seq1 = pF1KE0378.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KE0378/gi568815595f_88039311.tfa (gi568815595f:88039311_88241050), 201740 bp

>pF1KE0378 1743
>gi568815595f:88039311_88241050 (Chr3)

1-1743  (100001-101740)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTATGTAACAAGGAATTTTTAGGTGGTCACATTGTAAGGCATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTATGTAACAAGGAATTTTTAGGTGGTCACATTGTAAGGCATGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTCATCAGAAAAAAGGCAGTTTTGCATGTGTAATATGTGGTAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTCATCAGAAAAAAGGCAGTTTTGCATGTGTAATATGTGGTAGGAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAGAAACAGAGGACTTATGCAGAAGCATTTGAAGAATCATGTTAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAGAAACAGAGGACTTATGCAGAAGCATTTGAAGAATCATGTTAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATACAGAGGCAGCAAATTGCTGCAGCTCAACAGGATGATCAGGAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATACAGAGGCAGCAAATTGCTGCAGCTCAACAGGATGATCAGGAAGTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTTTGGAAGAAATAAATTGTTCTAGTTCTTCCATTTCATTTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTTTGGAAGAAATAAATTGTTCTAGTTCTTCCATTTCATTTGAAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAATTCTGATAGTAAGGATTTGGAAGTGGAGACACTTACTGCTTCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAATTCTGATAGTAAGGATTTGGAAGTGGAGACACTTACTGCTTCTAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGGAAACAAAGAAGTCATCCCTGAGCATGTGGCTGAATTCATTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAGGAAACAAAGAAGTCATCCCTGAGCATGTGGCTGAATTCATTGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCCATAAGTGTACCAGAAGATGTTATTGAAAATGTTATTGAAAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCCATAAGTGTACCAGAAGATGTTATTGAAAATGTTATTGAAAATGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTCCTAATAATTCTTTAAATAATGTTTTCAAGCCTTTAACTGAATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTCCTAATAATTCTTTAAATAATGTTTTCAAGCCTTTAACTGAATGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATGATTATGAGGAGGAAGAGGATGAAGAAGGTGATTATGAAGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATGATTATGAGGAGGAAGAGGATGAAGAAGGTGATTATGAAGAAGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTATGACCTGAATCAAGAAACTTCAGTAATTCATAAAATCAATGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTATGACCTGAATCAAGAAACTTCAGTAATTCATAAAATCAATGGAACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTGCCATCCAAAAGACATATATGCCACAGATCAAGAAGGAAACTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTGCCATCCAAAAGACATATATGCCACAGATCAAGAAGGAAACTTTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTCCTGCTCTTGGTTGTGTCCGGATATTTAAAAGAATTGGGTTTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTCCTGCTCTTGGTTGTGTCCGGATATTTAAAAGAATTGGGTTTCTAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAAACATGCAATGACCGTACATCCAACCGATTTAAATGTGCGACAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TAAACATGCAATGACCGTACATCCAACCGATTTAAATGTGCGACAAACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAATGAAGTGGAGCAAAGGAAAATGCAAATTTTGTCAAAGGCAATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TAATGAAGTGGAGCAAAGGAAAATGCAAATTTTGTCAAAGGCAATTTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GATTCTCAACATTTTATAGACCACCTTAATAGACATAGCTATCCAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATTCTCAACATTTTATAGACCACCTTAATAGACATAGCTATCCAAATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTATTTTTGTTTGCATTTTAATTGCAACGAGTCGTTTAAGCTGCCGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTATTTTTGTTTGCATTTTAATTGCAACGAGTCGTTTAAGCTGCCGTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCTTGCCCAGCACACAAAAAGTCACAGGATATTTCAGGCTCAGTGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGCTTGCCCAGCACACAAAAAGTCACAGGATATTTCAGGCTCAGTGTAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTTCCAGAATGCCATGAGCTTTTTGAAGATCTTCCTCTGCTGTATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTTCCAGAATGCCATGAGCTTTTTGAAGATCTTCCTCTGCTGTATGAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGAAGCTCAACACTATTTAAGTAAAACACCAGAGTCATCTGCACAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGAAGCTCAACACTATTTAAGTAAAACACCAGAGTCATCTGCACAACCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTGAAACAATTCTTTGGGATGTTCAGACAGACTCAAATCCTAATCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTGAAACAATTCTTTGGGATGTTCAGACAGACTCAAATCCTAATCAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAAGACTCATCTAGTAATGAGAAACAAACTATTAGTCTGCCAGTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAAGACTCATCTAGTAATGAGAAACAAACTATTAGTCTGCCAGTTTCTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TAGCAAATCAAGGAAAGAGTCTACAGAACCAAAGACATGTATAGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TAGCAAATCAAGGAAAGAGTCTACAGAACCAAAGACATGTATAGAAAGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGGAAAAGAAAACAGACAGTTTAGTTCAGAATGGAAACGAACGTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGGAAAAGAAAACAGACAGTTTAGTTCAGAATGGAAACGAACGTTCTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GACACTGTTTCAAATATAAGCTTGATAGACCAAAAGATGCCTGACATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GACACTGTTTCAAATATAAGCTTGATAGACCAAAAGATGCCTGACATAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCCAAATTCTGAAAATAATTGTAGTAGTAGTGATATAGTCAATGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCCAAATTCTGAAAATAATTGTAGTAGTAGTGATATAGTCAATGGACACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GTGAAATAGAGCAAACACCTTTAGTTTCATCAGATCCTGCTTTGAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GTGAAATAGAGCAAACACCTTTAGTTTCATCAGATCCTGCTTTGAAAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GATACAAACAGAATCAGGACAGAAAATGGTTCCATTTTGCCCAGTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GATACAAACAGAATCAGGACAGAAAATGGTTCCATTTTGCCCAGTGTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ACCACAAGAACACAACACCTTGCCAGTATCTCAGGCACCTTCCAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 ACCACAAGAACACAACACCTTGCCAGTATCTCAGGCACCTTCCAAACCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ATCTGACAAGTGAACATACTTCATATGGCTTAATTTTAACAAAACCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ATCTGACAAGTGAACATACTTCATATGGCTTAATTTTAACAAAACCATAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GTCAGACCATTGCCTCCCAGTTACCTTGATGAACGGTATCTTAGTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GTCAGACCATTGCCTCCCAGTTACCTTGATGAACGGTATCTTAGTATGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AAAACGCAGAAAATTTCTGACTGATAGAGTAGATGCCTGTTCTGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AAAACGCAGAAAATTTCTGACTGATAGAGTAGATGCCTGTTCTGATCAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ATAACGTGTATAAAAAATCAGTGAAAAGATTAAGATGTGGCAAATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ATAACGTGTATAAAAAATCAGTGAAAAGATTAAGATGTGGCAAATGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 ACCACCTACTGTAATGCAGAAGCACTTGAGGCTCATCTTGCACAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 ACCACCTACTGTAATGCAGAAGCACTTGAGGCTCATCTTGCACAAAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 ATGTCAGACACTCTTTGGATTTGATTCAGATGATGAAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||---
 101701 ATGTCAGACACTCTTTGGATTTGATTCAGATGATGAAAGT