seq1 = pF1KE0376.tfa, 1686 bp
seq2 = pF1KE0376/gi568815575f_2906613.tfa (gi568815575f:2906613_3133382), 226770 bp

>pF1KE0376 1686
>gi568815575f:2906613_3133382 (ChrX)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-214  (103418-103539)   100% ->
215-340  (106435-106560)   100% ->
341-764  (108358-108781)   100% ->
765-901  (111922-112058)   100% ->
902-1036  (117409-117543)   100% ->
1037-1199  (120701-120863)   100% ->
1200-1321  (122635-122756)   100% ->
1322-1686  (126406-126770)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAAGAAACGCCAGACCCAACATTGTCCTGCTGATGGCAGATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAAGAAACGCCAGACCCAACATTGTCCTGCTGATGGCAGATGACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGTGGGGGATTTGTGCTGCTACGGTAATAACTCAGTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 TGGAGTGGGGGATTTGTGCTGCTACGGTAATAACTCAGTGAGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  CACACCTAATATTGACCGCCTGGCAAGTGAAGGAGTGAGGCTTACCCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103417 GCACACCTAATATTGACCGCCTGGCAAGTGAAGGAGTGAGGCTTACCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATCTCGCAGCTGCTTCCATGTGCACCCCAAGTCGGGCTGCCTTCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103467 CATCTCGCAGCTGCTTCCATGTGCACCCCAAGTCGGGCTGCCTTCCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGCCGGTACCCCATCAGATCAG         GGATGGTGTCTGCCTACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103517 CGGCCGGTACCCCATCAGATCAGGTG...TAGGGATGGTGTCTGCCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCTGAACCGTGCCTTCACGTGGCTTGGTGGGTCAGGTGGTCTTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106453 ACCTGAACCGTGCCTTCACGTGGCTTGGTGGGTCAGGTGGTCTTCCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGAAACGACTTTTGCCAAGCTGCTGCAGCACCGTGGCTACCGCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106503 AATGAAACGACTTTTGCCAAGCTGCTGCAGCACCGTGGCTACCGCACGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTCATAG         GCAAATGGCACCTGGGTTTGAGCTGCGCCTCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106553 ACTCATAGGTA...TAGGCAAATGGCACCTGGGTTTGAGCTGCGCCTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAATGATCACTGTTACCACCCGCTCAACCATGGTTTTCACTACTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108391 GGAATGATCACTGTTACCACCCGCTCAACCATGGTTTTCACTACTTTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGGTGCCTTTTGGACTTTTAAGCGACTGCCAGGCATCCAAGACACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108441 GGGGTGCCTTTTGGACTTTTAAGCGACTGCCAGGCATCCAAGACACCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGCACCGCTGGCTCAGGATCAAACTGTGGATCTCCACGGTAGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 ACTGCACCGCTGGCTCAGGATCAAACTGTGGATCTCCACGGTAGCCCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCTGGTTCCTTTTCTGCTTCTCATTCCCAAGTTCGCCCGCTGGTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108541 CCCTGGTTCCTTTTCTGCTTCTCATTCCCAAGTTCGCCCGCTGGTTCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGCCATGGAAGGTCATCTTTGTCTTTGCTCTCCTCGCCTTTCTGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108591 GTGCCATGGAAGGTCATCTTTGTCTTTGCTCTCCTCGCCTTTCTGTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACTTCCTGGTACTCTAGTTATGGATTTACTCGACGTTGGAATTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108641 CACTTCCTGGTACTCTAGTTATGGATTTACTCGACGTTGGAATTGCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTATGAGGAACCATGAAATTATCCAGCAGCCAATGAAAGAGGAGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108691 TTATGAGGAACCATGAAATTATCCAGCAGCCAATGAAAGAGGAGAAAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCTTCCCTCATGCTGAAGGAGGCACTTGCTTTCATTGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108741 GCTTCCCTCATGCTGAAGGAGGCACTTGCTTTCATTGAAAGGTA...TAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTACAAAAGGGAACCTTTTCTCCTCTTTTTTTCCTTCCTGCACGTACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111922 