seq1 = pF1KE0388.tfa, 1830 bp
seq2 = pF1KE0388/gi568815595r_134058156.tfa (gi568815595r:134058156_134350495), 292340 bp

>pF1KE0388 1830
>gi568815595r:134058156_134350495 (Chr3)

(complement)

1-232  (99842-100073)   100% ->
233-354  (127957-128078)   100% ->
355-454  (138889-138988)   100% ->
455-589  (140667-140801)   100% ->
590-643  (142971-143024)   100% ->
644-788  (147622-147766)   100% ->
789-889  (155314-155414)   100% ->
890-1024  (158513-158647)   100% ->
1025-1111  (161573-161659)   100% ->
1112-1181  (167425-167494)   100% ->
1182-1314  (172423-172555)   100% ->
1315-1424  (174457-174566)   100% ->
1425-1584  (174728-174887)   100% ->
1585-1721  (191123-191259)   100% ->
1722-1830  (192232-192340)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGGGGCGGCGCGGCTGGGGCGGCCGGGCCGGAGTTGCCTCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99842 ATGCGTGGGGCGGCGCGGCTGGGGCGGCCGGGCCGGAGTTGCCTCCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCGCGGCCTGAGGGCCCCGCCGCCGCCGCCGCTGCTGCTTCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99892 GGCCCGCGGCCTGAGGGCCCCGCCGCCGCCGCCGCTGCTGCTTCTGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGTTGCCGCTGCTGCCCGCGCCTGGCGCTGCCGCCGCCCCCGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99942 CGCTGTTGCCGCTGCTGCCCGCGCCTGGCGCTGCCGCCGCCCCCGCCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGCCCCCGGAGCTGCAGTCGGCTTCCGCGGGGCCCAGCGTGAGTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99992 CGGCCCCCGGAGCTGCAGTCGGCTTCCGCGGGGCCCAGCGTGAGTCTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGAGCGAGGACGAGGTGCGCCGGCTGATCG         GTCTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100042 CCTGAGCGAGGACGAGGTGCGCCGGCTGATCGGTG...TAGGTCTTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGAACTTTATTATGTGAGAAATGACCTTATTAGTCACTACGCTCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127966 CAGAACTTTATTATGTGAGAAATGACCTTATTAGTCACTACGCTCTATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTAGTCTGTTAGTACCCAGTGAGACAAATTTCCTGCACTTCACCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128016 TTTAGTCTGTTAGTACCCAGTGAGACAAATTTCCTGCACTTCACCTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCGAAGTCCAAG         GTTGAATATAAGCTGGGATTCCAAGTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128066 TGCGAAGTCCAAGGTA...CAGGTTGAATATAAGCTGGGATTCCAAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAATGTTTTGGCAATGGATATGCCCCAGGTCAACATTTCTGTTCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138917 ACAATGTTTTGGCAATGGATATGCCCCAGGTCAACATTTCTGTTCAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGTTCCACGCACTTTATCAG         TGTTTCGGGTAGAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 138967 GAAGTTCCACGCACTTTATCAGGTA...CAGTGTTTCGGGTAGAGCTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGTACTGGCAAAGTAGATTCTGAAGTTATGATACTAATGCAGCTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140686 CTGTACTGGCAAAGTAGATTCTGAAGTTATGATACTAATGCAGCTCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGACAGTAAATTCTTCAAAAAATTTTACCGTCTTAAATTTTAAACGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140736 TGACAGTAAATTCTTCAAAAAATTTTACCGTCTTAAATTTTAAACGAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAATGTGCTACAAAA         AACTTGAAGAAGTAAAAACTTCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 140786 AAAATGTGCTACAAAAGTA...CAGAACTTGAAGAAGTAAAAACTTCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTGGACAAAAACACTAGCAGAACTATTT         ATGATCCTGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 142996 CTTGGACAAAAACACTAGCAGAACTATTTGTA...CAGATGATCCTGTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGCAGCTCCAACCACTTCTACGCGTGTGTTTTATATTAGTGTAGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147634 ATGCAGCTCCAACCACTTCTACGCGTGTGTTTTATATTAGTGTAGGGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGTTGTGCAGTAATATTTCTCGTAGCAATAATATTAGCTGTTTTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147684 TGTTGTGCAGTAATATTTCTCGTAGCAATAATATTAGCTGTTTTGCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCATAGTATGAAAAGGATTGAACTGGATGACAG         CATTAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 147734 TCATAGTATGAAAAGGATTGAACTGGATGACAGGTA...CAGCATTAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAGCAGTAGTTCCCAAGGGCTGTCTCAGCCATCCACCCAGACGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155322 