seq1 = pF1KE0372.tfa, 1695 bp
seq2 = pF1KE0372/gi568815595f_130340222.tfa (gi568815595f:130340222_130570967), 230746 bp

>pF1KE0372 1695
>gi568815595f:130340222_130570967 (Chr3)

1-604  (100001-100604)   100% ->
605-695  (103255-103345)   100% ->
696-907  (115234-115445)   100% ->
908-1594  (128574-129260)   100% ->
1595-1695  (130650-130749)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTAGTCTTCCTCATAGACAATTCTCGGAATATAGCAAAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTAGTCTTCCTCATAGACAATTCTCGGAATATAGCAAAGGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTAAGGCTGTGAAAGCCTTGGTGAGCTCAGTGATTGACAACTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTAAGGCTGTGAAAGCCTTGGTGAGCTCAGTGATTGACAACTTCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCTTCAGACCCTTTAATCTCAGACTCTGGTGATAGGATTGCTTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCTTCAGACCCTTTAATCTCAGACTCTGGTGATAGGATTGCTTTGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTATTCTCCTTGGGAAAGTTCCAGGAGAAAGATGGGTACAGTAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCTATTCTCCTTGGGAAAGTTCCAGGAGAAAGATGGGTACAGTAAAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGTTTGATTTCATCACTTATGACAACCAACTCCTAATGAAGAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGTTTGATTTCATCACTTATGACAACCAACTCCTAATGAAGAATCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCAGACTTCCTTCCAACAGCTAAATGGAGAAGCAACAATTGGTCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCAGACTTCCTTCCAACAGCTAAATGGAGAAGCAACAATTGGTCGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTACTGTGGACCACTGAAAATCTTTTTCCAGAAACACCCTATCTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTACTGTGGACCACTGAAAATCTTTTTCCAGAAACACCCTATCTAAGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACACAAGGTCATCTTTGTGGTCTCAGCTGGAGAAAATTATGAGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACACAAGGTCATCTTTGTGGTCTCAGCTGGAGAAAATTATGAGAGAAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AATTTGTAAAAATGATGGCTTTGAGGGCTAAGTGTCAAGGCTACGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AATTTGTAAAAATGATGGCTTTGAGGGCTAAGTGTCAAGGCTACGTCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTTGTGATTTCTCTGGGCTCTACACGTAAGGATGACATGGAGGAGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTTGTGATTTCTCTGGGCTCTACACGTAAGGATGACATGGAGGAGTTAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGCTACCCACTTGATCAACACCTGATACAGCTTGGGAGAATACATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGCTACCCACTTGATCAACACCTGATACAGCTTGGGAGAATACATAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGATCTGAATTATATTGCGAAGTTCTTAAAGCCATTTTTATACTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGATCTGAATTATATTGCGAAGTTCTTAAAGCCATTTTTATACTCGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGC         GGGGATTCAATCAGTACCCACCACCGATGCTTGAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGCGTA...TAGGGGGATTCAATCAGTACCCACCACCGATGCTTGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCCTGTAGACTCATCAATTTAGGAGGAGAGAATATTCAAAATGATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103292 TGCCTGTAGACTCATCAATTTAGGAGGAGAGAATATTCAAAATGATGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCCA         ATTTGTTACTGAGCTACAAGAGGATTTTTTGGGAGGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103342 TCCAGTA...TAGATTTGTTACTGAGCTACAAGAGGATTTTTTGGGAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AATGGCTTCATTGGCCAAGAATTAAATTCTGGGAGAGAATCACCTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115271 AATGGCTTCATTGGCCAAGAATTAAATTCTGGGAGAGAATCACCTTTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAAGACGGAAGACAATGGAAGTGACTATTTGGTTTACCTTCCAAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115321 AAAGACGGAAGACAATGGAAGTGACTATTTGGTTTACCTTCCAAGCCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGTTTGAGCCACAAAAATTAATGATCAATTATGAAAAAGATCAAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115371 TGTTTGAGCCACAAAAATTAATGATCAATTATGAAAAAGATCAAAAATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCAGAAATTGCAAGTCTCACTTCTG         GACATGAAAATTATGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115421 GCAGAAATTGCAAGTCTCACTTCTGGTA...CAGGACATGAAAATTATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAGAAAAGAAGAACCAGATCATACTTATGAACCTGGAGATGTCTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128590 CAGAAAAGAAGAACCAGATCATACTTATGAACCTGGAGATGTCTCTCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAGAATATTACATGGATGTGGCTTTCCTCATAGATGCTTCCCAAAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128640 AAGAATATTACATGGATGTGGCTTTCCTCATAGATGCTTCCCAAAGAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GGAAGTGATGAGTTTAAGGAAGTAAAAGCTTTTATAACCTCAGTGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128690 GGAAGTGATGAGTTTAAGGAAGTAAAAGCTTTTATAACCTCAGTGCTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TTACTTTCACATTGCCCCCACTCCACTGACCTCCACCTTAGGAGACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128740 TTACTTTCACATTGCCCCCACTCCACTGACCTCCACCTTAGGAGACAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TTGCTGTCCTGAGCTACTCTCCTCCAGGCTATATGCCTAACACTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128790 TTGCTGTCCTGAGCTACTCTCCTCCAGGCTATATGCCTAACACTGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TGCCCTGTCTACCTGGAATTTGATTTGGTTACTTATAACAGTATACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128840 TGCCCTGTCTACCTGGAATTTGATTTGGTTACTTATAACAGTATACACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AATGAAACATCATCTCCAAGACTCTCAACAGCTCAATGGAGATGTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128890 AATGAAACATCATCTCCAAGACTCTCAACAGCTCAATGGAGATGTTTTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTGGCCATGCCTTGCAGTGGACAATTGACAATGTCTTTGTAGGAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128940 TTGGCCATGCCTTGCAGTGGACAATTGACAATGTCTTTGTAGGAACCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AATCTGAGGAAAAACAAAGTTATCTTTGTAATATCTGCTGGCGAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128990 AATCTGAGGAAAAACAAAGTTATCTTTGTAATATCTGCTGGCGAAACCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTCTTTAGACAAAGACGTCTTAAGGAATGTGTCTCTGAGAGCCAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129040 CTCTTTAGACAAAGACGTCTTAAGGAATGTGTCTCTGAGAGCCAAGTGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AAGGCTACTCCATATTTGTGTTTTCCTTTGGCCCTAAACACAATGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129090 AAGGCTACTCCATATTTGTGTTTTCCTTTGGCCCTAAACACAATGACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAATTAGAAGAATTAGCCAGCCACCCTCTGGATCATCACTTGGTCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129140 GAATTAGAAGAATTAGCCAGCCACCCTCTGGATCATCACTTGGTCCAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TGGCCGAACCCACAAGCCAGATTGGAACTATATCATCAAGTTTGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129190 TGGCCGAACCCACAAGCCAGATTGGAACTATATCATCAAGTTTGTCAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 CATTTGTCCATTTAATCAGAC         GTGCCATCAACAAATATCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 129240 CATTTGTCCATTTAATCAGACGTA...CAGGTGCCATCAACAAATATCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ACCGAAGATATGAAAGCCACATGTGTTAACATGACCTCTCCCAACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130670 ACCGAAGATATGAAAGCCACATGTGTTAACATGACCTCTCCCAACCCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :
   1665 GAACGGTGGCACAGAAAACACTGTATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||-
 130720 GAACGGTGGCACAGAAAACACTGTATTGTG