seq1 = pF1KE0350.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KE0350/gi568815597r_114573117.tfa (gi568815597r:114573117_114788741), 215625 bp

>pF1KE0350 2241
>gi568815597r:114573117_114788741 (Chr1)

(complement)

1-34  (93271-93305)   80% ->
35-215  (100001-100181)   100% ->
216-381  (101832-101997)   100% ->
382-547  (104378-104543)   100% ->
548-767  (108264-108483)   100% ->
768-897  (109034-109163)   100% ->
898-1092  (110215-110409)   100% ->
1093-1224  (110701-110832)   100% ->
1225-1388  (111228-111391)   100% ->
1389-1515  (112739-112865)   100% ->
1516-1679  (113049-113212)   100% ->
1680-1800  (113870-113990)   100% ->
1801-1974  (114660-114833)   100% ->
1975-2085  (114993-115103)   100% ->
2086-2241  (115470-115625)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCTGTTCAAACTCCCAGCT GAAG AGAAAC         AAATT
        |||||||||||||||||||||| |-|  |-| |||->>>...>>>|||||
  93271 ATGCCTCTGTTCAAACTCCCAGGTAGGTGTACAAA GTG...TAGAAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     40 GATGATGCAATGCGCAACTTTGCTGAAAAAGTGTTTGCCTCTGAAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 GATGATGCAATGCGCAACTTTGCTGAAAAAGTGTTTGCCTCTGAAGTCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90 AGATGAAGGAGGTCGTCAGGAGATTTCCCCCTTTGATGTGGATGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100056 AGATGAAGGAGGTCGTCAGGAGATTTCCCCCTTTGATGTGGATGAGATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 GTCCGATTTCTCATCATGAGATGCAAGCACACATATTCCATCTGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100106 GTCCGATTTCTCATCATGAGATGCAAGCACACATATTCCATCTGGAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190 CTGTCCACCTCCACAGAAGCCAGGAG         AAAAAAGCGTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100156 CTGTCCACCTCCACAGAAGCCAGGAGGTA...CAGAAAAAAGCGTTTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231 AGGACGGAAGACTGTTAATTTGTCCATTCCACTAAGTGAAACATCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101847 AGGACGGAAGACTGTTAATTTGTCCATTCCACTAAGTGAAACATCTTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281 CCAAACTGTCCCACATTGATGAATACATTTCCTCATCTCCAACCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 CCAAACTGTCCCACATTGATGAATACATTTCCTCATCTCCAACCTACCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331 ACCGTGCCTGATTTTCAGAGAGTGCAGATTACTGGTGACTATGCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101947 ACCGTGCCTGATTTTCAGAGAGTGCAGATTACTGGTGACTATGCCTCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 G         GTTACAGTTGAAGATTTTGAAATTGTTTGCAAAGGTCTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101997 GGTG...CAGGTTACAGTTGAAGATTTTGAAATTGTTTGCAAAGGTCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 ATCGGGCACTATGCATACGTGAGAAATACATGCAGAAGTCGTTTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104418 ATCGGGCACTATGCATACGTGAGAAATACATGCAGAAGTCGTTTCAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472 TTCCCTAAAACCCCTTCCAAATACTTGCGGAACATTGATGGTGAGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104468 TTCCCTAAAACCCCTTCCAAATACTTGCGGAACATTGATGGTGAGGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522 GGTAGCAAATGAGAGCTTCTATCCAG         TCTTTACTCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104518 GGTAGCAAATGAGAGCTTCTATCCAGGTA...AAGTCTTTACTCCTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563 TGAAGAAGGGAGAGGACCCCTTCCGAACAGACAACCTTCCTGAAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108279 TGAAGAAGGGAGAGGACCCCTTCCGAACAGACAACCTTCCTGAAAACCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613 GGCTATCACCTCAAAATGAAGGACGGTGTAGTTTACGTCTATCCTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108329 GGCTATCACCTCAAAATGAAGGACGGTGTAGTTTACGTCTATCCTAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663 AGCAGCAGTCAGCAAAGATGAGCCTAAGCCACTTCCTTACCCAAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108379 AGCAGCAGTCAGCAAAGATGAGCCTAAGCCACTTCCTTACCCAAATCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713 ACACCTTCTTAGACGATATGAATTTTTTACTTGCTTTAATTGCTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108429 ACACCTTCTTAGACGATATGAATTTTTTACTTGCTTTAATTGCTCAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763 CCTGT         TAAGACCTATACCCACCGGCGCCTGAAGTTCCTCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108479 CCTGTGTA...CAGTAAGACCTATACCCACCGGCGCCTGAAGTTCCTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804 CTCCAAGTTCCAGGTCCATCAGATGCTTAACGAGATGGACGAGTTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109070 CTCCAAGTTCCAGGTCCATCAGATGCTTAACGAGATGGACGAGTTAAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854 AGCTGAAAAACAACCCCCACCGAGATTTTTATAACTGCAGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109120 AGCTGAAAAACAACCCCCACCGAGATTTTTATAACTGCAGGAAGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898    GTGGACACCCATATCCATGCAGCCGCTTGCATGAACCAGAAACATCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110212 CAGGTGGACACCCATATCCATGCAGCCGCTTGCATGAACCAGAAACATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945 GCTGCGTTTTATTAAGAAATCTTACCAAATTGATGCTGACAGAGTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110262 GCTGCGTTTTATTAAGAAATCTTACCAAATTGATGCTGACAGAGTGGTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995 ATAGCACCAAAGAGAAGAATCTGACCCTAAAGGAACTTTTTGCTAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110312 ATAGCACCAAAGAGAAGAATCTGACCCTAAAGGAACTTTTTGCTAAATTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045 