CCAGCAGTAGTTCCCAAGGGCTGTCTCAGCCATCCACCCAGACGACTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATCTGAGAGCAGACACGCCCAACAATGCAACTCCTATCACCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155372 TATCTGAGAGCAGACACGCCCAACAATGCAACTCCTATCACCAGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   GCTCCTTAGGTTATCCTACCTTGCGGATAGAGAAGAACGACTTGAGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158511 TGGCTCCTTAGGTTATCCTACCTTGCGGATAGAGAAGAACGACTTGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGTCACTCTTTTGGAGGCCAAAGGCAAGGTGAAGGATATAGCAATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158561 GTGTCACTCTTTTGGAGGCCAAAGGCAAGGTGAAGGATATAGCAATATCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGAGAGAGGATAACTCTAAAAGATGTACTCCAAGAAG         GTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 158611 AGAGAGAGGATAACTCTAAAAGATGTACTCCAAGAAGGTA...TAGGTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTTTGGGCGTATTTTCCATGGGATTTTAATAGATGAAAAAGATCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161577 TTTTGGGCGTATTTTCCATGGGATTTTAATAGATGAAAAAGATCCAAATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGAAAAACAAGCATTTGTCAAAACAGTTAAAG         ATCAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 161627 AAGAAAAACAAGCATTTGTCAAAACAGTTAAAGGTA...TAGATCAAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCTGAAATTCAGGTGACAATGATGCTCACTGAAAGTTGTAAGCTGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167433 TCTGAAATTCAGGTGACAATGATGCTCACTGAAAGTTGTAAGCTGCGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCTTCATCACAG         AAATCTTCTTCCTATTACTCATGTGTGTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 167483 TCTTCATCACAGGTG...TAGAAATCTTCTTCCTATTACTCATGTGTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TAGAAGAAGGAGAAAAGCCCATGGTGATATTGCCTTACATGAATTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172452 TAGAAGAAGGAGAAAAGCCCATGGTGATATTGCCTTACATGAATTGGGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AATCTTAAATTGTTTTTACGACAGTGCAAGTTAGTAGAGGCCAATAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172502 AATCTTAAATTGTTTTTACGACAGTGCAAGTTAGTAGAGGCCAATAATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACAG         GCAATTTCTCAGCAAGACCTGGTACACATGGCTATTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172552 ACAGGTG...CAGGCAATTTCTCAGCAAGACCTGGTACACATGGCTATTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGATTGCCTGTGGAATGAGCTACCTGGCCAGAAGGGAAGTCATCCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174494 AGATTGCCTGTGGAATGAGCTACCTGGCCAGAAGGGAAGTCATCCACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GACCTGGCTGCCAGGAACTGTGT         CATTGATGACACACTTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 174544 GACCTGGCTGCCAGGAACTGTGTGTA...CAGCATTGATGACACACTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGTTAAGATCACAGACAATGCCCTCTCCAGAGACTTGTTCCCCATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174746 AGTTAAGATCACAGACAATGCCCTCTCCAGAGACTTGTTCCCCATGGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATCACTGTCTGGGGGACAATGAAAACAGGCCAGTTCGTTGGATGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174796 ATCACTGTCTGGGGGACAATGAAAACAGGCCAGTTCGTTGGATGGCTCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAAAGTCTGGTTAATAACGAGTTCTCTAGCGCTAGTGATGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 174846 GAAAGTCTGGTTAATAACGAGTTCTCTAGCGCTAGTGATGTGGTA...TA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1585  TGGGCCTTTGGAGTGACGCTGTGGGAACTCATGACTCTGGGCCAGACTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191122 GTGGGCCTTTGGAGTGACGCTGTGGGAACTCATGACTCTGGGCCAGACTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCTACGTGGACATTGACCCCTTCGAGATGGCCGCATACCTGAAAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191172 CCTACGTGGACATTGACCCCTTCGAGATGGCCGCATACCTGAAAGATGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TACCGAATAGCCCAGCCAATCAACTGTCCTGATGAATT         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 191222 TACCGAATAGCCCAGCCAATCAACTGTCCTGATGAATTGTG...CAGATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGCTGTGATGGCCTGTTGCTGGGCCTTAGATCCAGAGGAGAGGCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192235 TGCTGTGATGGCCTGTTGCTGGGCCTTAGATCCAGAGGAGAGGCCCAAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TTCAGCAGCTGGTACAGTGCCTAACAGAGTTTCATGCAGCCCTGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192285 TTCAGCAGCTGGTACAGTGCCTAACAGAGTTTCATGCAGCCCTGGGGGCC

   1950     .
   1825 TACGTC
        ||||||
 192335 TACGTC