seq1 = pF1KE0377.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KE0377/gi568815579f_40988472.tfa (gi568815579f:40988472_41195938), 207467 bp

>pF1KE0377 1482
>gi568815579f:40988472_41195938 (Chr19)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-343  (100458-100620)   100% ->
344-493  (101576-101725)   100% ->
494-654  (101933-102093)   100% ->
655-831  (103261-103437)   100% ->
832-973  (105159-105300)   100% ->
974-1161  (105774-105961)   100% ->
1162-1303  (106488-106629)   100% ->
1304-1482  (107289-107467)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCCTCAGGGCTGCTTCTGGTGACCTTGCTGGCCTGCCTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCCTCAGGGCTGCTTCTGGTGACCTTGCTGGCCTGCCTGACTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGGTCTTGATGTCAGTCTGGCGGCAGAGGAAGAGCAGGGGGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGGTCTTGATGTCAGTCTGGCGGCAGAGGAAGAGCAGGGGGAAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCGGGACCCACCCCATTGCCCTTCATTGGAAACTACCTGCAGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCCGGGACCCACCCCATTGCCCTTCATTGGAAACTACCTGCAGCTGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGAGCAGATGTACAACTCCCTCATGAAG         ATCAGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 ACAGAGCAGATGTACAACTCCCTCATGAAGGTG...CAGATCAGTGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATGGCCCTGTGTTCACCATTCACTTGGGGCCCCGGCGGGTCGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100469 CTATGGCCCTGTGTTCACCATTCACTTGGGGCCCCGGCGGGTCGTGGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGCGGACATGATGCCGTCAAGGAGGCTCTGGTGGACCAGGCTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100519 TGTGCGGACATGATGCCGTCAAGGAGGCTCTGGTGGACCAGGCTGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAGCGGGCGAGGCGAGCAGGCCACCTTCGACTGGCTCTTCAAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100569 TTCAGCGGGCGAGGCGAGCAGGCCACCTTCGACTGGCTCTTCAAAGGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TG         GCGTGGCGTTCAGCAACGGGGAGCGCGCCAAGCAGCTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100619 TGGTG...CAGGCGTGGCGTTCAGCAACGGGGAGCGCGCCAAGCAGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCGCTTCTCCATCGCCACCCTAAGGGGTTTTGGCGTGGGCAAGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101615 GGCGCTTCTCCATCGCCACCCTAAGGGGTTTTGGCGTGGGCAAGCGCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCGAGGAACGCATCCAGGAGGAGGCGGGCTTCCTCATCGACGCCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 ATCGAGGAACGCATCCAGGAGGAGGCGGGCTTCCTCATCGACGCCCTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGCACGCACG         GCGCCAATATCGATCCCACCTTCTTCCTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101715 GGGCACGCACGGTG...CAGGCGCCAATATCGATCCCACCTTCTTCCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCGCACAGTCTCCAATGTCATCAGCTCCATTGTCTTTGGGGACCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101963 GCCGCACAGTCTCCAATGTCATCAGCTCCATTGTCTTTGGGGACCGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACTATGAGGACAAAGAGTTCCTGTCACTGTTGCGCATGATGCTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 GACTATGAGGACAAAGAGTTCCTGTCACTGTTGCGCATGATGCTGGGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTCCAGTTCACGGCAACCTCCACGGGGCAG         CTCTATGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102063 CTTCCAGTTCACGGCAACCTCCACGGGGCAGGTA...CAGCTCTATGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTCTCTTCGGTGATGAAACACCTGCCAGGACCACAGCAACAGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103271 TGTTCTCTTCGGTGATGAAACACCTGCCAGGACCACAGCAACAGGCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGGAGCTGCAAGGGCTGGAGGACTTCATCGCCAAGAAGGTGGAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103321 AAGGAGCTGCAAGGGCTGGAGGACTTCATCGCCAAGAAGGTGGAGCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCAGCGCACGCTGGATCCCAATTCCCCACGGGACTTCATCGACTCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103371 CCAGCGCACGCTGGATCCCAATTCCCCACGGGACTTCATCGACTCCTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCATCCGCATGCAGGAG         GAGGAGAAGAACCCCAACACAGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103421 TCATCCGCATGCAGGAGGTA...CAGGAGGAGAAGAACCCCAACACAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCTACTTGAAGAACCTGGTGATGACCACCCTGAACCTCTTCTTTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105183 TTCTACTTGAAGAACCTGGTGATGACCACCCTGAACCTCTTCTTTGCGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACTGAGACCGTGAGCACCACCCTGCGCTACGGTTTCCTGCTGCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105233 CACTGAGACCGTGAGCACCACCCTGCGCTACGGTTTCCTGCTGCTCATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCACCCAGAGGTGGAGG         CCAAGGTCCATGAGGAGATTGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105283 AGCACCCAGAGGTGGAGGGTA...CAGCCAAGGTCCATGAGGAGATTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAGTGATCGGCAAGAACCGGCAGCCCAAGTTTGAGGACCGGGCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105797 AGAGTGATCGGCAAGAACCGGCAGCCCAAGTTTGAGGACCGGGCCAAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCCTACACAGAGGCAGTGATCCACGAGATCCAAAGATTTGGAGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105847 GCCCTACACAGAGGCAGTGATCCACGAGATCCAAAGATTTGGAGACATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCCCCATGGGTTTGGCCCACAGGGTCAACAAGGACACCAAGTTTCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105897 TCCCCATGGGTTTGGCCCACAGGGTCAACAAGGACACCAAGTTTCGGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTCTTCCTCCCTAAG         GGCACTGAAGTGTTCCCTATGCTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105947 TTCTTCCTCCCTAAGGTG...CAGGGCACTGAAGTGTTCCCTATGCTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTCCGTGCTGAGAGACCCCAGGTTCTTCTCCAACCCCCGGGACTTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106514 CTCCGTGCTGAGAGACCCCAGGTTCTTCTCCAACCCCCGGGACTTCAATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCCAGCACTTCCTGGATAAGAAGGGGCAGTTTAAGAAGAGTGATGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106564 CCCAGCACTTCCTGGATAAGAAGGGGCAGTTTAAGAAGAGTGATGCTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTGCCCTTTTCCATCG         GAAAGCGGTACTGTTTTGGAGAAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106614 GTGCCCTTTTCCATCGGTA...CAGGAAAGCGGTACTGTTTTGGAGAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGGCCAGAATGGAGCTCTTTCTCTTCTTCACCACCATCATGCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107314 CCTGGCCAGAATGGAGCTCTTTCTCTTCTTCACCACCATCATGCAGAACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TTCGCTTCAAGTCCCCTCAGTCGCCTAAGGATATCGACGTGTCCCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107364 TTCGCTTCAAGTCCCCTCAGTCGCCTAAGGATATCGACGTGTCCCCCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CACGTGGGCTTTGCCACGATCCCACGAAACTACACCATGAGCTTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107414 CACGTGGGCTTTGCCACGATCCCACGAAACTACACCATGAGCTTCCTGCC

   1550 
   1479 CCGC
        ||||
 107464 CCGC