seq1 = pF1KE0365.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE0365/gi568815579f_15515617.tfa (gi568815579f:15515617_15729355), 213739 bp

>pF1KE0365 1560
>gi568815579f:15515617_15729355 (Chr19)

1-198  (100001-100198)   100% ->
199-343  (102384-102528)   100% ->
344-397  (103874-103927)   100% ->
398-525  (104019-104146)   100% ->
526-647  (106603-106724)   100% ->
648-918  (107489-107759)   100% ->
919-985  (108083-108149)   100% ->
986-1115  (108349-108478)   100% ->
1116-1249  (112686-112819)   100% ->
1250-1314  (112915-112979)   100% ->
1315-1397  (113145-113227)   100% ->
1398-1560  (113577-113739)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTGCTGAGCCTGTCTTGGCTGGGCCTCAGGCCGGTGGCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCTGCTGAGCCTGTCTTGGCTGGGCCTCAGGCCGGTGGCAGCATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGTGGCTGCTCCTGCTGGTGGTCGGGGCCTCCTGGCTCCTGGCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGTGGCTGCTCCTGCTGGTGGTCGGGGCCTCCTGGCTCCTGGCCCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGCCTGGACCTATGCCTTCTATCACAACGGCCGCCGCCTCCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGCCTGGACCTATGCCTTCTATCACAACGGCCGCCGCCTCCGGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCCGCAGCCCCGGAAACAGAACTGGTTCTTGGGTCACCTGGGCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 TTCCCGCAGCCCCGGAAACAGAACTGGTTCTTGGGTCACCTGGGCCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199        GTCACTCCCACAGAGGAGGGCTTGAGGGTCCTGACCCAGCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 G...CAGGTCACTCCCACAGAGGAGGGCTTGAGGGTCCTGACCCAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCCACCTACCCCCAGGGCTTTGTGAGGTGGTTGGGCCCCATCACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102427 TGGCCACCTACCCCCAGGGCTTTGTGAGGTGGTTGGGCCCCATCACTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCATCAACTTGTGCCACCCTGACATCGTCCGATCTGTCATCAATACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102477 ATCATCAACTTGTGCCACCCTGACATCGTCCGATCTGTCATCAATACCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AG         ATGCCATTACAGACAAGGACATAGTCTTCTACAAGACCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102527 AGGTA...CAGATGCCATTACAGACAAGGACATAGTCTTCTACAAGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAAGCCCTGGCTGG         GGGATGGGCTCTTGTTAAGTGTTGGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103913 TGAAGCCCTGGCTGGGTA...TAGGGGATGGGCTCTTGTTAAGTGTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACAAGTGGAGACACCACCGTCGCTTGCTGACGCCTGCCTTCCATTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104045 GACAAGTGGAGACACCACCGTCGCTTGCTGACGCCTGCCTTCCATTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCTGAAGCCCTATATAAAGATTTTCAGCAAGAGTGCAAACATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104095 CATCCTGAAGCCCTATATAAAGATTTTCAGCAAGAGTGCAAACATCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AT         GCCAAGTGGCAACGCCTGGCCATGGAGGGCAGCACCTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104145 ATGTG...CAGGCCAAGTGGCAACGCCTGGCCATGGAGGGCAGCACCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGATGTGTTTGAGCACATCAGCCTTATGACCCTGGACAGTCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106642 CTGGATGTGTTTGAGCACATCAGCCTTATGACCCTGGACAGTCTGCAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATGCATCTTCAGCTTTGACAGCAATTGTCAGGA         GAAGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106692 ATGCATCTTCAGCTTTGACAGCAATTGTCAGGAGTG...CAGGAAGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGAATATATTACTGCGATCATGGAGCTCAGTGCCCTTGTAGTGAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107497 GTGAATATATTACTGCGATCATGGAGCTCAGTGCCCTTGTAGTGAAACGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATAACCAGTTCTTCCGGTACAAGGACTTCCTGTACTTCCTCACTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107547 