seq1 = pF1KE0358.tfa, 2262 bp
seq2 = pF1KE0358/gi568815590f_24341109.tfa (gi568815590f:24341109_24607533), 266425 bp

>pF1KE0358 2262
>gi568815590f:24341109_24607533 (Chr8)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-156  (101365-101468)   100% ->
157-233  (106078-106154)   100% ->
234-312  (122774-122852)   100% ->
313-389  (124591-124667)   100% ->
390-579  (125691-125880)   100% ->
580-633  (127659-127712)   100% ->
634-705  (135325-135396)   100% ->
706-875  (141034-141203)   100% ->
876-960  (144169-144253)   100% ->
961-1091  (146079-146209)   100% ->
1092-1266  (148051-148225)   100% ->
1267-1356  (149691-149780)   100% ->
1357-1552  (150795-150990)   100% ->
1553-1655  (151387-151489)   100% ->
1656-1842  (151935-152121)   100% ->
1843-1923  (158128-158208)   100% ->
1924-2002  (159070-159148)   100% ->
2003-2108  (159682-159787)   100% ->
2109-2208  (160369-160468)   100% ->
2209-2262  (166372-166425)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCCCGGGTGTATATTCTTGATGATTTTACTCATTCCTCAGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCCCGGGTGTATATTCTTGATGATTTTACTCATTCCTCAGGTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         AAAAGTTCATCCTTGGAGTAGAGGGTCAACAACTGGTTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTA...TAGAAAAGTTCATCCTTGGAGTAGAGGGTCAACAACTGGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCCTAAAAAGCTTCCTCTGATACAGAAGCGAGATACTGGACACACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 GTCCTAAAAAGCTTCCTCTGATACAGAAGCGAGATACTGGACACACCCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGATGACATACTG         AAAACGTATGAAGAAGAATTGTTGTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101454 GATGATGACATACTGGTA...TAGAAAACGTATGAAGAAGAATTGTTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAAATAAAACTAAATAGAAAAACCTTAGTCCTTCATCTTCTAAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106104 TGAAATAAAACTAAATAGAAAAACCTTAGTCCTTCATCTTCTAAGATCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 G         GGAGTTCCTAGGCTCAAATTACAGTGAAACATTCTACTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106154 GGTA...CAGGGAGTTCCTAGGCTCAAATTACAGTGAAACATTCTACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGAAAGGAGAAGCGTTCACCAGGCATCCTCAGATCATG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122814 ATGAAAGGAGAAGCGTTCACCAGGCATCCTCAGATCATGGTA...TAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCATTGTTTTTACCAAGGATCCATAGTACACGAATATGATTCAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124593 TCATTGTTTTTACCAAGGATCCATAGTACACGAATATGATTCAGCTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTATCAGTACGTGTAATGGTCTAAG         GGGATTCTTCAGAATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124643 GTATCAGTACGTGTAATGGTCTAAGGTA...CAGGGGATTCTTCAGAATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AACGACCAAAGATACCTCATTGAACCAGTGAAATACTCAGATGAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125707 AACGACCAAAGATACCTCATTGAACCAGTGAAATACTCAGATGAGGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACATTTGGTGTTCAAATATAACCTGAGGGTGCCGTATGGTGCCAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125757 ACATTTGGTGTTCAAATATAACCTGAGGGTGCCGTATGGTGCCAATTATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTGTACAGAGCTTAATTTTACCAGAAAAACTGTTCCAGGGGATAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125807 CCTGTACAGAGCTTAATTTTACCAGAAAAACTGTTCCAGGGGATAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTGAAGAAGACTCCAAAATAAAA         GGCATCCATGATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125857 TCTGAAGAAGACTCCAAAATAAAAGTG...CAGGGCATCCATGATGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTATGTTGAATTGTTCATTGTTGCTGATGATACTGTG         TATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127676 GTATGTTGAATTGTTCATTGTTGCTGATGATACTGTGGTA...CAGTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCAGAAATGGTCATCCTCACAATAAACTAAGGAACCGAATTTGGGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135329 GCAGAAATGGTCATCCTCACAATAAACTAAGGAACCGAATTTGGGGAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTCAATTTTGTCAACATG         ATTTATAAAACCTTAAACATCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 135379 GTCAATTTTGTCAACATGGTA...CAGATTTATAAAACCTTAAACATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGTGACGTTGGTTGGCATTGAAATATGGACACATGAAGATAAAATAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141057 TGTGACGTTGGTTGGCATTGAAATATGGACACATGAAGATAAAATAGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TATATTCAAATATAGAAACTACCTTATTGCGTTTTTCATTTTGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141107 TATATTCAAATATAGAAACTACCTTATTGCGTTTTTCATTTTGGCAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGATCCTTAAAACACGGAAGGATTTTGATCATGTTGTATTACTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 141157 AAGATCCTTAAAACACGGAAGGATTTTGATCATGTTGTATTACTCAGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    876       TGGGAAGTGGCTCTACTCACATGTGCAAGGAATTTCTTATCCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141207 ...TAGTGGGAAGTGGCTCTACTCACATGTGCAAGGAATTTCTTATCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGGGTATGTGCCTGCCCTATTATTCCACCAGTATCATTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 144213 GGGGTATGTGCCTGCCCTATTATTCCACCAGTATCATTAAGGTG...