seq1 = pF1KE0359.tfa, 1746 bp
seq2 = pF1KE0359/gi568815592r_113841708.tfa (gi568815592r:113841708_114071190), 229483 bp

>pF1KE0359 1746
>gi568815592r:113841708_114071190 (Chr6)

(complement)

1-334  (100001-100334)   100% ->
335-447  (111173-111285)   100% ->
448-565  (112425-112542)   100% ->
566-640  (114498-114572)   100% ->
641-779  (115040-115178)   100% ->
780-921  (117773-117914)   100% ->
922-1014  (121931-122023)   100% ->
1015-1123  (122104-122212)   100% ->
1124-1264  (125043-125183)   100% ->
1265-1373  (125721-125829)   100% ->
1374-1504  (126781-126911)   100% ->
1505-1660  (127685-127840)   100% ->
1661-1718  (129426-129483)   100% ->
1719-1746  (130103-130130)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTCACCTCCCTGCGGCCTCCTGAGGTGGTTTGGTGGCCCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCTCACCTCCCTGCGGCCTCCTGAGGTGGTTTGGTGGCCCCCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGAGTTGGTGCCGCTGCCACCTCCGATTCCGAGCTTTCGGCACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGAGTTGGTGCCGCTGCCACCTCCGATTCCGAGCTTTCGGCACCTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGGTGGTACCGAGCCTTCCCGGCGCCCCCTCCTCTCCTCCCACCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGGTGGTACCGAGCCTTCCCGGCGCCCCCTCCTCTCCTCCCACCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCCTTCCCCGCGGGACTATCGCCCCCACGTTTCCCTCAGCCCTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCCTTCCCCGCGGGACTATCGCCCCCACGTTTCCCTCAGCCCTTTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCCGGCCGAGCCGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCCGGCCGAGCCGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAGCCCGGTGGCGGCGGTGGCCGGGGAGCCCATGGCGTACAGTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAGCCCGGTGGCGGCGGTGGCCGGGGAGCCCATGGCGTACAGTCAAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGGCAAAAAAAAAGTCTGCTACTACTACGACG         GTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100301 GGCGGCAAAAAAAAAGTCTGCTACTACTACGACGGTG...TAGGTGATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAAATTATTATTATGGACAGGGTCATCCCATGAAGCCTCATAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111180 TGGAAATTATTATTATGGACAGGGTCATCCCATGAAGCCTCATAGAATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCATGACCCATAACTTGCTGTTAAATTATGGCTTATACAGAAAAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111230 GCATGACCCATAACTTGCTGTTAAATTATGGCTTATACAGAAAAATGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATATAT         AGGCCCCATAAAGCCACTGCCGAAGAAATGACAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111280 ATATATGTG...CAGAGGCCCCATAAAGCCACTGCCGAAGAAATGACAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATATCACAGTGATGAGTATATCAAATTTCTACGGTCAATAAGACCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112460 ATATCACAGTGATGAGTATATCAAATTTCTACGGTCAATAAGACCAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACATGTCTGAGTATAGTAAGCAGATGCAGAGAT         TTAATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112510 ACATGTCTGAGTATAGTAAGCAGATGCAGAGATGTA...CAGTTAATGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGAGAAGATTGTCCAGTGTTTGATGGACTCTTTGAGTTTTGTCAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114506 GGAGAAGATTGTCCAGTGTTTGATGGACTCTTTGAGTTTTGTCAGCTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AACTGGCGGTTCAGTTG         CTGGAGCTGTGAAGTTAAACCGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114556 AACTGGCGGTTCAGTTGGTA...TAGCTGGAGCTGTGAAGTTAAACCGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AACAGACTGATATGGCTGTTAATTGGGCTGGAGGATTACATCATGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115064 AACAGACTGATATGGCTGTTAATTGGGCTGGAGGATTACATCATGCTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAATCAGAAGCATCAGGATTCTGTTACGTTAATGATATTGTGCTTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115114 AAATCAGAAGCATCAGGATTCTGTTACGTTAATGATATTGTGCTTGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTTGAATTACTAAA         GTATCATCAGAGAGTCTTATATATTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 115164 CCTTGAATTACTAAAGTA...CAGGTATCATCAGAGAGTCTTATATATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATATAGATATTCATCATGGTGATGGTGTTGAAGAAGCTTTTTATACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117799 