seq1 = pF1KE0402.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KE0402/gi568815587r_118444919.tfa (gi568815587r:118444919_118659829), 214911 bp

>pF1KE0402 912
>gi568815587r:118444919_118659829 (Chr11)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-185  (102785-102924)   100% ->
186-260  (104508-104582)   100% ->
261-354  (104747-104840)   100% ->
355-483  (105243-105371)   100% ->
484-605  (107495-107616)   100% ->
606-672  (107978-108044)   100% ->
673-733  (113977-114037)   100% ->
734-819  (114336-114421)   100% ->
820-912  (114819-114911)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGATAACAGCAGTGATGAGTGTGAAGAGGAAAATAACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGCTGATAACAGCAGTGATGAGTGTGAAGAGGAAAATAACAAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GAGAAGAAGAAGACCTCACAGTTGACACCTCAACGGGGCTTTAGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGAGAAGAAGAAGACCTCACAGTTGACACCTCAACGGGGCTTTAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAATGAGGATGACGATGATGATGATGATGATTCATCTGAAACTGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102831 AAAATGAGGATGACGATGATGATGATGATGATTCATCTGAAACTGATTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATTCTGATGATGATGATGAAGAGCATGGAGCCCCTCTGGAAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102881 GATTCTGATGATGATGATGAAGAGCATGGAGCCCCTCTGGAAGGGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GGCCTATGACCCTGCAGACTATGAGCATTTGCCAGTTTCTGCTGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104505 CAGGGCCTATGACCCTGCAGACTATGAGCATTTGCCAGTTTCTGCTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAAGGAACTCTTCCAGTACATCAGTAG         GTACACACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104555 TTAAGGAACTCTTCCAGTACATCAGTAGGTG...TAGGTACACACCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGATTGACCTGGACCACAAACTGAAGCCTTTCATTCCTGATTTTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104760 TTGATTGACCTGGACCACAAACTGAAGCCTTTCATTCCTGATTTTATCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCTGTCGGGGATATTGATGCATTCTTAAAG         GTCCCACGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104810 AGCTGTCGGGGATATTGATGCATTCTTAAAGGTA...CAGGTCCCACGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGATGGAAAGCCTGACAACCTTGGCCTATTGGTATTGGATGAACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105253 CTGATGGAAAGCCTGACAACCTTGGCCTATTGGTATTGGATGAACCTTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACAAAGCAGTCAGACCCTACGGTGCTCTCACTCTGGTTAACAGAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 ACAAAGCAGTCAGACCCTACGGTGCTCTCACTCTGGTTAACAGAGAATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAAGCAGCACAACATCACA         CAACATATGAAAGTAAAAAGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105353 TAAGCAGCACAACATCACAGTA...TAGCAACATATGAAAGTAAAAAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGAAGATGCAGAAAAGAATCCCAAAGCCATTGACACGTGGATTGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107517 TAGAAGATGCAGAAAAGAATCCCAAAGCCATTGACACGTGGATTGAGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCTCTGAATTACACCGTTCTAAGCCCCCTGCGACTGTGCACTACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107567 ATCTCTGAATTACACCGTTCTAAGCCCCCTGCGACTGTGCACTACACCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606          GCCCATGCCCGACATTGACACGCTGATGCAGGAATGGTCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107617 GTA...TAGGCCCATGCCCGACATTGACACGCTGATGCAGGAATGGTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGGAGTTTGAAGAGCTTTTGGGCAAG         GTAAGCCTGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108019 CGGAGTTTGAAGAGCTTTTGGGCAAGGTG...CAGGTAAGCCTGCCCACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCAGAGATTGATTGCAGCCTGGCAGAGTACATTGACATGATCTGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113992 GCAGAGATTGATTGCAGCCTGGCAGAGTACATTGACATGATCTGTGGTG.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734      CCATTCTAGACATCCCTGTCTACAAGAGTCGGATCCAGTCCCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114042 ..CAGCCATTCTAGACATCCCTGTCTACAAGAGTCGGATCCAGTCCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATCTGCTCTTTTCCCTCTACTCAGAATTCAAGAACTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114381 ATCTGCTCTTTTCCCTCTACTCAGAATTCAAGAACTCACAGGTG...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CATTTTAAAGCTCTCGCTGAAGGCAAGAAAGCATTCACTCCTTCATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114819 CATTTTAAAGCTCTCGCTGAAGGCAAGAAAGCATTCACTCCTTCATCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TTCCACCTCCCAAGCTGGAGACATGGAGACATTAACCTTCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114869 TTCCACCTCCCAAGCTGGAGACATGGAGACATTAACCTTCAGC