AAAATGCATCCTTATGACCTGACTGTTGATTCTCTGGATGTTCATGCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110362 AAAATGCATCCTTATGACCTGACTGTTGATTCTCTGGATGTTCATGCTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093        GGACGCCAGACCTTCCAGCGTTTTGATAAGTTCAATGACAAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110412 A...CAGGGACGCCAGACCTTCCAGCGTTTTGATAAGTTCAATGACAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 ATAATCCTGTAGGAGCAAGTGAGCTACGGGACCTCTACTTGAAGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110744 ATAATCCTGTAGGAGCAAGTGAGCTACGGGACCTCTACTTGAAGACAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 AATTACATTAATGGGGAATATTTTGCCACTATCATCAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110794 AATTACATTAATGGGGAATATTTTGCCACTATCATCAAGGTG...CAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227 GGTAGGTGCGGACCTGGTGGAGGCCAAGTACCAGCATGCTGAGCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111230 GGTAGGTGCGGACCTGGTGGAGGCCAAGTACCAGCATGCTGAGCCCCGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277 TGTCCATCTATGGCCGCAGTCCTGATGAGTGGAGCAAACTCTCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111280 TGTCCATCTATGGCCGCAGTCCTGATGAGTGGAGCAAACTCTCCTCCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327 TTCGTCTGCAATCGCATCCACTGCCCCAACATGACATGGATGATCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111330 TTCGTCTGCAATCGCATCCACTGCCCCAACATGACATGGATGATCCAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1377 TCCCAGGATCTA         TGATGTGTTCCGTTCCAAGAATTTCCTTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111380 TCCCAGGATCTAGTA...TAGTGATGTGTTCCGTTCCAAGAATTTCCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418 CACATTTTGGAAAAATGCTGGAGAATATTTTCATGCCAGTGTTTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112768 CACATTTTGGAAAAATGCTGGAGAATATTTTCATGCCAGTGTTTGAGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1468 ACCATCAACCCCCAGGCTGACCCAGAACTCAGTGTCTTCCTCAAGCAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112818 ACCATCAACCCCCAGGCTGACCCAGAACTCAGTGTCTTCCTCAAGCATGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516        ATCACTGGCTTTGACAGTGTGGATGATGAGTCCAAACACAGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112868 A...CAGATCACTGGCTTTGACAGTGTGGATGATGAGTCCAAACACAGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1559 GCCACATGTTCTCCTCCAAGAGTCCCAAGCCCCAGGAGTGGACATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113092 GCCACATGTTCTCCTCCAAGAGTCCCAAGCCCCAGGAGTGGACATTGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1609 AAGAATCCATCTTACACTTACTATGCCTACTACATGTATGCAAACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113142 AAGAATCCATCTTACACTTACTATGCCTACTACATGTATGCAAACATCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1659 GGTGCTCAACAGCCTGAGAAA         GGAACGAGGCATGAATACGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113192 GGTGCTCAACAGCCTGAGAAAGTA...CAGGGAACGAGGCATGAATACGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1700 TTCTGTTCCGACCTCACTGTGGAGAAGCTGGAGCCCTCACCCATCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113890 TTCTGTTCCGACCTCACTGTGGAGAAGCTGGAGCCCTCACCCATCTCATG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750 ACAGCATTCATGATAGCAGATGATATCTCTCATGGCCTAAATTTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113940 ACAGCATTCATGATAGCAGATGATATCTCTCATGGCCTAAATTTAAAAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1800 G         AGTCCCGTGCTACAGTACTTGTTTTTCTTAGCCCAAATTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113990 GGTG...CAGAGTCCCGTGCTACAGTACTTGTTTTTCTTAGCCCAAATTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1841 CCATCGCCATGTCACCACTAAGTAACAATAGCCTATTTCTAGAGTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114700 CCATCGCCATGTCACCACTAAGTAACAATAGCCTATTTCTAGAGTATGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1891 AAAAATCCTTTTTTGGATTTCCTTCAGAAAGGGCTAATGATCTCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114750 AAAAATCCTTTTTTGGATTTCCTTCAGAAAGGGCTAATGATCTCACTGTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1941 TACAGATGACCCAATGCAATTCCACTTTACCAAG         GAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114800 TACAGATGACCCAATGCAATTCCACTTTACCAAGGTA...CAGGAGCCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1982 TAATGGAAGAATATGCTATTGCTGCACAAGTCTTCAAGCTGAGCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115000 TAATGGAAGAATATGCTATTGCTGCACAAGTCTTCAAGCTGAGCACCTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2032 GATATGTGCGAAGTGGCAAGGAACAGTGTCTTGCAGTGTGGAATTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115050 GATATGTGCGAAGTGGCAAGGAACAGTGTCTTGCAGTGTGGAATTTCTCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2082 TGAG         GAGAAAGTAAAGTTTCTGGGCGACAATTACCTTGAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115100 TGAGGTA...TAGGAGAAAGTAAAGTTTCTGGGCGACAATTACCTTGAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2123 AAGGCCCTGCTGGAAATGATATCCGGAGGACAAATGTAGCCCAAATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115507 AAGGCCCTGCTGGAAATGATATCCGGAGGACAAATGTAGCCCAAATCCGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2173 ATGGCCTATCGCTATGAAACCTGGTGTTATGAACTCAATTTAATTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115557 ATGGCCTATCGCTATGAAACCTGGTGTTATGAACTCAATTTAATTGCTGA

   2350     .    :    .
   2223 GGGTCTTAAATCAACAGAA
        |||||||||||||||||||
 115607 GGGTCTTAAATCAACAGAA