seq1 = pF1KE0366.tfa, 1902 bp
seq2 = pF1KE0366/gi568815593f_1101651.tfa (gi568815593f:1101651_1321901), 220251 bp

>pF1KE0366 1902
>gi568815593f:1101651_1321901 (Chr5)

1-202  (100001-100202)   100% ->
203-343  (107096-107236)   100% ->
344-481  (108794-108931)   100% ->
482-663  (110653-110834)   100% ->
664-774  (111813-111923)   100% ->
775-887  (112303-112415)   100% ->
888-1016  (114908-115036)   99% ->
1017-1173  (115139-115295)   100% ->
1174-1378  (117253-117457)   100% ->
1379-1538  (117855-118014)   100% ->
1539-1701  (119501-119663)   100% ->
1702-1902  (120051-120251)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAGGCTCGTGCTGCCCAACCCCGGCCTAGACGCCCGGATCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAGGCTCGTGCTGCCCAACCCCGGCCTAGACGCCCGGATCCCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGCTGAGCTGGAGACCATCGAGCAGGAGGAGGCCAGCTCCCGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGCTGAGCTGGAGACCATCGAGCAGGAGGAGGCCAGCTCCCGGCCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTGGGACAACAAGGCGCAGTACATGCTCACCTGCCTGGGCTTCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTGGGACAACAAGGCGCAGTACATGCTCACCTGCCTGGGCTTCTGCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCTCGGCAACGTGTGGCGCTTCCCCTACCTGTGTCAGAGCCACGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCTCGGCAACGTGTGGCGCTTCCCCTACCTGTGTCAGAGCCACGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AG         GAGCCTTCATGATCCCGTTCCTCATCCTGCTGGTCCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGTA...CAGGAGCCTTCATGATCCCGTTCCTCATCCTGCTGGTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCATCCCCCTGCTGTACCTGGAGTTCGCCATCGGGCAGCGGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107135 AGGGCATCCCCCTGCTGTACCTGGAGTTCGCCATCGGGCAGCGGCTGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGGGCAGCCTGGGTGTGTGGAGCTCCATCCACCCGGCCCTGAAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107185 CGGGGCAGCCTGGGTGTGTGGAGCTCCATCCACCCGGCCCTGAAGGGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AG         GCCTGGCCTCCATGCTCACGTCCTTCATGGTGGGACTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107235 AGGTG...CAGGCCTGGCCTCCATGCTCACGTCCTTCATGGTGGGACTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTACAACACCATCATCTCCTGGATCATGTGGTACTTATTCAACTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108833 ATTACAACACCATCATCTCCTGGATCATGTGGTACTTATTCAACTCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGAGCCTCTGCCCTGGAGCGACTGCCCGCTCAACGAGAACCAGACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108883 CAGGAGCCTCTGCCCTGGAGCGACTGCCCGCTCAACGAGAACCAGACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         GGTATGTGGACGAGTGCGCCAGGAGCTCCCCTGTGGACTACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108933 TG...CAGGGTATGTGGACGAGTGCGCCAGGAGCTCCCCTGTGGACTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTGGTACCGAGAGACGCTCAACATCTCCACGTCCATCAGCGACTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110695 TCTGGTACCGAGAGACGCTCAACATCTCCACGTCCATCAGCGACTCGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCATCCAGTGGTGGATGCTGCTGTGCCTGGCCTGCGCATGGAGCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110745 TCCATCCAGTGGTGGATGCTGCTGTGCCTGGCCTGCGCATGGAGCGTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTACATGTGCACCATCCGCGGCATCGAGACCACCGGGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110795 GTACATGTGCACCATCCGCGGCATCGAGACCACCGGGAAGGTA...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCGTGTACATCACCTCCACGCTGCCCTATGTCGTCCTGACCATCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111814 CCGTGTACATCACCTCCACGCTGCCCTATGTCGTCCTGACCATCTTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCCGAGGCCTGACGCTGAAGGGCGCCACCAATGGCATCGTCTTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111864 ATCCGAGGCCTGACGCTGAAGGGCGCCACCAATGGCATCGTCTTCCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACGCCCAAC         GTCACGGAGCTGGCCCAGCCGGACACCTGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111914 CACGCCCAACGTA...CAGGTCACGGAGCTGGCCCAGCCGGACACCTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGACGCGGGCGCACAGGTCTTCTTCTCCTTCTCCCTGGCCTTCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112334 TGGACGCGGGCGCACAGGTCTTCTTCTCCTTCTCCCTGGCCTTCGGGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTCATCTCCTTCTCCAGCTACAACTCTGTGCA         CAACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112384 