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GATCTTTTACCTGACACAAACATAATTGCAAACAGAATGGCACATCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146079 GATCTTTTACCTGACACAAACATAATTGCAAACAGAATGGCACATCAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGGGCATAACCTTGGGATGCAGCATGACGAGTTCCCATGCACCTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146129 GGGGCATAACCTTGGGATGCAGCATGACGAGTTCCCATGCACCTGTCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAGGAAAATGCGTGATGGACAGTGATGGAAG         CATTCCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 146179 CAGGAAAATGCGTGATGGACAGTGATGGAAGGTG...TAGCATTCCTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGAAATTCAGTAAATGCAGCCAAAACCAATACCACCAGTACTTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148061 CTGAAATTCAGTAAATGCAGCCAAAACCAATACCACCAGTACTTGAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTATAAGCCAACATGCATGCTCAACATTCCATTTCCTTACAATTTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148111 TTATAAGCCAACATGCATGCTCAACATTCCATTTCCTTACAATTTTCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATTTCCAATTTTGTGGAAACAAGAAGTTGGATGAGGGTGAAGAGTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148161 ATTTCCAATTTTGTGGAAACAAGAAGTTGGATGAGGGTGAAGAGTGTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGTGGCCCTGCTCAG         GAGTGTACTAATCCTTGCTGTGATGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 148211 TGTGGCCCTGCTCAGGTA...CAGGAGTGTACTAATCCTTGCTGTGATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ACACACATGTGTACTGAAGCCAGGATTTACTTGTGCAGAAGGAGAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149717 ACACACATGTGTACTGAAGCCAGGATTTACTTGTGCAGAAGGAGAATGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GTGAATCTTGTCAG         ATAAAAAAAGCAGGGTCCATATGCAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 149767 GTGAATCTTGTCAGGTA...CAGATAAAAAAAGCAGGGTCCATATGCAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCGGCGAAAGATGAATGTGATTTTCCTGAGATGTGCACTGGCCACTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150822 CCGGCGAAAGATGAATGTGATTTTCCTGAGATGTGCACTGGCCACTCGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGCCTGTCCTAAGGACCAGTTCAGGGTCAATGGATTTCCTTGCAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150872 TGCCTGTCCTAAGGACCAGTTCAGGGTCAATGGATTTCCTTGCAAGAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CAGAAGGCTACTGTTTCATGGGGAAATGTCCAACTCGTGAGGATCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150922 CAGAAGGCTACTGTTTCATGGGGAAATGTCCAACTCGTGAGGATCAGTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCTGAACTATTTGATGATG         AGGCAATAGAGAGTCATGATAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 150972 TCTGAACTATTTGATGATGGTG...CAGAGGCAATAGAGAGTCATGATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CTGCTACAAGATGAATACAAAAGGAAATAAATTTGGATACTGCAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151409 CTGCTACAAGATGAATACAAAAGGAAATAAATTTGGATACTGCAAAAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AGGAAAACAGATTTCTTCCCTGTGAGGAGAA         AGATGTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 151459 AGGAAAACAGATTTCTTCCCTGTGAGGAGAAGTA...CAGAGATGTCAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TGTGGAAAGATCTACTGCACTGGAGGGGAGCTTTCCTCTCTCCTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151945 TGTGGAAAGATCTACTGCACTGGAGGGGAGCTTTCCTCTCTCCTTGGAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AGACAAGACTTATCACCTTAAGGATCCCCAGAAGAATGCTACTGTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151995 AGACAAGACTTATCACCTTAAGGATCCCCAGAAGAATGCTACTGTCAAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GCAAAACTATTTTTTTATACCATGATTCTACAGACATTGGCCTGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152045 GCAAAACTATTTTTTTATACCATGATTCTACAGACATTGGCCTGGTGGCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TCAGGAACAAAATGTGGAGAGGGAATG         GTGTGCAACAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 152095 TCAGGAACAAAATGTGGAGAGGGAATGGTA...TAGGTGTGCAACAATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TGAATGTCTAAACATGGAAAAGGTCTATATCTCAACCAATTGCCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158142 TGAATGTCTAAACATGGAAAAGGTCTATATCTCAACCAATTGCCCCTCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AGTGCAATGAAAATCCT         GTGGATGGCCACGGACTCCAGTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 158192 AGTGCAATGAAAATCCTGTA...CAGGTGGATGGCCACGGACTCCAGTGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CACTGTGAGGAAGGACAGGCACCTGTAGCCTGTGAAGAAACCTTACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159094 CACTGTGAGGAAGGACAGGCACCTGTAGCCTGTGAAGAAACCTTACATGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 TACCA         ATATCACCATCTTGGTTGTTGTGCTTGTCCTGGTTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159144 TACCAGTG...CAGATATCACCATCTTGGTTGTTGTGCTTGTCCTGGTTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TTGTCGGTATCGGAGTTCTTATACTATTAGTTCGTTACCGAAAATGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159718 TTGTCGGTATCGGAGTTCTTATACTATTAGTTCGTTACCGAAAATGTATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AAGTTGAAGCAAGTTCAGAG         CCCACCTACAGAAACCCTGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 159768 AAGTTGAAGCAAGTTCAGAGGTA...CAGCCCACCTACAGAAACCCTGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 AGTGGAGAACAAAGGATACTTTGGTGATGAGCAGCAGATAAGGACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160390 AGTGGAGAACAAAGGATACTTTGGTGATGAGCAGCAGATAAGGACTGAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 CAATCCTGCCAGAAATTCATTTCCTAAAT         AAACCTGCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 160440 CAATCCTGCCAGAAATTCATTTCCTAAATGTA...TAGAAACCTGCAAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 AAAGATTCAAGAGGAATCGCAGATCCCAATCAAAGTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166384 AAAGATTCAAGAGGAATCGCAGATCCCAATCAAAGTGCCAAG