seq1 = pF1KE0404.tfa, 822 bp
seq2 = pF1KE0404/gi568815587f_46836806.tfa (gi568815587f:46836806_47261191), 424386 bp

>pF1KE0404 822
>gi568815587f:46836806_47261191 (Chr11)

144-280  (215578-215713)   97% ->
281-365  (300840-300924)   100% ->
366-451  (318371-318456)   100% ->
452-647  (320218-320413)   100% ->
648-757  (321008-321117)   100% ->
758-822  (324322-324386)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144 TGAATATTTTAACAGTGTATGCCAGGGAACACACATTCTCTTTCGAGAAT
        || | -||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215578 TGCAG TTTTAACAGTGTATGCCAGGGAACACACATTCTCTTTCGAGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194 TCAGCTTCGTCCAAGCCACCCCCCACAATAGGGTATCATTTTTACGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215627 TCAGCTTCGTCCAAGCCACCCCCCACAATAGGGTATCATTTTTACGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    244 TTCTGGAGATGCTTCCGAACTGTGGGCAAAAATGGCG         ATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 215677 TTCTGGAGATGCTTCCGAACTGTGGGCAAAAATGGCGGTA...CAGATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285 GCTGACCATGAAAGAATATCACTGTTTGCTGCAATTACTGTGTCCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300844 GCTGACCATGAAAGAATATCACTGTTTGCTGCAATTACTGTGTCCTGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335 TCCCGCTGGAGCTCACTCAGAAAGCAGCCAG         GATTGTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 300894 TCCCGCTGGAGCTCACTCAGAAAGCAGCCAGGTA...CAGGATTGTGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376 ATGGACGATGCCATGGACTGCTTGATGTCTTTTTCAGATTTCCTCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318381 ATGGACGATGCCATGGACTGCTTGATGTCTTTTTCAGATTTCCTCTTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426 CTTCCAGATCCAGTTTTACTACTCAG         AATTCCTGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 318431 CTTCCAGATCCAGTTTTACTACTCAGGTG...CAGAATTCCTGGACAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467 TGGCTGCCATCTATGAGGACCTGCTGTCAGGCAAGAACCCCAACACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320233 TGGCTGCCATCTATGAGGACCTGCTGTCAGGCAAGAACCCCAACACAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517 ATTGTGCCGACGTCGTCCAGTGGGCAGCACCGCCAACGACCTGCCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320283 ATTGTGCCGACGTCGTCCAGTGGGCAGCACCGCCAACGACCTGCCTTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567 CGGGGCCGGCACGCTGGAGGGCGTGGAGGCGTCGCTGTTCTACCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320333 CGGGGCCGGCACGCTGGAGGGCGTGGAGGCGTCGCTGTTCTACCAGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617 TGGAAAACCTGTGTGATCGGCACAAGTACAG         CTGCCCACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 320383 TGGAAAACCTGTGTGATCGGCACAAGTACAGGTG...TAGCTGCCCACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658 CCAGCACTTGTCAAAGAGGCCCTCAGCAATGTTCAGAGACTGACCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321018 CCAGCACTTGTCAAAGAGGCCCTCAGCAATGTTCAGAGACTGACCTTCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708 TGGATTCCTCATGGCTCTCTCAAAGCACCGTGGAATCAACCAAGCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321068 TGGATTCCTCATGGCTCTCTCAAAGCACCGTGGAATCAACCAAGCCCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758          GAGCTTTGCCTGACAAGGGGGATCTGATGCACGACCCAGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321118 GTA...TAGGAGCTTTGCCTGACAAGGGGGATCTGATGCACGACCCAGCA

    700     .    :    .    :
    799 ATGGATGAAGAGCTGGAACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||
 324363 ATGGATGAAGAGCTGGAACGGCTG