seq1 = pF1KE0387.tfa, 1809 bp
seq2 = pF1KE0387/gi568815593f_154090867.tfa (gi568815593f:154090867_154516969), 426103 bp

>pF1KE0387 1809
>gi568815593f:154090867_154516969 (Chr5)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-262  (203950-204052)   100% ->
263-401  (207075-207213)   100% ->
402-568  (238706-238872)   100% ->
569-754  (285411-285596)   100% ->
755-938  (289582-289765)   100% ->
939-1056  (295447-295564)   100% ->
1057-1164  (313238-313345)   100% ->
1165-1386  (318675-318896)   100% ->
1387-1503  (322023-322139)   100% ->
1504-1653  (324917-325066)   100% ->
1654-1809  (325948-326103)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGGAAGGAGAAGCGGCTCCTGCAGGCGGTGGCGCTGGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCGGAAGGAGAAGCGGCTCCTGCAGGCGGTGGCGCTGGTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCTGGTCCTCCTGCCCAACGTGGGGCTTTGGGCGCTGTACCGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCTGGTCCTCCTGCCCAACGTGGGGCTTTGGGCGCTGTACCGCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCAGCCCGACGGCACCCCTGGGGGATCGGGGGCGGCGGTGGCGCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCAGCCCGACGGCACCCCTGGGGGATCGGGGGCGGCGGTGGCGCCGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGGACAG         GGCTCACACAGTCGACAAAAGAAAACGTTTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGGACAGGTG...AAGGGCTCACACAGTCGACAAAAGAAAACGTTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGGGAGATGGGCAGAAGCTGAAGGACTGGCATGACAAGGAGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203982 CTTGGGAGATGGGCAGAAGCTGAAGGACTGGCATGACAAGGAGGCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGGGACGCTCAGCGCGTAG         GAAATGGAGAACAAGGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 204032 GGAGGGACGCTCAGCGCGTAGGTA...TAGGAAATGGAGAACAAGGAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTTACCCCATGACCGATGCTGAGAGAGTGGATCAGGCATACCGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207095 CCTTACCCCATGACCGATGCTGAGAGAGTGGATCAGGCATACCGAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGATTTAACATCTACGTCAGTGATAAAATCTCCTTGAATCGCTCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207145 TGGATTTAACATCTACGTCAGTGATAAAATCTCCTTGAATCGCTCTCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGATATCCGGCACCCAAA         CTGCAACAGCAAGCGCTACCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 207195 CAGATATCCGGCACCCAAAGTG...TAGCTGCAACAGCAAGCGCTACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGACACTTCCCAACACAAGCATCATCATCCCCTTCCACAACGAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238728 GAGACACTTCCCAACACAAGCATCATCATCCCCTTCCACAACGAGGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCCTCCCTCCTCCGCACCGTCCACAGTGTGCTCAATCGCTCGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238778 GTCCTCCCTCCTCCGCACCGTCCACAGTGTGCTCAATCGCTCGCCTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGGTCGCCGAGATTGTACTGGTCGACGACTTCAGTGATCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 238828 AGCTGGTCGCCGAGATTGTACTGGTCGACGACTTCAGTGATCGAGGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569     AGCACCTGAAGAAGCCTCTTGAAGACTACATGGCCCTTTTCCCCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238878 .TAGAGCACCTGAAGAAGCCTCTTGAAGACTACATGGCCCTTTTCCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTGAGGATTCTTCGAACCAAGAAACGGGAAGGGCTGATAAGGACCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285457 TGTGAGGATTCTTCGAACCAAGAAACGGGAAGGGCTGATAAGGACCCGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTGGGGGCCTCAGTGGCAACTGGGGATGTCATCACATTCTTGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285507 TGCTGGGGGCCTCAGTGGCAACTGGGGATGTCATCACATTCTTGGATTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACTGTGAAGCCAATGTCAACTGGCTTCCCCCCTTGCTTG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 285557 CACTGTGAAGCCAATGTCAACTGGCTTCCCCCCTTGCTTGGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGCATTGCTCGGAACCGCAAGACCATTGTGTGCCCGATGATTGATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289583 CCGCATTGCTCGGAACCGCAAGACCATTGTGTGCCCGATGATTGATGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGACCATGACGACTTTCGGTACGAGACACAGGCAGGGGATGCCATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289633 