seq1 = pF1KE0406.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KE0406/gi568815595r_58328037.tfa (gi568815595r:58328037_58533809), 205773 bp

>pF1KE0406 1023
>gi568815595r:58328037_58533809 (Chr3)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-150  (101826-101933)   100% ->
151-213  (102017-102079)   100% ->
214-249  (102182-102217)   100% ->
250-535  (102868-103153)   99% ->
536-646  (103572-103682)   100% ->
647-738  (104011-104102)   100% ->
739-880  (105196-105337)   100% ->
881-1023  (105631-105773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGTGTCTGGCTTGGTGCGGAGACCCCTTCGGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGCGGCGGTGTCTGGCTTGGTGCGGAGACCCCTTCGGGAGGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  GTGACAGTTCGTGATGCTATAAATCAGGGTATGGATGAGGAGCTGGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101825 GGTGACAGTTCGTGATGCTATAAATCAGGGTATGGATGAGGAGCTGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGATGAGAAGGTATTTCTGCTTGGAGAAGAAGTTGCCCAGTATGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101875 GAGATGAGAAGGTATTTCTGCTTGGAGAAGAAGTTGCCCAGTATGATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATACAAG         GTTAGTCGAGGGCTGTGGAAGAAATATGGAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101925 GCATACAAGGTA...TAGGTTAGTCGAGGGCTGTGGAAGAAATATGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGAGGATTATTGACACTCCCATATCAGAG         ATGGGCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102049 CAAGAGGATTATTGACACTCCCATATCAGAGGTA...TAGATGGGCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGGAATTGCTGTAGGTGCAGCTATG         GCTGGGTTGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102192 CTGGAATTGCTGTAGGTGCAGCTATGGTA...CAGGCTGGGTTGCGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATTTGTGAATTTATGACCTTCAATTTCTCCATGCAAGCCATTGACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102883 ATTTGTGAATTTATGACCTTCAATTTCTCCATGCAAGCCATTGACCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TATAAACTCAGCTGCCAAGACCTACTACATGTCTGGTGGCCTTCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102933 TATAAACTCAGCTGCCAAGACCTACTACATGTCTGGTGGCCTTCAGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCCTATAGTCTTCAGGGGGCCCAATGGTGCCTCAGCAGGTGTAGCTGCC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102983 TGCCTATAGTCTTCAGAGGGCCCAATGGTGCCTCAGCAGGTGTAGCTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGCACTCACAGTGCTTTGCTGCCTGGTATGGGCACTGCCCAGGCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 CAGCACTCACAGTGCTTTGCTGCCTGGTATGGGCACTGCCCAGGCTTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTGGTCAGTCCCTGGAATTCAGAGGATGCTAAAGGACTTATTAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 GGTGGTCAGTCCCTGGAATTCAGAGGATGCTAAAGGACTTATTAAATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATTCGGGATAACAATCCAG         TGGTGGTGCTAGAGAATGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103133 CCATTCGGGATAACAATCCAGGTC...CAGTGGTGGTGCTAGAGAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTGATGTATGGGGTTCCTTTTGAATTTCCTCCGGAAGCTCAGTCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103592 TTGATGTATGGGGTTCCTTTTGAATTTCCTCCGGAAGCTCAGTCAAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTTCTGATTCCTATTGGAAAAGCCAAAATAGAAAGGCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103642 TTTTCTGATTCCTATTGGAAAAGCCAAAATAGAAAGGCAAGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAACACATATAACTGTGGTTTCCCATTCAAGACCTGTGGGCCACTGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104011 GAACACATATAACTGTGGTTTCCCATTCAAGACCTGTGGGCCACTGCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGCTGCAGCAGTGCTATCTAAAGAAGGAGTTGAATGTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104061 GAAGCTGCAGCAGTGCTATCTAAAGAAGGAGTTGAATGTGAGGTG...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  GTGATAAATATGCGTACCATTAGACCAATGGACATGGAAACCATAGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105195 GGTGATAAATATGCGTACCATTAGACCAATGGACATGGAAACCATAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAGTGTCATGAAGACAAATCATCTTGTAACTGTGGAAGGAGGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105245 CCAGTGTCATGAAGACAAATCATCTTGTAACTGTGGAAGGAGGCTGGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGTTTGGAGTAGGAGCTGAAATCTGTGCCAGGATCATGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105295 CAGTTTGGAGTAGGAGCTGAAATCTGTGCCAGGATCATGGAAGGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    881   GTCCTGCGTTCAATTTCCTGGATGCTCCTGCTGTTCGTGTCACTGGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105629 AGGTCCTGCGTTCAATTTCCTGGATGCTCCTGCTGTTCGTGTCACTGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGATGTCCCTATGCCTTATGCAAAGATTCTAGAGGACAACTCTATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105679 CTGATGTCCCTATGCCTTATGCAAAGATTCTAGAGGACAACTCTATACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    979 CAGGTCAAAGACATCATATTTGCAATAAAGAAAACATTAAATATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105729 CAGGTCAAAGACATCATATTTGCAATAAAGAAAACATTAAATATT