seq1 = pF1KE0356.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KE0356/gi568815597f_46967491.tfa (gi568815597f:46967491_47217918), 250428 bp

>pF1KE0356 1515
>gi568815597f:46967491_47217918 (Chr1)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-319  (101132-101273)   100% ->
320-364  (113133-113177)   100% ->
365-492  (114844-114971)   100% ->
493-617  (117130-117254)   100% ->
618-772  (117334-117488)   100% ->
773-876  (127076-127179)   100% ->
877-1067  (131604-131794)   100% ->
1068-1201  (138638-138771)   100% ->
1202-1266  (148039-148103)   100% ->
1267-1349  (149160-149242)   100% ->
1350-1515  (150276-150441)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCTCCTGGCTTCAGGAACTCATGGCTCACCCCTTCTTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCTCCTGGCTTCAGGAACTCATGGCTCACCCCTTCTTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCTCCTCTGCATGTCTCTGCTGCTGTTTCAGGTAATCAGGTTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCCTCCTCTGCATGTCTCTGCTGCTGTTTCAGGTAATCAGGTTGTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGGAGGAGATGGATGATCAGAGCCCTGCACCTGTTTCCTGCACCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGGAGGAGATGGATGATCAGAGCCCTGCACCTGTTTCCTGCACCCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCACTGGTTCTATGGCCACAAGGAG         TTTTACCCAGTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 GCCCACTGGTTCTATGGCCACAAGGAGGTA...CAGTTTTACCCAGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGTTTGAGGTGTATCATAAGCTGATGGAAAAATACCCATGTGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101146 GGAGTTTGAGGTGTATCATAAGCTGATGGAAAAATACCCATGTGCTGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTGTGGGTTGGACCCTTTACGATGTTCTTCAGTGTCCATGACCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101196 CCTTGTGGGTTGGACCCTTTACGATGTTCTTCAGTGTCCATGACCCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGCCAAGATTCTCCTGAAAAGACAAG         ATCCCAAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101246 TATGCCAAGATTCTCCTGAAAAGACAAGGTA...CAGATCCCAAAAGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTTAGCCACAAAATCCTTGAATCCTGGGTTG         GTCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113146 TGTTAGCCACAAAATCCTTGAATCCTGGGTTGGTA...AAGGTCGAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTGACCCTGGATGGTTCTAAATGGAAAAAGCACCGCCAGATTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114853 TTGTGACCCTGGATGGTTCTAAATGGAAAAAGCACCGCCAGATTGTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGGCTTCAACATCAGCATTCTGAAAATATTCATCACCATGATGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114903 CCTGGCTTCAACATCAGCATTCTGAAAATATTCATCACCATGATGTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGTGTTCGGATGATGCTG         AACAAATGGGAGGAACACATTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114953 GAGTGTTCGGATGATGCTGGTA...CAGAACAAATGGGAGGAACACATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAAAACTCACGTCTGGAGCTCTTTCAACATGTCTCCCTGATGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117152 CCCAAAACTCACGTCTGGAGCTCTTTCAACATGTCTCCCTGATGACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACAGCATCATGAAGTGTGCCTTCAGCCACCAGGGCAGCATCCAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117202 GACAGCATCATGAAGTGTGCCTTCAGCCACCAGGGCAGCATCCAGTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAG         TACCCTGGACTCATACCTGAAAGCAGTGTTCAACCTTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117252 CAGGTC...CAGTACCCTGGACTCATACCTGAAAGCAGTGTTCAACCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCAAAATCTCCAACCAGCGCATGAACAATTTTCTACATCACAACGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117372 GCAAAATCTCCAACCAGCGCATGAACAATTTTCTACATCACAACGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTTTCAAATTCAGCTCTCAAGGCCAAATCTTTTCTAAATTTAACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117422 GTTTTCAAATTCAGCTCTCAAGGCCAAATCTTTTCTAAATTTAACCAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACTTCATCAGTTCACAG         AGAAAGTAATCCAGGACCGGAAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117472 ACTTCATCAGTTCACAGGTT...TAGAGAAAGTAATCCAGGACCGGAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTCTCTTAAGGATAAGCTAAAACAAGATACTACTCAGAAAAGGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127100 AGTCTCTTAAGGATAAGCTAAAACAAGATACTACTCAGAAAAGGCGCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATTTTCTGGACATACTTTTGAGTGCCAAA         AGCGAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 127150 GATTTTCTGGACATACTTTTGAGTGCCAAAGTA...TAGAGCGAAAACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAAGATTTCTCTGAAGCAGATCTCCAGGCTGAAGTGAAAACGTTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131615 CAAAGATTTCTCTGAAGCAGATCTCCAGGCTGAAGTGAAAACGTTCATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGCAGGACATGACACCACATCCAGTGCTATCTCCTGGATCCTTTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131665 TTGCAGGACATGACACCACATCCAGTGCTATCTCCTGGATCCTTTACTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGGCAAAGTACCCTGAGCATCAGCAGAGATGCCGAGATGAAATCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131715 TTGGCAAAGTACCCTGAGCATCAGCAGAGATGCCGAGATGAAATCAGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACTCCTAGGGGATGGGTCTTCTATTACCTG         GGAACACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131765 ACTCCTAGGGGATGGGTCTTCTATTACCTGGTA...CAGGGAACACCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCCAGATGCCTTACACCACGATGTGCATCAAGGAATGCCTCCGCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138649 GCCAGATGCCTTACACCACGATGTGCATCAAGGAATGCCTCCGCCTCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCACCGGTAGTAAACATATCCCGGTTACTCGACAAACCCATCACCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138699 GCACCGGTAGTAAACATATCCCGGTTACTCGACAAACCCATCACCTTTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGATGGACGCTCCTTACCTGCAG         GAATAACTGTGTTTATCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 138749 AGATGGACGCTCCTTACCTGCAGGTC...CAGGAATAACTGTGTTTATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATATTTGGGCTCTTCACCACAACCCCTATTTCTGGGAAGACCCTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 148057 ATATTTGGGCTCTTCACCACAACCCCTATTTCTGGGAAGACCCTCAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267       GTCTTTAACCCCTTGAGATTCTCCAGGGAAAATTCTGAAAAAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148107 ...CAGGTCTTTAACCCCTTGAGATTCTCCAGGGAAAATTCTGAAAAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACATCCCTATGCCTTCATACCATTCTCAGCTGGATTAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 149204 ACATCCCTATGCCTTCATACCATTCTCAGCTGGATTAAGGTA...CAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACTGCATTGGGCAGCATTTTGCCATAATTGAGTGTAAAGTGGCAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150278 ACTGCATTGGGCAGCATTTTGCCATAATTGAGTGTAAAGTGGCAGTGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTAACTCTGCTCCGCTTCAAGCTGGCTCCAGACCACTCAAGGCCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150328 TTAACTCTGCTCCGCTTCAAGCTGGCTCCAGACCACTCAAGGCCTCCCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCTGTTCGTCAAGTTGTCCTCAAGTCCAAGAATGGAATCCATGTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150378 GCCTGTTCGTCAAGTTGTCCTCAAGTCCAAGAATGGAATCCATGTGTTTG

   1600     .    :
   1502 CAAAAAAAGTTTGC
        ||||||||||||||
 150428 CAAAAAAAGTTTGC