TTGACCATGACGACTTTCGGTACGAGACACAGGCAGGGGATGCCATGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGAGCCTTTGACTGGGAGATGTACTACAAGCGGATCCCGATCCCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289683 GGAGCCTTTGACTGGGAGATGTACTACAAGCGGATCCCGATCCCTCCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACTGCAGAAAGCTGACCCCAGCGACCCATTTGA         GTCTCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 289733 ACTGCAGAAAGCTGACCCCAGCGACCCATTTGAGTA...CAGGTCTCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGATGGCCGGTGGACTGTTCGCCGTGGATCGGAAGTGGTTCTGGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295455 TGATGGCCGGTGGACTGTTCGCCGTGGATCGGAAGTGGTTCTGGGAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGCGGGTATGACCCAGGCTTGGAGATCTGGGGAGGGGAGCAGTATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295505 GGCGGGTATGACCCAGGCTTGGAGATCTGGGGAGGGGAGCAGTATGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTCCTTCAAG         GTGTGGATGTGTGGGGGCCGCATGGAGGACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 295555 CTCCTTCAAGGTG...CAGGTGTGGATGTGTGGGGGCCGCATGGAGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCCCCTGCTCCAGGGTGGGCCATATCTACAGGAAGTATGTGCCCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313269 TCCCCTGCTCCAGGGTGGGCCATATCTACAGGAAGTATGTGCCCTACAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTCCCGGCCGGAGTCAGCCTGGCCCGG         AACCTTAAGCGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 313319 GTCCCGGCCGGAGTCAGCCTGGCCCGGGTA...TAGAACCTTAAGCGGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGCCGAAGTGTGGATGGATGAGTACGCAGAGTACATTTACCAGCGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318689 GGCCGAAGTGTGGATGGATGAGTACGCAGAGTACATTTACCAGCGCCGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGAATACCGCCACCTCTCCGCTGGGGATGTCGCAGTCCAGAAAAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318739 CTGAATACCGCCACCTCTCCGCTGGGGATGTCGCAGTCCAGAAAAAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CGCAGCTCCCTTAACTGCAAGAGTTTCAAGTGGTTTATGACGAAGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318789 CGCAGCTCCCTTAACTGCAAGAGTTTCAAGTGGTTTATGACGAAGATAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTGGGACCTGCCCAAATTCTACCCACCCGTGGAGCCCCCGGCTGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318839 CTGGGACCTGCCCAAATTCTACCCACCCGTGGAGCCCCCGGCTGCAGCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGGGGGAG         ATCCGAAATGTGGGCACAGGGCTGTGTGCAGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 318889 GGGGGGAGGTG...CAGATCCGAAATGTGGGCACAGGGCTGTGTGCAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACAAAGCACGGGGCCTTGGGCTCCCCACTAAGGCTAGAGGGCTGCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322056 ACAAAGCACGGGGCCTTGGGCTCCCCACTAAGGCTAGAGGGCTGCGTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGGCCGTGGGGAGGCTGCCTGGAACAACATGCAG         GTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 322106 AGGCCGTGGGGAGGCTGCCTGGAACAACATGCAGGTA...CAGGTATTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCTTCACCTGGAGAGAGGACATCCGGCCTGGAGACCCCCAGCACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324924 CCTTCACCTGGAGAGAGGACATCCGGCCTGGAGACCCCCAGCACACCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAGTTCTGCTTTGATGCCATTTCCCACACCAGCCCTGTCACGCTGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324974 AAGTTCTGCTTTGATGCCATTTCCCACACCAGCCCTGTCACGCTGTACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTGCCACAGCATGAAGGGCAACCAGCTGTGGAAATACCGCAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 325024 CTGCCACAGCATGAAGGGCAACCAGCTGTGGAAATACCGCAAAGTA...T

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1654   GACAAGACCCTGTACCACCCTGTCAGTGGCAGCTGCATGGACTGCAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325946 AGGACAAGACCCTGTACCACCCTGTCAGTGGCAGCTGCATGGACTGCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAAAGTGACCATAGGATCTTCATGAACACCTGCAACCCATCCTCTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 325996 GAAAGTGACCATAGGATCTTCATGAACACCTGCAACCCATCCTCTCTCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCAGCAGTGGCTGTTTGAACACACCAACTCAACAGTCTTGGAAAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326046 CCAGCAGTGGCTGTTTGAACACACCAACTCAACAGTCTTGGAAAAATTCA

   1900     .
   1802 ATAGGAAC
        ||||||||
 326096 ATAGGAAC