seq1 = pF1KE0385.tfa, 2295 bp
seq2 = pF1KE0385/gi568815593f_69000806.tfa (gi568815593f:69000806_69229614), 228809 bp

>pF1KE0385 2295
>gi568815593f:69000806_69229614 (Chr5)

1-83  (93451-93533)   100% ->
84-206  (100002-100124)   100% ->
207-273  (102257-102323)   100% ->
274-359  (103826-103911)   100% ->
360-447  (107544-107631)   100% ->
448-535  (112335-112422)   100% ->
536-612  (113615-113691)   100% ->
613-783  (114432-114602)   100% ->
784-1072  (115121-115409)   100% ->
1073-1281  (115589-115797)   100% ->
1282-1439  (116434-116591)   100% ->
1440-1569  (117694-117823)   100% ->
1570-1771  (120889-121090)   99% ->
1772-1998  (122394-122620)   99% ->
1999-2127  (127199-127327)   100% ->
2128-2295  (128642-128809)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGAAATACGGCGGGGACGTGCTGGCCGGCCCCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  93451 ATGGAGGAGAAATACGGCGGGGACGTGCTGGCCGGCCCCGGCGGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCCTTGGGCCGGTGGACGTACCCAGCGCTCG         ATTAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  93501 CGGCCTTGGGCCGGTGGACGTACCCAGCGCTCGGTA...CAGATTAACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATATATTGTGTTACTATGTTTCACTAAATTTTTGAAGGCTGTGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 AATATATTGTGTTACTATGTTTCACTAAATTTTTGAAGGCTGTGGGACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCGAATCATATGATCTCCTAAAAGCTGTTCACATTGTTCAGTTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 TTCGAATCATATGATCTCCTAAAAGCTGTTCACATTGTTCAGTTCATTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATATTAAAACTTGG         GACTGCATTTTTTATGGTTTTGTTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100110 TATATTAAAACTTGGGTG...CAGGACTGCATTTTTTATGGTTTTGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAGCCATTTTCTTCTGGGAAAACTATTACCAAACACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102283 AAAAGCCATTTTCTTCTGGGAAAACTATTACCAAACACCAGGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGATCAAAATATTTAAACATGCAGTTGCTGGGTGTATTATTTCACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103826 TGGATCAAAATATTTAAACATGCAGTTGCTGGGTGTATTATTTCACTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGGTTTTTTGGCCTCACTCTTTGTGGACCACTAAG         GACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103876 GTGGTTTTTTGGCCTCACTCTTTGTGGACCACTAAGGTA...TAGGACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTGCTATTTGAGCACAGTGATATTGTTGTCATTTCACTACTCAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107549 TGCTGCTATTTGAGCACAGTGATATTGTTGTCATTTCACTACTCAGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGTTCACCAGTTCTGGAGGAGGACCAGCAAAG         ACAAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107599 TTGTTCACCAGTTCTGGAGGAGGACCAGCAAAGGTA...CAGACAAGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCTGCTTTTTTCATTATTGCTGTGATCTGTTTATTGCTTTTTGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112343 AGCTGCTTTTTTCATTATTGCTGTGATCTGTTTATTGCTTTTTGACAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGATCTCATGGCTAAAATGGCTGAACACC         CTGAAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112393 ATGATCTCATGGCTAAAATGGCTGAACACCGTA...TAGCTGAAGGACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATGACAGTGCTCTAACTCATATGCTTTACACAGCCATTGCCTTCTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113626 CATGACAGTGCTCTAACTCATATGCTTTACACAGCCATTGCCTTCTTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGGCAGATCACAAG         GGTGGAGTATTATTGCTAGTACTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113676 TGTGGCAGATCACAAGGTA...CAGGGTGGAGTATTATTGCTAGTACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTTTGTGTTGTAAAGTTGGTTTTCATACAGCTTCCAGAAAGCTCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114457 CTTTGTGTTGTAAAGTTGGTTTTCATACAGCTTCCAGAAAGCTCTCTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GACGTTGGTGGAGCTAAACGTCTTCAAGCTTTATCTCATCTTGTTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114507 GACGTTGGTGGAGCTAAACGTCTTCAAGCTTTATCTCATCTTGTTTCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTTCTCTTGTGCCCATGGGTCATTGTTCTTTCTGTGACAACTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114557 GCTTCTCTTGTGCCCATGGGTCATTGTTCTTTCTGTGACAACTGAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    784      AGTAAAGTGGAGTCTTGGTTTTCTCTCATTATGCCTTTTGCAACG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114607 ..TAGAGTAAAGTGGAGTCTTGGTTTTCTCTCATTATGCCTTTTGCAACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTTATCTTTTTTGTCATGATCCTGGATTTCTACGTGGATTCCATTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115166 GTTATCTTTTTTGTCATGATCCTGGATTTCTACGTGGATTCCATTTGTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTCAAAATGGAAGTTTCCAAATGTGCTCGTTATGGATCCTTTCCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115216 AGTCAAAATGGAAGTTTCCAAATGTGCTCGTTATGGATCCTTTCCCATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTATTAGTGCTCTCCTTTTTGGAAATTTTTGGACACATCCAATAACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115266 TTATTAGTGCTCTCCTTTTTGGAAATTTTTGGACACATCCAATAACAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGCTTCGGGCTATGAACAAAGCAGCACACCAGGAGAGCACTGAACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115316 CAGCTTCGGGCTATGAACAAAGCAGCACACCAGGAGAGCACTGAACACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGTCTGGAGGAGTGGTAGTGAGTGCTATATTCTTCATTTTGT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115366 