GTACAAAAGGGAACCTTTTCTCCTCTTTTTTTCCTTCCTGCACGTACATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCCACTCATCTCCAAAAAGAAGTTTGTTGGGCGCAGTAAATATGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111972 CTCCACTCATCTCCAAAAAGAAGTTTGTTGGGCGCAGTAAATATGGCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TATGGGGACAATGTAGAAGAAATGGATTGGATGGTGG         GTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 112022 TATGGGGACAATGTAGAAGAAATGGATTGGATGGTGGGTA...CAGGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AATCCTGGATGCCCTGGACCAGGAGCGCCTGGCCAACCACACCTTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117413 AATCCTGGATGCCCTGGACCAGGAGCGCCTGGCCAACCACACCTTGGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACTTCACCTCTGACAACGGGGGCCACCTGGAGCCCCTGGACGGGGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117463 ACTTCACCTCTGACAACGGGGGCCACCTGGAGCCCCTGGACGGGGCTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGCTGGGTGGCTGGAACGGGATCTACAAAG         GTGGCAAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117513 CAGCTGGGTGGCTGGAACGGGATCTACAAAGGTG...TAGGTGGCAAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AATGGGAGGATGGGAAGGAGGTATCCGTGTGCCAGGGATATTCCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120711 AATGGGAGGATGGGAAGGAGGTATCCGTGTGCCAGGGATATTCCGGTGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CGTCAGTCTTGGAGGCTGGGAGAGTGATCAATGAGCCCACCAGCTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120761 CGTCAGTCTTGGAGGCTGGGAGAGTGATCAATGAGCCCACCAGCTTAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACATCTATCCGACGCTGTCTTATATAGGCGGAGGGATCTTGTCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120811 GACATCTATCCGACGCTGTCTTATATAGGCGGAGGGATCTTGTCCCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAG         AGTGATTGACGGCCAGAACCTAATGCCCCTGCTGGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120861 CAGGTA...AAGAGTGATTGACGGCCAGAACCTAATGCCCCTGCTGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GAAGGGCGTCCCACTCCGACCACGAGTTCCTCTTCCACTACTGTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122673 GAAGGGCGTCCCACTCCGACCACGAGTTCCTCTTCCACTACTGTGGGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TATCTGCACACGGTCAGGTGGCATCAGAAGGACT         GTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122723 TATCTGCACACGGTCAGGTGGCATCAGAAGGACTGTA...TAGGTGCAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGTGTGGAAAGCTCATTATGTGACTCCTAAATTCTACCCTGAAGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126413 TGTGTGGAAAGCTCATTATGTGACTCCTAAATTCTACCCTGAAGGAACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GTGCCTGCTATGGGAGTGGAATATGTTCATGTTCGGGGGATGTAACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126463 GTGCCTGCTATGGGAGTGGAATATGTTCATGTTCGGGGGATGTAACCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CACGACCCACCACTCCTCTTTGACATCTCAAGAGACCCTTCAGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126513 CACGACCCACCACTCCTCTTTGACATCTCAAGAGACCCTTCAGAAGCCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCCACTGAACCCTGACAATGAGCCATTATTTGACTCCGTGATCAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126563 TCCACTGAACCCTGACAATGAGCCATTATTTGACTCCGTGATCAAAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGGAGGCAGCCATAAGAGAGCATCGTAGGACACTAACACCTGTCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126613 TGGAGGCAGCCATAAGAGAGCATCGTAGGACACTAACACCTGTCCCACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CAGTTCTCTGTGTTCAACACAATTTGGAAACCATGGCTGCAGCCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126663 CAGTTCTCTGTGTTCAACACAATTTGGAAACCATGGCTGCAGCCTTGCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGGGACCTTCCCCTTCTGTGGGTGTGACAAGGAAGATGACATCCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126713 TGGGACCTTCCCCTTCTGTGGGTGTGACAAGGAAGATGACATCCTTCCCA

   1750     .
   1679 TGGCTCCC
        ||||||||
 126763 TGGCTCCC