seq1 = pF1KE0352.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KE0352/gi568815597f_109885053.tfa (gi568815597f:109885053_110120851), 235799 bp

>pF1KE0352 1590
>gi568815597f:109885053_110120851 (Chr1)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-232  (123982-124093)   100% ->
233-376  (126162-126305)   100% ->
377-477  (127310-127410)   100% ->
478-580  (127845-127947)   100% ->
581-675  (129711-129805)   100% ->
676-782  (130373-130479)   100% ->
783-899  (131292-131408)   100% ->
900-963  (131615-131678)   100% ->
964-1052  (132443-132531)   100% ->
1053-1123  (132894-132964)   100% ->
1124-1218  (133321-133415)   100% ->
1219-1317  (133500-133598)   100% ->
1318-1386  (133999-134067)   100% ->
1387-1465  (134496-134574)   100% ->
1466-1590  (135679-135802)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGATGCCTGACGCGATGCCGCTGCCCGGGGTCGGGGAGGAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGATGCCTGACGCGATGCCGCTGCCCGGGGTCGGGGAGGAGCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGCCAAGGAGATCGAGGACGCCGAGAAGTACTCCTTCATGGCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGCCAAGGAGATCGAGGACGCCGAGAAGTACTCCTTCATGGCCACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCAAGGCGCCCAAGAAG         CAAATCCAGTTTGCTGATGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TCACCAAGGCGCCCAAGAAGGTG...TAGCAAATCCAGTTTGCTGATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCAGGAGTTCACCAAATTCCCCACCAAAACTGGCCGAAGATCTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124003 ATGCAGGAGTTCACCAAATTCCCCACCAAAACTGGCCGAAGATCTTTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGCTCGATCTCACAGTCCTCCACTGACAGCTACAGTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124053 TCGCTCGATCTCACAGTCCTCCACTGACAGCTACAGTTCAGGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCATCCTACACAGATAGCTCTGATGATGAGGTTTCTCCCCGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126162 CTGCATCCTACACAGATAGCTCTGATGATGAGGTTTCTCCCCGAGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCAAACCAACTCCAAGGGCAGCAGCAATTTCTGTGTGAAGAACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126212 CAGCAAACCAACTCCAAGGGCAGCAGCAATTTCTGTGTGAAGAACATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGGCAGAATTTGGACGCCGGGAGATTGAGATTGCAGAGCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126262 GCAGGCAGAATTTGGACGCCGGGAGATTGAGATTGCAGAGCAAGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377    ACATGTCTGCTCTGATTTCACTCAGGAAACGTGCTCAGGGGGAGAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127307 CAGACATGTCTGCTCTGATTTCACTCAGGAAACGTGCTCAGGGGGAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCTTGGCTGGTGCTAAAATAGTGGGCTGTACACACATCACAGCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127357 CCCTTGGCTGGTGCTAAAATAGTGGGCTGTACACACATCACAGCCCAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCG         GTGTTGATTGAGACACTCTGTGCCCTGGGGGCTCAGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127407 AGCGGTG...CAGGTGTTGATTGAGACACTCTGTGCCCTGGGGGCTCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCGCTGGTCTGCTTGTAACATCTACTCAACTCAGAATGAAGTAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127882 GCCGCTGGTCTGCTTGTAACATCTACTCAACTCAGAATGAAGTAGCTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCACTGGCTGAGGCTG         GAGTTGCAGTGTTCGCTTGGAAGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127932 GCACTGGCTGAGGCTGGTA...CAGGAGTTGCAGTGTTCGCTTGGAAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGAGTCAGAAGATGACTTCTGGTGGTGTATTGACCGCTGTGTGAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129736 CGAGTCAGAAGATGACTTCTGGTGGTGTATTGACCGCTGTGTGAACATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGGTGGCAGGCCAACATG         ATCCTGGATGATGGGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129786 ATGGGTGGCAGGCCAACATGGTA...TAGATCCTGGATGATGGGGGAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTAACCCACTGGGTTTATAAGAAGTATCCAAACGTGTTTAAGAAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130394 