seq1 = pF1KE0374.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KE0374/gi568815591f_107561642.tfa (gi568815591f:107561642_107812623), 250982 bp

>pF1KE0374 2340
>gi568815591f:107561642_107812623 (Chr7)

1-164  (100001-100164)   100% ->
165-304  (101655-101794)   100% ->
305-415  (110497-110607)   100% ->
416-600  (112523-112707)   100% ->
601-765  (113304-113468)   100% ->
766-918  (121561-121713)   100% ->
919-1001  (121814-121896)   100% ->
1002-1149  (127412-127559)   100% ->
1150-1263  (128483-128596)   100% ->
1264-1341  (132762-132839)   100% ->
1342-1437  (132980-133075)   100% ->
1438-1544  (134292-134398)   100% ->
1545-1614  (136401-136470)   100% ->
1615-1707  (138442-138534)   100% ->
1708-1803  (139460-139555)   100% ->
1804-2034  (140186-140416)   100% ->
2035-2089  (142690-142744)   100% ->
2090-2235  (148413-148558)   100% ->
2236-2319  (150898-150981)   100% ->
2320-2340  (153782-153802)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGCCAGGCGGCAGGTCGGAGCCGCCGCAGCTCCCCGAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCGCCAGGCGGCAGGTCGGAGCCGCCGCAGCTCCCCGAGTACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAGCTACATGGTGTCGCGGCCGGTCTACAGCGAGCTCGCTTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCAGCTACATGGTGTCGCGGCCGGTCTACAGCGAGCTCGCTTTCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACAGCACGAGCGGCGCCTGCAGGAGCGCAAGACGCTGCGGGAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACAGCACGAGCGGCGCCTGCAGGAGCGCAAGACGCTGCGGGAGAGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAAGTGCTGCAG         TTGTTCAAGAAAGAGAGCCTTTGGTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAAGTGCTGCAGGTA...CAGTTGTTCAAGAAAGAGAGCCTTTGGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTAAAGACTCTTGTGCCCATCTTGGAGTGGCTCCCCAAATACCGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 GCTAAAGACTCTTGTGCCCATCTTGGAGTGGCTCCCCAAATACCGAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAATGGCTGCTTAGTGACGTCATTTCGGGAGTTAGTACTGGGCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101732 AGGAATGGCTGCTTAGTGACGTCATTTCGGGAGTTAGTACTGGGCTAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCACGCTGCAAG         GGATGGCATATGCCCTACTAGCTGCAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101782 GCCACGCTGCAAGGTA...CAGGGATGGCATATGCCCTACTAGCTGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTGTCGGATATGGTCTCTACTCTGCTTTTTTCCCTATCCTGACATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110525 TCCTGTCGGATATGGTCTCTACTCTGCTTTTTTCCCTATCCTGACATACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTATCTTTGGAACATCAAGACATATCTCAGTTG         GACCTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110575 TTATCTTTGGAACATCAAGACATATCTCAGTTGGTA...CAGGACCTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGTGGTGAGTTTAATGGTGGGATCTGTTGTTCTGAGCATGGCCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112531 CCAGTGGTGAGTTTAATGGTGGGATCTGTTGTTCTGAGCATGGCCCCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGAACACTTTCTCGTATCCAGCAGCAATGGAACTGTATTAAATACTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112581 CGAACACTTTCTCGTATCCAGCAGCAATGGAACTGTATTAAATACTACTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGATAGACACTGCAGCTAGAGATACAGCTAGAGTCCTGATTGCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112631 TGATAGACACTGCAGCTAGAGATACAGCTAGAGTCCTGATTGCCAGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGACTCTGCTGGTTGGAATTATACAG         TTGATATTTGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112681 CTGACTCTGCTGGTTGGAATTATACAGGTA...TAGTTGATATTTGGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTGCAGATTGGATTCATAGTGAGGTACTTGGCAGATCCTTTGGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113318 