seq1 = pF1KE0409.tfa, 585 bp
seq2 = pF1KE0409/gi568815597f_95134231.tfa (gi568815597f:95134231_95344710), 210480 bp

>pF1KE0409 585
>gi568815597f:95134231_95344710 (Chr1)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-585  (109981-110480)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCCTGTGCAGGAGGAGCTCTCGGTCCTGGCCGCGATTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCCTGTGCAGGAGGAGCTCTCGGTCCTGGCCGCGATTTTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGCCCCACGAGTGGGAGGTGCTGAGCCGCTCAG         AGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CAGGCCCCACGAGTGGGAGGTGCTGAGCCGCTCAGGTG...CAGAGACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGGACCGTGTTCAGAATTCACACAAAAGCTGAAGGATTTATGGATGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 109987 ATGGGACCGTGTTCAGAATTCACACAAAAGCTGAAGGATTTATGGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATATACCTCTGGAATTGGTGTTCCATTTGCCAGTCAATTATCCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110037 GATATACCTCTGGAATTGGTGTTCCATTTGCCAGTCAATTATCCTTCATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTACCTGGTATCTCGATTAACTCTGAACAGTTGACCAGGGCCCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110087 TCTACCTGGTATCTCGATTAACTCTGAACAGTTGACCAGGGCCCAGTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACTGTGAAAGAGAAGTTACTTGAGCAAGCAGAGAGCCTTTTGTCGGAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 110137 TGACTGTGAAAGAGAATTTACTTGAGCAAGCAGAGAGCCTTTTGTCGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTATGGTTCATGAGCTGGTTCTCTGGATTCAGCAGAATCTCAGGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110187 CCTATGGTTCATGAGCTGGTTCTCTGGATTCAGCAGAATCTCAGGCATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCAGCCAACCAGAAACTGGCAGTGGCAGTGAAAAGTGTACTTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110237 CCTCAGCCAACCAGAAACTGGCAGTGGCAGTGAAAAGTGTACTTTTTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAAGCACGACCATGGATGATGGATTGTGGATAACTCTTTTGCATTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110287 CAAGCACGACCATGGATGATGGATTGTGGATAACTCTTTTGCATTTAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CACATGAGAGCAAAGACTAAATATGTCAAAATTGTGGAGAAGTGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110337 CACATGAGAGCAAAGACTAAATATGTCAAAATTGTGGAGAAGTGGGCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGATTTAAGGCTGACAGGAAGACTGATGTTCATGGGTAAAATAATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110387 AGATTTAAGGCTGACAGGAAGACTGATGTTCATGGGTAAAATAATACTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTTACTACAGGGAGACAGAAACAACCTCAAGGTGCCAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110437 TTTTACTACAGGGAGACAGAAACAACCTCAAGGTGCCAAAAAGT