seq1 = pF1KE0400.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KE0400/gi568815597r_225786730.tfa (gi568815597r:225786730_226041140), 254411 bp

>pF1KE0400 1098
>gi568815597r:225786730_226041140 (Chr1)

(complement)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-497  (101139-101385)   100% ->
498-737  (101541-101780)   100% ->
738-1098  (103337-103697)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCCCCTGTGGCTCTGCTGGGCACTCTGGGTGCTGCCCCTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCCCCTGTGGCTCTGCTGGGCACTCTGGGTGCTGCCCCTGGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGGGCGGCCCTGACCGAGGAGCAGCTCCTGGGCAGCCTGCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGGGGCGGCCCTGACCGAGGAGCAGCTCCTGGGCAGCCTGCTGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGCAGCTCAGCGAGGTGCCCGTACTGGACAGGGCCGACATGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGCAGCTCAGCGAGGTGCCCGTACTGGACAGGGCCGACATGGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTCATCCCCGCCCACGTGAGGGCCCAGTATGTAGTCCTGCTGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTCATCCCCGCCCACGTGAGGGCCCAGTATGTAGTCCTGCTGCGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCACGGGGACCGCTCCCGCGGAAAGAGGTTCAGCCAGAGCTTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCACGGGGACCGCTCCCGCGGAAAGAGGTTCAGCCAGAGCTTCCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          AGGTGGCCGGCAGGTTCCTGGCGTCGGAGGCCAGCACACAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTG...CAGAGGTGGCCGGCAGGTTCCTGGCGTCGGAGGCCAGCACACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCTGGTGTTCGGCATGGAGCAGCGGCTGCCGCCCAACAGCGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101180 CTGCTGGTGTTCGGCATGGAGCAGCGGCTGCCGCCCAACAGCGAGCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGGCCGTGCTGCGGCTCTTCCAGGAGCCGGTCCCCAAGGCCGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101230 GCAGGCCGTGCTGCGGCTCTTCCAGGAGCCGGTCCCCAAGGCCGCGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACAGGCACGGGCGGCTGTCCCCGCGCAGCGCCCAGGCCCGGGTGACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101280 ACAGGCACGGGCGGCTGTCCCCGCGCAGCGCCCAGGCCCGGGTGACCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGTGGCTGCGCGTCCGCGACGACGGCTCCAACCGCACCTCCCTCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 GAGTGGCTGCGCGTCCGCGACGACGGCTCCAACCGCACCTCCCTCATCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCCAG         GCTGGTGTCCGTCCACGAGAGCGGCTGGAAGGCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 CTCCAGGTG...CAGGCTGGTGTCCGTCCACGAGAGCGGCTGGAAGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGACGTGACCGAGGCCGTGAACTTCTGGCAGCAGCTGAGCCGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101576 TCGACGTGACCGAGGCCGTGAACTTCTGGCAGCAGCTGAGCCGGCCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGCCGCTGCTGCTACAGGTGTCGGTGCAGAGGGAGCATCTGGGCCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101626 CAGCCGCTGCTGCTACAGGTGTCGGTGCAGAGGGAGCATCTGGGCCCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGCGTCCGGCGCCCACAAGCTGGTCCGCTTTGCCTCGCAGGGGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101676 GGCGTCCGGCGCCCACAAGCTGGTCCGCTTTGCCTCGCAGGGGGCGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCGGGCTTGGGGAGCCCCAGCTGGAGCTGCACACCCTGGACCTCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101726 CCGGGCTTGGGGAGCCCCAGCTGGAGCTGCACACCCTGGACCTCAGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TATGG         AGCTCAGGGCGACTGTGACCCTGAAGCACCAATGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101776 TATGGGTA...CAGAGCTCAGGGCGACTGTGACCCTGAAGCACCAATGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGAGGGCACCCGCTGCTGCCGCCAGGAGATGTACATTGACCTGCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103373 CGAGGGCACCCGCTGCTGCCGCCAGGAGATGTACATTGACCTGCAGGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGAAGTGGGCCAAGAACTGGGTGCTGGAGCCCCCGGGCTTCCTGGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103423 TGAAGTGGGCCAAGAACTGGGTGCTGGAGCCCCCGGGCTTCCTGGCTTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGTGTGTGGGCACCTGCCAGCAGCCCCCGGAGGCCCTGGCCTTCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103473 GAGTGTGTGGGCACCTGCCAGCAGCCCCCGGAGGCCCTGGCCTTCAATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCCATTTCTGGGGCCGCGACAGTGTATCGCCTCGGAGACTGCCTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103523 GCCATTTCTGGGGCCGCGACAGTGTATCGCCTCGGAGACTGCCTCGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCATGATCGTCAGCATCAAGGAGGGAGGCAGGACCAGGCCCCAGGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103573 CCATGATCGTCAGCATCAAGGAGGGAGGCAGGACCAGGCCCCAGGTGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGCCTGCCCAACATGAGGGTGCAGAAGTGCAGCTGTGCCTCGGATGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103623 AGCCTGCCCAACATGAGGGTGCAGAAGTGCAGCTGTGCCTCGGATGGGGC

   1100     .    :    .    :    .
   1074 GCTCGTGCCAAGGAGGCTCCAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||
 103673 GCTCGTGCCAAGGAGGCTCCAGCCA