CTTGCAGATTGGATTCATAGTGAGGTACTTGGCAGATCCTTTGGTTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTTCACAACAGCTGCTGCCTTCCAAGTGCTGGTCTCACAGCTAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113368 GCTTCACAACAGCTGCTGCCTTCCAAGTGCTGGTCTCACAGCTAAAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCCTCAATGTTTCAACCAAAAACTACAATGGAGTTCTCTCTATTATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113418 GTCCTCAATGTTTCAACCAAAAACTACAATGGAGTTCTCTCTATTATCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 T         ACGCTGGTTGAGATTTTTCAAAATATTGGTGATACCAATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113468 TGTA...TAGACGCTGGTTGAGATTTTTCAAAATATTGGTGATACCAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGCTGATTTCACTGCTGGATTGCTCACCATTGTCGTCTGTATGGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121601 TTGCTGATTTCACTGCTGGATTGCTCACCATTGTCGTCTGTATGGCAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGGAATTAAATGATCGGTTTAGACACAAAATCCCAGTCCCTATTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121651 AAGGAATTAAATGATCGGTTTAGACACAAAATCCCAGTCCCTATTCCTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAGTAATTGTG         ACGATAATTGCTACTGCCATTTCATATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 121701 AGAAGTAATTGTGGTA...CAGACGATAATTGCTACTGCCATTTCATATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGCCAACCTGGAAAAAAATTACAATGCTGGCATTGTTAAATCCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121842 GAGCCAACCTGGAAAAAAATTACAATGCTGGCATTGTTAAATCCATCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGGGG         GTTTTTGCCTCCTGAACTTCCACCTGTGAGCTTGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121892 AGGGGGTG...TAGGTTTTTGCCTCCTGAACTTCCACCTGTGAGCTTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCGGAGATGCTGGCTGCATCATTTTCCATCGCTGTGGTGGCTTATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127448 CTCGGAGATGCTGGCTGCATCATTTTCCATCGCTGTGGTGGCTTATGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGCAGTGTCAGTAGGAAAAGTATATGCCACCAAGTATGATTACACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127498 TTGCAGTGTCAGTAGGAAAAGTATATGCCACCAAGTATGATTACACCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GATGGGAACCAG         GAATTCATTGCCTTTGGGATCAGCAACAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 127548 GATGGGAACCAGGTA...TAGGAATTCATTGCCTTTGGGATCAGCAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTCTCAGGATTCTTCTCTTGTTTTGTGGCCACCACTGCTCTTTCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128512 CTTCTCAGGATTCTTCTCTTGTTTTGTGGCCACCACTGCTCTTTCCCGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CGGCCGTCCAGGAGAGCACTGGAGGAAAGACACAG         GTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128562 CGGCCGTCCAGGAGAGCACTGGAGGAAAGACACAGGTA...CAGGTTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGCATCATCTCTGCTGCGATTGTGATGATCGCCATTCTTGCCCTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132768 GGCATCATCTCTGCTGCGATTGTGATGATCGCCATTCTTGCCCTGGGGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTTCTGGAACCCTTGCAGAAG         TCGGTCTTGGCAGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 132818 GCTTCTGGAACCCTTGCAGAAGGTA...CAGTCGGTCTTGGCAGCTGTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TAATTGCCAACCTGAAAGGGATGTTTATGCAGCTGTGTGACATTCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132999 TAATTGCCAACCTGAAAGGGATGTTTATGCAGCTGTGTGACATTCCTCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTGTGGAGACAGAATAAGATTGATGCT         GTTATCTGGGTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 133049 CTGTGGAGACAGAATAAGATTGATGCTGTA...TAGGTTATCTGGGTGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TACGTGTATAGTGTCCATCATTCTGGGGCTGGATCTCGGTTTACTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134306 TACGTGTATAGTGTCCATCATTCTGGGGCTGGATCTCGGTTTACTAGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCCTTATATTTGGACTGTTGACTGTGGTCCTGAGAGTTCAGTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 134356 GCCTTATATTTGGACTGTTGACTGTGGTCCTGAGAGTTCAGTTGTG...T

