTGGGTGCCCTGTTGCTCTACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCTTCCTGATGCTGGTGGACCCTCTGATCCGAAAGCCGGATGCATACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 110023 GGCCTTCCTGATGCTGGTGGACCCTCTGATCCGAAAGCCGGATGCATATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAGCAACTGCACAATGAGGAGGAGAATGAG         GATGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110073 CTGAGCAACTGCACAATGAGGAGGAGAATGAGGTA...CAGGATGCTCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTATGGCAGCAGCTGCTGCATCCCTCGGGGGACCCCGAGCAAACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118118 TCTATGGCAGCAGCTGCTGCATCCCTCGGGGGACCCCGAGCAAACACAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGAGCGTGTGGAAGGTGCCCAGCAGCGGTGGAAGCTGCAGGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118168 CCTGGAGCGTGTGGAAGGTGCCCAGCAGCGGTGGAAGCTGCAGGTGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCAGCGGAAGACAGTCTTCGATCGGCACAAGATGCTCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118218 AGCAGCGGAAGACAGTCTTCGATCGGCACAAGATGCTCAGC