AATAACCAGTTCTTCCGGTACAAGGACTTCCTGTACTTCCTCACTCCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGACGGCGCTTCCACAGGGCCTGCAGACTGGTGCACGACTTCACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107597 TGGACGGCGCTTCCACAGGGCCTGCAGACTGGTGCACGACTTCACAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCGTCATCCAGGAGCGGCGCCGCACCCTCACTAGCCAGGGTGTTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107647 CCGTCATCCAGGAGCGGCGCCGCACCCTCACTAGCCAGGGTGTTGATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCCTCCAAGCCAAGGCCAAGTCCAAGACTTTGGACTTTATTGATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107697 TTCCTCCAAGCCAAGGCCAAGTCCAAGACTTTGGACTTTATTGATGTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTGCTGAGCGAG         GATAAAAATGGTAAAGAGTTGTCAGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107747 CCTGCTGAGCGAGGTG...CAGGATAAAAATGGTAAAGAGTTGTCAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGGACATAAGAGCAGAAGCTGACACTTTCATGTTTGGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108111 AGGACATAAGAGCAGAAGCTGACACTTTCATGTTTGGAGGTG...CAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CATGACACCACGGCCAGTGGCCTCTCCTGGGTCTTGTACAACCTCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108351 CATGACACCACGGCCAGTGGCCTCTCCTGGGTCTTGTACAACCTCGCGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCACCCAGAATACCAAGAACGCTGCCGGCAGGAGGTGCAAGAGCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108401 GCACCCAGAATACCAAGAACGCTGCCGGCAGGAGGTGCAAGAGCTTCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGACCGTGAGCCTAAAGAGATTGAATG         GGACGACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108451 AGGACCGTGAGCCTAAAGAGATTGAATGGTG...TAGGGACGACCTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGTTGCCCTTCCTGACCATGTGCCTGAAGGAGAGCCTGCGGTTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112699 CAGTTGCCCTTCCTGACCATGTGCCTGAAGGAGAGCCTGCGGTTGCATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCAATCCCTACATTCGCCCGCGGCTGCACCCAGGACGTGGTGCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112749 CCCAATCCCTACATTCGCCCGCGGCTGCACCCAGGACGTGGTGCTCCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACAGCCGAGTCATCCCCAAAG         GGAATGTCTGTAACATCAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112799 ACAGCCGAGTCATCCCCAAAGGTG...CAGGGAATGTCTGTAACATCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATCTTCGCAATCCATCACAACCCCTCAGTCTGGCCAGACCCTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112935 ATCTTCGCAATCCATCACAACCCCTCAGTCTGGCCAGACCCTGAGGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315     GTCTATGACCCCTTCCGCTTCGACCCAGAAAACGCCCAGAAGAGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112985 .CAGGTCTATGACCCCTTCCGCTTCGACCCAGAAAACGCCCAGAAGAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CACCTATGGCTTTTATTCCTTTCTCGGCGGGGCCCAG         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113191 CACCTATGGCTTTTATTCCTTTCTCGGCGGGGCCCAGGTG...CAGGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGCATCGGGCAGAAGTTCGCGATGGCAGAGATGAAGGTGGTCCTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113581 TGCATCGGGCAGAAGTTCGCGATGGCAGAGATGAAGGTGGTCCTGGCGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CACGCTGCTGCGCTTCCGCATCCTGCCCGACCACAGGGAGCCACGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113631 CACGCTGCTGCGCTTCCGCATCCTGCCCGACCACAGGGAGCCACGCAGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CGCCGGAGATTGTTTTGCGTGCGGAGGACGGACTTTGGCTGCGAGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113681 CGCCGGAGATTGTTTTGCGTGCGGAGGACGGACTTTGGCTGCGAGTAGAA

   1650     .
   1552 CCCCTGGGC
        |||||||||
 113731 CCCCTGGGC