CTCATCTCCTTCTCCAGCTACAACTCTGTGCAGTG...CAGCAACAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGAAGGACTCGGTGATTGTGTCCATCATCAACGGCTTCACATCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114917 CGAGAAGGACTCGGTGATTGTGTCCATCATCAACGGCTTCACATCGGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGTGGCCATCGTGGTCTACTCCGTCATTGGGTTCCGCGCCACGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 114967 ATGTGGCCATCGTGGTCTACTCCGTCATTGGGTTCCGCGCCACACAGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TACGACGACTGCTTCAGCAC         GAACATCCTGACCCTCATCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115017 TACGACGACTGCTTCAGCACGTG...CAGGAACATCCTGACCCTCATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGGGTTCGACCTGCCTGAAGGCAACGTGACCCAGGAGAACTTTGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115160 CGGGTTCGACCTGCCTGAAGGCAACGTGACCCAGGAGAACTTTGTGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCAGCAGCGGTGCAACGCCTCCGACCCCGCGGCCTACGCGCAGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115210 TGCAGCAGCGGTGCAACGCCTCCGACCCCGCGGCCTACGCGCAGCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTCCAGACCTGCGACATCAACGCCTTCCTCTCAGAG         GCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115260 TTCCAGACCTGCGACATCAACGCCTTCCTCTCAGAGGTA...CAGGCCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGGGCACAGGCCTGGCCTTCATCGTCTTCACCGAGGCCATCACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117258 GGAGGGCACAGGCCTGGCCTTCATCGTCTTCACCGAGGCCATCACCAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGCCGTTGTCCCCACTGTGGTCTGTGCTCTTCTTCATTATGCTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117308 TGCCGTTGTCCCCACTGTGGTCTGTGCTCTTCTTCATTATGCTCTTCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGGGGCTGTCATCTATGTTTGGGAACATGGAGGGCGTCGTTGTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117358 CTGGGGCTGTCATCTATGTTTGGGAACATGGAGGGCGTCGTTGTGCCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCAGGACCTCAGAGTCATCCCCCCGAAGTGGCCCAAGGAGGTGCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117408 GCAGGACCTCAGAGTCATCCCCCCGAAGTGGCCCAAGGAGGTGCTCACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379          GCCTCATCTGCCTGGGGACATTCCTCATTGGCTTCATCTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117458 GTA...CAGGCCTCATCTGCCTGGGGACATTCCTCATTGGCTTCATCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACGCTGAACTCCGGCCAGTACTGGCTCTCCCTGCTGGACAGCTATGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117896 ACGCTGAACTCCGGCCAGTACTGGCTCTCCCTGCTGGACAGCTATGCCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTCCATTCCCCTGCTCATCATCGCCTTCTGCGAGATGTTCTCTGTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117946 CTCCATTCCCCTGCTCATCATCGCCTTCTGCGAGATGTTCTCTGTGGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACGTGTACGGTGTGGACAG         GTTCAATAAGGACATCGAGTTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 117996 ACGTGTACGGTGTGGACAGGTA...CAGGTTCAATAAGGACATCGAGTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATGATCGGCCACAAGCCCAACATCTTCTGGCAAGTCACGTGGCGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119523 ATGATCGGCCACAAGCCCAACATCTTCTGGCAAGTCACGTGGCGCGTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CAGCCCCCTGCTCATGCTGATCATCTTCCTCTTCTTCTTCGTGGTAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119573 CAGCCCCCTGCTCATGCTGATCATCTTCCTCTTCTTCTTCGTGGTAGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCAGTCAGGAGCTGACCTACAGCATCTGGGACCCTGGCTAC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119623 TCAGTCAGGAGCTGACCTACAGCATCTGGGACCCTGGCTACGTA...CAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAGGAATTTCCCAAATCCCAGAAGATCTCCTACCCGAACTGGGTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120051 GAGGAATTTCCCAAATCCCAGAAGATCTCCTACCCGAACTGGGTGTATGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGTGGTGGTGATTGTGGCTGGAGTGCCCTCCCTCACCATCCCTGGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120101 GGTGGTGGTGATTGTGGCTGGAGTGCCCTCCCTCACCATCCCTGGCTATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCATCTACAAGCTCATCAGGAACCACTGCCAGAAGCCAGGGGACCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120151 CCATCTACAAGCTCATCAGGAACCACTGCCAGAAGCCAGGGGACCATCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGGCTGGTGAGCACACTGTCCACAGCCTCCATGAACGGGGACCTGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120201 GGGCTGGTGAGCACACTGTCCACAGCCTCCATGAACGGGGACCTGAAGTA

   2000 
   1902 C
        |
 120251 C