ATATAGATATTCATCATGGTGATGGTGTTGAAGAAGCTTTTTATACAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATCGTGTAATGACGGTATCATTCCATAAATATGGGGAATACTTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117849 GATCGTGTAATGACGGTATCATTCCATAAATATGGGGAATACTTTCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACAGGAGACTTGAGG         GATATTGGTGCTGGAAAAGGCAAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117899 CACAGGAGACTTGAGGGTA...TAGGATATTGGTGCTGGAAAAGGCAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTATGCTGTCAATTTTCCAATGAGAGATGGTATAGATGATGAGTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121956 ACTATGCTGTCAATTTTCCAATGAGAGATGGTATAGATGATGAGTCATAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGGCAGATATTTAAGCCT         ATTATCTCAAAGGTGATGGAGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 122006 GGGCAGATATTTAAGCCTGTA...TAGATTATCTCAAAGGTGATGGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTATCAACCTAGTGCTGTGGTATTACAGTGTGGTGCAGACTCATTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122127 GTATCAACCTAGTGCTGTGGTATTACAGTGTGGTGCAGACTCATTATCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTGATAGACTGGGTTGTTTCAATCTAACAGTCAAAG         GTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122177 GTGATAGACTGGGTTGTTTCAATCTAACAGTCAAAGGTA...TAGGTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCTAAATGTGTAGAAGTTGTAAAAACTTTTAACTTACCATTACTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125048 GCTAAATGTGTAGAAGTTGTAAAAACTTTTAACTTACCATTACTGATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGAGGAGGTGGCTACACAATCCGTAATGTTGCTCGATGTTGGACATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125098 TGGAGGAGGTGGCTACACAATCCGTAATGTTGCTCGATGTTGGACATATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGACTGCAGTTGCCCTTGATTGTGAGATTCCCAATG         AGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 125148 AGACTGCAGTTGCCCTTGATTGTGAGATTCCCAATGGTA...TAGAGTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCATATAATGATTACTTTGAGTATTTTGGACCAGACTTCAAACTGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125726 CCATATAATGATTACTTTGAGTATTTTGGACCAGACTTCAAACTGCATAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAGTCCTTCAAACATGACAAACCAGAACACTCCAGAATATATGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125776 TAGTCCTTCAAACATGACAAACCAGAACACTCCAGAATATATGGAAAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TAAA         ACAGCGTTTGTTTGAAAATTTGCGCATGTTACCTCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125826 TAAAGTA...TAGACAGCGTTTGTTTGAAAATTTGCGCATGTTACCTCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCACCTGGTGTCCAGATGCAAGCTATTCCAGAAGATGCTGTTCATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126818 GCACCTGGTGTCCAGATGCAAGCTATTCCAGAAGATGCTGTTCATGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAGTGGAGATGAAGATGGAGAAGATCCAGACAAGAGAATTTCTA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126868 CAGTGGAGATGAAGATGGAGAAGATCCAGACAAGAGAATTTCTAGTA...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1505    TTCGAGCATCAGACAAGCGGATAGCTTGTGATGAAGAATTCTCAGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127682 CAGTTCGAGCATCAGACAAGCGGATAGCTTGTGATGAAGAATTCTCAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TCTGAGGATGAAGGAGAAGGAGGTCGAAGAAATGTGGCTGATCATAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127732 TCTGAGGATGAAGGAGAAGGAGGTCGAAGAAATGTGGCTGATCATAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGGAGCAAAGAAAGCTAGAATTGAAGAAGATAAGAAAGAAACAGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127782 AGGAGCAAAGAAAGCTAGAATTGAAGAAGATAAGAAAGAAACAGAGGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAAAAACAG         ACGTTAAGGAAGAAGATAAATCCAAGGACAAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 127832 AAAAAACAGGTC...TAGACGTTAAGGAAGAAGATAAATCCAAGGACAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGTGGTGAAAAAACAGATACCAAAGG         AACCAAATCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 129458 AGTGGTGAAAAAACAGATACCAAAGGGTA...CAGAACCAAATCAGAACA

   1850     .    :
   1734 GCTCAGCAACCCC
        |||||||||||||
 130118 GCTCAGCAACCCC