seq1 = pF1KE0362.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KE0362/gi568815596f_233581938.tfa (gi568815596f:233581938_233872556), 290619 bp

>pF1KE0362 1590
>gi568815596f:233581938_233872556 (Chr2)

1-855  (100001-100855)   100% ->
856-987  (185097-185228)   100% ->
988-1075  (185912-185999)   100% ->
1076-1295  (186283-186502)   100% ->
1296-1590  (190325-190619)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCGTGCAGGGTGGACTGGCCTCCTTCCCCTATATGTGTGTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCGTGCAGGGTGGACTGGCCTCCTTCCCCTATATGTGTGTCTACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGACCTGTGGCTTTGCCAAGGCAGGGAAGCTGCTGGTAGTGCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGACCTGTGGCTTTGCCAAGGCAGGGAAGCTGCTGGTAGTGCCCATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGGAGCCACTGGTTCACCATGCAGTCGGTGGTGGAGAAACTCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGGAGCCACTGGTTCACCATGCAGTCGGTGGTGGAGAAACTCATCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGGGGCATGAGGTGGTCGTAGTCATGCCAGAGGTGAGTTGGCAACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGGGGCATGAGGTGGTCGTAGTCATGCCAGAGGTGAGTTGGCAACTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGATCACTGAATTGCACAGTGAAGACTTACTCAACCTCATACACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAGATCACTGAATTGCACAGTGAAGACTTACTCAACCTCATACACTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGATCAGGACCGGGAGTTCATGGTTTTTGCCGATGCTCGCTGGACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGATCAGGACCGGGAGTTCATGGTTTTTGCCGATGCTCGCTGGACGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCATTGCGAAGTGCATTTTCTCTATTAACAAGTTCATCCAATGGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCATTGCGAAGTGCATTTTCTCTATTAACAAGTTCATCCAATGGTATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGACTTATTTTTTTCAAATTGCAGGAGTTTGTTTAATGACCGAAAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGACTTATTTTTTTCAAATTGCAGGAGTTTGTTTAATGACCGAAAATTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAGAATACTTAAAGGAGAGTTGTTTTGATGCAGTGTTTCTCGATCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TAGAATACTTAAAGGAGAGTTGTTTTGATGCAGTGTTTCTCGATCCTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATGCCTGTGGCTTAATTGTTGCCAAATATTTCTCCCTCCCCTCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATGCCTGTGGCTTAATTGTTGCCAAATATTTCTCCCTCCCCTCTGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCGCCAGGGGAATATTTTGCCACTATCTTGAAGAAGGTGCACAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCGCCAGGGGAATATTTTGCCACTATCTTGAAGAAGGTGCACAGTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGCTCCTCTTTCCTATGTCCCCAGACTTCTCTTAGGGTTCTCAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGCTCCTCTTTCCTATGTCCCCAGACTTCTCTTAGGGTTCTCAGACGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGACTTTCAAGGAGAGAGTATGGAACCACATCATGCACTTGGAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGACTTTCAAGGAGAGAGTATGGAACCACATCATGCACTTGGAGGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTATTTTGCCCCTATTTTTTCAAAAATGTCTTAGAAATAGCCTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTATTTTGCCCCTATTTTTTCAAAAATGTCTTAGAAATAGCCTCTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCTCCAAACCCCTGTCACGGCATATGATCTCTACAGCCACACATCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCTCCAAACCCCTGTCACGGCATATGATCTCTACAGCCACACATCAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGGTTGTTGCGAACTGACTTTGTTTTGGAGTATCCCAAACCCGTGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGGTTGTTGCGAACTGACTTTGTTTTGGAGTATCCCAAACCCGTGATGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAATATGATCTTCATTGGTGGTATCAACTGTCATCAGGGAAAGCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAATATGATCTTCATTGGTGGTATCAACTGTCATCAGGGAAAGCCAGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTATG         GAATTTGAAGCCTACATTAATGCTTCTGGAGAACAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTATGGTA...TAGGAATTTGAAGCCTACATTAATGCTTCTGGAGAACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTCAGAAATTCCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185133 GGAATTGTGGTTTTCTCTTTGGGATCAATGGTCTCAGAAATTCCAGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAATCCCTCAGACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 185183 GAAAGCTATGGCAATTGCTGATGCTTTGGGCAAAATCCCTCAGACAGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988      GTCCTGTGGCGGTACACTGGAACCCGACCATCGAATCTTGCGAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185233 ..CAGGTCCTGTGGCGGTACACTGGAACCCGACCATCGAATCTTGCGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGATCTGCTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 185957 AACACGATACTTGTTAAGTGGCTACCCCAAAACGATCTGCTTGGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076   GTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATGCTGGTTCCCATGGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186281 AGGTCACCCGATGACCCGTGCCTTTATCACCCATGCTGGTTCCCATGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TTTATGAAAGCATATGCAATGGCGTTCCCATGGTGATGATGCCCTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186331 TTTATGAAAGCATATGCAATGGCGTTCCCATGGTGATGATGCCCTTGTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGACTAAGGGAGCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186381 GGTGATCAGATGGACAATGCAAAGCGCATGGAGACTAAGGGAGCTGGAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATTTAGAAAATGCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186431 GACCCTGAATGTTCTGGAAATGACTTCTGAAGATTTAGAAAATGCTCTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAGCAGTCATCAATGACAAAAG         TTACAAGGAGAACATCATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 186481 AAGCAGTCATCAATGACAAAAGGTA...TAGTTACAAGGAGAACATCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGAGCCGCTGGACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190344 CGCCTCTCCAGCCTTCACAAGGACCGCCCGGTGGAGCCGCTGGACCTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGTGTTCTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGGGCGCGCCACACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190394 CGTGTTCTGGGTGGAGTTTGTGATGAGGCACAAGGGCGCGCCACACCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACCAGTACCATTCCTTGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190444 GCCCCGCAGCCCACGACCTCACCTGGTACCAGTACCATTCCTTGGACGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGCCTTCATCACCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190494 ATTGGTTTCCTCTTGGCCGTCGTGCTGACAGTGGCCTTCATCACCTTTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 ATGTTGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGAAAAAAGGGCGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190544 ATGTTGTGCTTATGGCTACCGGAAATGCTTGGGGAAAAAAGGGCGAGTTA

   1600     .    :    .    :    .
   1565 AGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 190594 AGAAAGCCCACAAATCCAAGACCCAT