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1545   TCCTTCTTGGAATGGCCTTGGAAGCATCCCTAGCACAGATATCTACAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136399 AGTCCTTCTTGGAATGGCCTTGGAAGCATCCCTAGCACAGATATCTACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AAGTACCAAGAATTACAAAAAC         ATTGAAGAACCTCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136449 AAGTACCAAGAATTACAAAAACGTA...CAGATTGAAGAACCTCAAGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGAAGATTCTTAGATTTTCCAGTCCTATTTTCTATGGCAATGTCGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138461 TGAAGATTCTTAGATTTTCCAGTCCTATTTTCTATGGCAATGTCGATGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTTAAAAAATGTATCAAGTCCACA         GTTGGATTTGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 138511 TTTAAAAAATGTATCAAGTCCACAGTA...AAGGTTGGATTTGATGCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TAGAGTATATAATAAGAGGCTGAAAGCGCTGAGGAAAATACAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139477 TAGAGTATATAATAAGAGGCTGAAAGCGCTGAGGAAAATACAGAAACTAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TAAAAAGTGGACAATTAAGAGCAACAAAG         AATGGCATCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 139527 TAAAAAGTGGACAATTAAGAGCAACAAAGGTG...TAGAATGGCATCATA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AGTGATGCTGTTTCAACAAATAATGCTTTTGAGCCTGATGAGGATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140198 AGTGATGCTGTTTCAACAAATAATGCTTTTGAGCCTGATGAGGATATTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AGATCTGGAGGAACTTGATATCCCAACCAAGGAAATAGAGATTCAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140248 AGATCTGGAGGAACTTGATATCCCAACCAAGGAAATAGAGATTCAAGTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ATTGGAACTCTGAGCTTCCAGTCAAAGTGAACGTTCCCAAAGTGCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140298 ATTGGAACTCTGAGCTTCCAGTCAAAGTGAACGTTCCCAAAGTGCCAATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CATAGCCTTGTGCTTGACTGTGGAGCTATATCTTTCCTGGACGTTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140348 CATAGCCTTGTGCTTGACTGTGGAGCTATATCTTTCCTGGACGTTGTTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGTGAGATCACTGCGGGTG         ATTGTCAAAGAATTCCAAAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 140398 AGTGAGATCACTGCGGGTGGTA...TAGATTGTCAAAGAATTCCAAAGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TTGATGTGAATGTGTATTTTGCATCACTTCAAG         ATTATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 142712 TTGATGTGAATGTGTATTTTGCATCACTTCAAGGTA...AAGATTATGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 ATAGAAAAGCTGGAGCAATGCGGGTTCTTTGACGACAACATTAGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148421 ATAGAAAAGCTGGAGCAATGCGGGTTCTTTGACGACAACATTAGAAAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CACATTCTTTTTGACGGTCCATGATGCTATACTCTATCTACAGAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148471 CACATTCTTTTTGACGGTCCATGATGCTATACTCTATCTACAGAACCAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TGAAATCTCAAGAGGGTCAAGGTTCCATTTTAGAAACG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 148521 TGAAATCTCAAGAGGGTCAAGGTTCCATTTTAGAAACGGTA...AAGATC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 ACTCTCATTCAGGATTGTAAAGATACCCTTGAATTAATAGAAACAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150901 ACTCTCATTCAGGATTGTAAAGATACCCTTGAATTAATAGAAACAGAGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GACGGAAGAAGAACTTGATGTCCAGGATGAG         GCTATGCGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 150951 GACGGAAGAAGAACTTGATGTCCAGGATGAGGTA...CAGGCTATGCGTA

   2500     .    :
   2330 CACTTGCATCC
        |||||||||||
 153792 CACTTGCATCC