CCTGTCTGGAGGAGTGGTAGTGAGTGCTATATTCTTCATTTTGTGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073    CTGCCAATATCTTATCATCTCCCTCTAAGAGAGGACAAAAAGGTACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115586 TAGCTGCCAATATCTTATCATCTCCCTCTAAGAGAGGACAAAAAGGTACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTTATTGGATATTCTCCTGAAGGAACACCTCTTTATAACTTCATGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115636 CTTATTGGATATTCTCCTGAAGGAACACCTCTTTATAACTTCATGGGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCTTTTCAGCATAGCTCTCAATCGATCCCTAGGTTTATTAAGGAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115686 TGCTTTTCAGCATAGCTCTCAATCGATCCCTAGGTTTATTAAGGAATCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAAAACAAATTCTTGAGGAGAGTGACTCTAGGCAGATCTTTTACTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115736 TAAAACAAATTCTTGAGGAGAGTGACTCTAGGCAGATCTTTTACTTCTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGCTTGAATCTG         CTTTTTACCTTTGTGGAATTATTCTATGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115786 TGCTTGAATCTGGTA...TAGCTTTTTACCTTTGTGGAATTATTCTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CGTGCTGACCAATAGTCTGGGCCTGATCTCGGATGGATTCCACATGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116463 CGTGCTGACCAATAGTCTGGGCCTGATCTCGGATGGATTCCACATGCTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTGACTGCTCTGCTTTAGTCATGGGACTTTTTGCTGCCCTGATGAGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116513 TTGACTGCTCTGCTTTAGTCATGGGACTTTTTGCTGCCCTGATGAGTAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGGAAAGCCACTCGGATTTTCTCCTATGG         GTACGGCCGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116563 TGGAAAGCCACTCGGATTTTCTCCTATGGGTA...TAGGTACGGCCGAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGAAATTCTGTCTGGATTTATTAATGGACTTTTTCTAATAGTAATAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117706 AGAAATTCTGTCTGGATTTATTAATGGACTTTTTCTAATAGTAATAGCGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTTTTGTGTTTATGGAGTCAGTGGCTAGATTGATTGATCCTCCAGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117756 TTTTTGTGTTTATGGAGTCAGTGGCTAGATTGATTGATCCTCCAGAATTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GACACTCACATGTTAACA         CCAGTCTCAGTTGGAGGGCTGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 117806 GACACTCACATGTTAACAGTA...TAGCCAGTCTCAGTTGGAGGGCTGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGTAAACCTTATTGGTATCTGTGCCTTTAGCCATGCCCATAGCCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120912 AGTAAACCTTATTGGTATCTGTGCCTTTAGCCATGCCCATAGCCATGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATGGAGCTTCTCAAGGAAGCTGTCACTCATCTGATCACAGCCATTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 120962 ATGGAGCTTCTCAAGGAAGCTGTCACTCATCTGATCACAGCCATTCACAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CATATGCATGGACACAGTGACCATGGGCATGGTCACAGCCACGGATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121012 CATATGCATGGACACAGTGACCATGGGCATGGTCACAGCCACGGATCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGGTGGAGGCATGAATGCTAACATGAGGG         GTGTATTTCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121062 GGGTGGAGGCATGAATGCTAACATGAGGGGTG...TAGGTGTATTTCTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ATGTTTTGGCAGATACTCTTGGCAGCATTGGTGTGATCGTATCCACAGTT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 122406 ATGTTTTGGCAGATACACTTGGCAGCATTGGTGTGATCGTATCCACAGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTTATAGAGCAGTTTGGATGGTTCATCGCTGACCCACTCTGTTCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122456 CTTATAGAGCAGTTTGGATGGTTCATCGCTGACCCACTCTGTTCTCTTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TATTGCTATATTAATATTTCTCAGTGTTGTTCCACTGATTAAAGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122506 TATTGCTATATTAATATTTCTCAGTGTTGTTCCACTGATTAAAGATGCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GCCAGGTTCTACTCCTGAGATTGCCACCAGAATATGAAAAAGAACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122556 GCCAGGTTCTACTCCTGAGATTGCCACCAGAATATGAAAAAGAACTACAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 ATTGCTTTAGAAAAG         ATACAGAAAATTGAAGGATTAATATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122606 ATTGCTTTAGAAAAGGTA...CAGATACAGAAAATTGAAGGATTAATATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 ATACCGAGACCCTCATTTTTGGCGTCATTCTGCTAGTATTGTGGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127225 ATACCGAGACCCTCATTTTTGGCGTCATTCTGCTAGTATTGTGGCAGGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CAATTCATATACAGGTGACATCTGATGTGCTAGAACAAAGAATAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127275 CAATTCATATACAGGTGACATCTGATGTGCTAGAACAAAGAATAGTACAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CAG         GTTACAGGAATACTTAAAGATGCTGGAGTAAACAATTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127325 CAGGTA...CAGGTTACAGGAATACTTAAAGATGCTGGAGTAAACAATTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 AACAATTCAAGTGGAAAAGGAGGCATACTTTCAACATATGTCTGGCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128680 AACAATTCAAGTGGAAAAGGAGGCATACTTTCAACATATGTCTGGCCTAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GTACTGGATTTCATGATGTTCTGGCTATGACAAAACAAATGGAATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128730 GTACTGGATTTCATGATGTTCTGGCTATGACAAAACAAATGGAATCCATG

   2400     .    :    .    :    .    :
   2266 AAATACTGCAAAGATGGTACTTACATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 128780 AAATACTGCAAAGATGGTACTTACATCATG