seq1 = pF1KE0369.tfa, 1659 bp
seq2 = pF1KE0369/gi568815595f_141678285.tfa (gi568815595f:141678285_141917047), 238763 bp

>pF1KE0369 1659
>gi568815595f:141678285_141917047 (Chr3)

1-612  (100001-100612)   100% ->
613-1050  (102090-102527)   100% ->
1051-1325  (129361-129635)   100% ->
1326-1659  (138430-138763)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACATGGGGGCCCTGGACAACCTGATCGCCAACACCGCCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGACATGGGGGCCCTGGACAACCTGATCGCCAACACCGCCTACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGCCCGGAAGCCCTCGGACTGCGACAGCAAAGAGCTGCAGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGCCCGGAAGCCCTCGGACTGCGACAGCAAAGAGCTGCAGCGGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGTAGCCTGGCCCTGCCCGGGCTGCAGGGCTGCGCGGAGCTCCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGTAGCCTGGCCCTGCCCGGGCTGCAGGGCTGCGCGGAGCTCCGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTGTCCCTGAACTTCCACAGCCTGTGTGAGCAGCAGCCCATCGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCTGTCCCTGAACTTCCACAGCCTGTGTGAGCAGCAGCCCATCGGTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCCTCTTCCGTGACTTCCTAGCCACAGTGCCCACGTTCCGCAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCCTCTTCCGTGACTTCCTAGCCACAGTGCCCACGTTCCGCAAGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAACCTTCCTAGAGGACGTGCAGAACTGGGAGCTGGCCGAGGAGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAACCTTCCTAGAGGACGTGCAGAACTGGGAGCTGGCCGAGGAGGGACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCAAAGACAGCGCGCTGCAGGGGCTGGTGGCCACTTGTGCGAGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCAAAGACAGCGCGCTGCAGGGGCTGGTGGCCACTTGTGCGAGTGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCCCGGGGAACCCGCAACCCTTCCTCAGCCAGGCCGTGGCCACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCCCGGGGAACCCGCAACCCTTCCTCAGCCAGGCCGTGGCCACCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCAAGCAGCCACCACTGAGGAAGAGCGAGTGGCTGCAGTGACGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCAAGCAGCCACCACTGAGGAAGAGCGAGTGGCTGCAGTGACGCTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGGCTGAGGCCATGGCTTTCTTGCAAGAGCAGCCCTTTAAGGATTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGGCTGAGGCCATGGCTTTCTTGCAAGAGCAGCCCTTTAAGGATTTCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GACCAGCGCCTTCTACGACAAGTTTCTGCAGTGGAAACTCTTCGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GACCAGCGCCTTCTACGACAAGTTTCTGCAGTGGAAACTCTTCGAGATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AACCAGTGTCAGACAAGTACTTCACTGAGTTCAGAGTGCTGGGGAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AACCAGTGTCAGACAAGTACTTCACTGAGTTCAGAGTGCTGGGGAAAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGTTTTGGGGAG         GTATGTGCCGTCCAGGTGAAAAACACTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGTTTTGGGGAGGTA...AAGGTATGTGCCGTCCAGGTGAAAAACACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAAGATGTATGCCTGTAAGAAACTGGACAAGAAGCGGCTGAAGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102119 GAAGATGTATGCCTGTAAGAAACTGGACAAGAAGCGGCTGAAGAAGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGGCGAGAAGATGGCTCTCTTGGAAAAGGAAATCTTGGAGAAGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102169 GTGGCGAGAAGATGGCTCTCTTGGAAAAGGAAATCTTGGAGAAGGTCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGCCCTTTCATTGTCTCTCTGGCCTATGCCTTTGAGAGCAAGACCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102219 AGCCCTTTCATTGTCTCTCTGGCCTATGCCTTTGAGAGCAAGACCCATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGCCTTGTCATGAGCCTGATGAATGGGGGAGACCTCAAGTTCCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102269 CTGCCTTGTCATGAGCCTGATGAATGGGGGAGACCTCAAGTTCCACATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACAACGTGGGCACGCGTGGCCTGGACATGAGCCGGGTGATCTTTTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102319 ACAACGTGGGCACGCGTGGCCTGGACATGAGCCGGGTGATCTTTTACTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCCCAGATAGCCTGTGGGATGCTGCACCTCCATGAACTCGGCATCGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102369 GCCCAGATAGCCTGTGGGATGCTGCACCTCCATGAACTCGGCATCGTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCGGGACATGAAGCCTGAGAATGTGCTTCTGGATGACCTCGGCAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102419 TCGGGACATGAAGCCTGAGAATGTGCTTCTGGATGACCTCGGCAACTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGTTATCTGACCTGGGGCTGGCCGTGGAGATGAAGGGTGGCAAGCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102469 GGTTATCTGACCTGGGGCTGGCCGTGGAGATGAAGGGTGGCAAGCCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACCCAGAGG         GCTGGAACCAATGGTTACATGGCTCCTGAGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 ACCCAGAGGGTG...CAGGCTGGAACCAATGGTTACATGGCTCCTGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCTAATGGAAAAGGTAAGTTATTCCTATCCTGTGGACTGGTTTGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129393 CCTAATGGAAAAGGTAAGTTATTCCTATCCTGTGGACTGGTTTGCCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GATGCAGCATTTATGAAATGGTTGCTGGACGAACACCATTCAAAGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129443 GATGCAGCATTTATGAAATGGTTGCTGGACGAACACCATTCAAAGATTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGGAAAAGGTCAGTAAAGAGGATCTGAAGCAAAGAACTCTGCAAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129493 AAGGAAAAGGTCAGTAAAGAGGATCTGAAGCAAAGAACTCTGCAAGACGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGTCAAATTCCAGCATGATAACTTCACAGAGGAAGCAAAAGATATTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129543 GGTCAAATTCCAGCATGATAACTTCACAGAGGAAGCAAAAGATATTTGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GGCTCTTCTTGGCTAAGAAACCAGAGCAACGCTTAGGAAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129593 GGCTCTTCTTGGCTAAGAAACCAGAGCAACGCTTAGGAAGCAGGTA...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326   AGAAAAGTCTGATGATCCCAGGAAACATCATTTCTTTAAAACGATCAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138428 AGAGAAAAGTCTGATGATCCCAGGAAACATCATTTCTTTAAAACGATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTTTCCTCGCCTGGAAGCTGGCCTAATTGAACCCCCATTTGTGCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138478 CTTTCCTCGCCTGGAAGCTGGCCTAATTGAACCCCCATTTGTGCCAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CTTCAGTGGTTTATGCCAAAGACATCGCTGAAATTGATGATTTCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138528 CTTCAGTGGTTTATGCCAAAGACATCGCTGAAATTGATGATTTCTCTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GTTCGGGGGGTGGAATTTGATGACAAAGATAAGCAGTTCTTCAAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138578 GTTCGGGGGGTGGAATTTGATGACAAAGATAAGCAGTTCTTCAAAAACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TGCGACAGGTGCTGTTCCTATAGCATGGCAGGAAGAAATTATAGAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138628 TGCGACAGGTGCTGTTCCTATAGCATGGCAGGAAGAAATTATAGAAACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GACTGTTTGAGGAACTGAATGACCCCAACAGACCTACGGGTTGTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138678 GACTGTTTGAGGAACTGAATGACCCCAACAGACCTACGGGTTGTGAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1624 GGTAATTCATCCAAGTCTGGCGTGTGTTTGTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138728 GGTAATTCATCCAAGTCTGGCGTGTGTTTGTTATTG