TTAACCCACTGGGTTTATAAGAAGTATCCAAACGTGTTTAAGAAGATCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGCATTGTGGAAGAGAGCGTGACTGGTGTTCACAG         GCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130444 AGGCATTGTGGAAGAGAGCGTGACTGGTGTTCACAGGTA...TAGGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCAGCTCTCCAAAGCTGGGAAGCTCTGTGTTCCGGCCATGAACGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131297 ATCAGCTCTCCAAAGCTGGGAAGCTCTGTGTTCCGGCCATGAACGTCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATTCTGTTACCAAACAGAAGTTTGATAACTTGTACTGCTGCCGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131347 GATTCTGTTACCAAACAGAAGTTTGATAACTTGTACTGCTGCCGAGAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATTTTGGATGG         CCTGAAGAGGACCACAGATGTGATGTTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 131397 CATTTTGGATGGGTA...CAGCCTGAAGAGGACCACAGATGTGATGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTGGGAAACAAGTGGTGGTGTGTGGCTATGGTGAG         GTAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 131644 GTGGGAAACAAGTGGTGGTGTGTGGCTATGGTGAGGTA...CAGGTAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGGGCTGCTGTGCTGCTCTCAAAGCTCTTGGAGCAATTGTCTACATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132449 AAGGGCTGCTGTGCTGCTCTCAAAGCTCTTGGAGCAATTGTCTACATTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGAAATCGACCCCATCTGTGCTCTGCAGGCCTG         CATGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 132499 CGAAATCGACCCCATCTGTGCTCTGCAGGCCTGGTA...CAGCATGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGTTCAGGGTGGTAAAGCTAAATGAAGTCATCCGGCAAGTCGATGTCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132902 GGTTCAGGGTGGTAAAGCTAAATGAAGTCATCCGGCAAGTCGATGTCGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATAACTTGCACAG         GAAATAAGAATGTAGTGACACGGGAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132952 ATAACTTGCACAGGTA...TAGGAAATAAGAATGTAGTGACACGGGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTTGGATCGCATGAAAAACAGTTGTATCGTATGCAATATGGGCCACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133349 CTTGGATCGCATGAAAAACAGTTGTATCGTATGCAATATGGGCCACTCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACACAGAAATCGATGTG         ACCAGCCTCCGCACTCCGGAGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 133399 ACACAGAAATCGATGTGGTA...CAGACCAGCCTCCGCACTCCGGAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ACGTGGGAGCGAGTACGTTCTCAGGTGGACCATGTCATCTGGCCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133524 ACGTGGGAGCGAGTACGTTCTCAGGTGGACCATGTCATCTGGCCAGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CAAACGAGTTGTCCTCCTGGCAGAG         GGTCGTCTACTCAATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133574 CAAACGAGTTGTCCTCCTGGCAGAGGTA...CAGGGTCGTCTACTCAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGAGCTGCTCCACAGTTCCCACCTTTGTTCTGTCCATCACAGCCACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134015 TGAGCTGCTCCACAGTTCCCACCTTTGTTCTGTCCATCACAGCCACAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CAG         GCTTTGGCACTGATAGAACTCTATAATGCACCCGAGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134065 CAGGTA...TAGGCTTTGGCACTGATAGAACTCTATAATGCACCCGAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GCGATACAAGCAGGATGTGTACTTGCTTCCTAAGAAAATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 134534 GCGATACAAGCAGGATGTGTACTTGCTTCCTAAGAAAATGGGTG...TAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 ATGAATACGTTGCCAGCTTGCATCTGCCATCATTTGATGCCCACCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135679 ATGAATACGTTGCCAGCTTGCATCTGCCATCATTTGATGCCCACCTTACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GAGCTGACAGATGACCAAGCAAAATATCTGGGACTCAACAAAAATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135729 GAGCTGACAGATGACCAAGCAAAATATCTGGGACTCAACAAAAATGGGCC

   1700     .    :    .    :    .
   1566 ATTCAAACCTAATTATTACAGATAC
        ||||||||||||||||||||| ||-
 135779 ATTCAAACCTAATTATTACAGGTA