seq1 = pF1KE0349.tfa, 2154 bp
seq2 = pF1KE0349/gi568815577f_33995199.tfa (gi568815577f:33995199_34197352), 202154 bp

>pF1KE0349 2154
>gi568815577f:33995199_34197352 (Chr21)

1-2154  (100001-102154)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGCTGTACTGGACACAGCAGACATTGCCATAGTGGCCCTGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGCTGTACTGGACACAGCAGACATTGCCATAGTGGCCCTGTATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATCCTGGTCATGTGCATTGGTTTTTTTGCCATGTGGAAATCTAATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATCCTGGTCATGTGCATTGGTTTTTTTGCCATGTGGAAATCTAATAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACCGTGAGTGGATACTTCCTGGCGGGGCGCTCTATGACCTGGGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100101 GCACCGTGAGTGGATACTTCCTGGCGGGGCGCTCTATGACCTGGGTAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGGTGCCTCTCTGTTTGTGAGCAATATTGGGAGTGAGCACTTCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGGTGCCTCTCTGTTTGTGAGCAATATTGGGAGTGAGCACTTCATTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGCAGGATCTGGAGCTGCAAGTGGATTTGCAGTGGGCGCATGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGCAGGATCTGGAGCTGCAAGTGGATTTGCAGTGGGCGCATGGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAATGCCTTACTGCTTTTACAACTTCTGGGATGGGTTTTCATCCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAATGCCTTACTGCTTTTACAACTTCTGGGATGGGTTTTCATCCCAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACATCCGGTCAGGGGTATATACCATGCCTGAATACTTGTCCAAGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACATCCGGTCAGGGGTATATACCATGCCTGAATACTTGTCCAAGCGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGTGGCCATAGGATTCAGGTCTATTTTGCAGCCTTGTCTCTGATTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGTGGCCATAGGATTCAGGTCTATTTTGCAGCCTTGTCTCTGATTCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATATTTTCACCAAGCTCTCGGTGGATCTGTATTCGGGTGCCCTTTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATATTTTCACCAAGCTCTCGGTGGATCTGTATTCGGGTGCCCTTTTTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGAGTCTTTGGGTTGGAATCTTTATGTGTCTGTCATCCTGCTCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGAGTCTTTGGGTTGGAATCTTTATGTGTCTGTCATCCTGCTCATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGACTGCTTTGCTGACTGTCACCGGAGGCCTTGTTGCAGTGATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATGACTGCTTTGCTGACTGTCACCGGAGGCCTTGTTGCAGTGATCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGACACTCTGCAGGCTCTGCTCATGATCATTGGGGCACTTACACTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGACACTCTGCAGGCTCTGCTCATGATCATTGGGGCACTTACACTTATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTATTAGCATAATGGAGATTGGCGGGTTTGAGGAAGTTAAGAGAAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTATTAGCATAATGGAGATTGGCGGGTTTGAGGAAGTTAAGAGAAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGTTGGCCTCACCCGATGTCACTTCCATCTTATTGACATACAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGTTGGCCTCACCCGATGTCACTTCCATCTTATTGACATACAACCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAACACAAATTCTTGTAATGTCTCCCCTAAGAAAGAAGCCCTGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAACACAAATTCTTGTAATGTCTCCCCTAAGAAAGAAGCCCTGAAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCGGAATCCAACAGATGAAGATGTTCCTTGGCCTGGATTCATTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCGGAATCCAACAGATGAAGATGTTCCTTGGCCTGGATTCATTCTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCAGACCCCAGCTTCAGTATGGTACTGGTGTGCTGACCAAGTCATCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCAGACCCCAGCTTCAGTATGGTACTGGTGTGCTGACCAAGTCATCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGAGGGTCCTTGCAGCCAAAAACATTGCTCATGCCAAAGGCTCTACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGAGGGTCCTTGCAGCCAAAAACATTGCTCATGCCAAAGGCTCTACTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATGGCTGGCTTCTTAAAGCTCCTGCCAATGTTTATCATAGTTGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATGGCTGGCTTCTTAAAGCTCCTGCCAATGTTTATCATAGTTGTCCCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AATGATTTCCAGGATACTGTTTACTGATGATATAGCTTGCATCAACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AATGATTTCCAGGATACTGTTTACTGATGATATAGCTTGCATCAACCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGCACTGCATGCTGGTGTGTGGAAGCAGAGCTGGTTGCTCCAATATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGCACTGCATGCTGGTGTGTGGAAGCAGAGCTGGTTGCTCCAATATTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TACCCACGCCTGGTGATGAAGCTGGTTCCTGTGGGCCTTCGGGGTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TACCCACGCCTGGTGATGAAGCTGGTTCCTGTGGGCCTTCGGGGTTTAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GATGGCAGTGATGATTGCAGCTCTGATGAGTGACTTAGACTCTATCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GATGGCAGTGATGATTGCAGCTCTGATGAGTGACTTAGACTCTATCTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACAGTGCCAGTACCATATTCACCCTCGATGTGTACAAACTTATCCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACAGTGCCAGTACCATATTCACCCTCGATGTGTACAAACTTATCCGCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGCGCAAGCTCCCGGGAGTTAATGATTGTGGGGAGGATATTTGTGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGCGCAAGCTCCCGGGAGTTAATGATTGTGGGGAGGATATTTGTGGCATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TATGGTGGTGATCAGCATAGCATGGGTGCCAATCATCGTGGAGATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TATGGTGGTGATCAGCATAGCATGGGTGCCAATCATCGTGGAGATGCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GAGGCCAGATGTACCTTTACATTCAGGAGGTAGCAGATTACCTGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GAGGCCAGATGTACCTTTACATTCAGGAGGTAGCAGATTACCTGACACCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CCAGTGGCAGCCTTGTTCCTGCTGGCAATTTTCTGGAAGCGCTGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CCAGTGGCAGCCTTGTTCCTGCTGGCAATTTTCTGGAAGCGCTGCAATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ACAAGGGGCTTTCTATGGTGGAATGGCTGGCTTTGTTCTTGGAGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 ACAAGGGGCTTTCTATGGTGGAATGGCTGGCTTTGTTCTTGGAGCAGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GTTTGATACTGGCCTTTGCCTACCGTGCCCCAGAATGTGACCAACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GTTTGATACTGGCCTTTGCCTACCGTGCCCCAGAATGTGACCAACCTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AATAGGCCGGGCTTCATCAAAGACATCCATTATATGTATGTGGCCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AATAGGCCGGGCTTCATCAAAGACATCCATTATATGTATGTGGCCACAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 ATTGTTTTGGGTCACGGGACTCATTACTGTAATTGTGAGCCTTCTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 ATTGTTTTGGGTCACGGGACTCATTACTGTAATTGTGAGCCTTCTCACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CACCTCCCACAAAGGAACAGATTCGAACCACCACCTTTTGGTCTAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CACCTCCCACAAAGGAACAGATTCGAACCACCACCTTTTGGTCTAAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AACCTGGTGGTGAAGGAGAACTGCTCCCCAAAAGAGGAACCATACCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 101651 AACCTGGTGGTGAAGGAGAACTGCTCCCCAAAAGAGGAACCATACAAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GCAAGAAAAGAGCATTCTGAGATGCAGTGAGAATAATGAGACCATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GCAAGAAAAGAGCATTCTGAGATGCAGTGAGAATAATGAGACCATCAACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ACATCATTCCCAACGGGAAATCTGAAGACAGCATTAAGGGCCTTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ACATCATTCCCAACGGGAAATCTGAAGACAGCATTAAGGGCCTTCAGCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GAAGATGTTAATCTGTTGGTAACCTGCAGAGAGGAGGGCAACCCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GAAGATGTTAATCTGTTGGTAACCTGCAGAGAGGAGGGCAACCCAGTGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 ATCCTTAGGTCATTCAGAGGCAGAAACACCAGTTGACGCTTACTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 ATCCTTAGGTCATTCAGAGGCAGAAACACCAGTTGACGCTTACTCCAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 GGCAAGCAGCTCTCATGGGTGAGAAAGAGAGAAAGAAAGAAACGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 GGCAAGCAGCTCTCATGGGTGAGAAAGAGAGAAAGAAAGAAACGGATGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 GGAGGTCGGTACTGGAAGTTCATAGACTGGTTTTGTGGCTTTAAAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 GGAGGTCGGTACTGGAAGTTCATAGACTGGTTTTGTGGCTTTAAAAGTAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 GAGCCTCAGCAAGAGGAGTCTCAGAGACCTGATGGAAGAGGAGGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 GAGCCTCAGCAAGAGGAGTCTCAGAGACCTGATGGAAGAGGAGGCTGTTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 GTTTACAGATGCTAGAAGAGACTCGGCAAGTTAAAGTAATACTAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GTTTACAGATGCTAGAAGAGACTCGGCAAGTTAAAGTAATACTAAATATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 GGACTTTTTGCTGTGTGTTCACTTGGAATTTTCATGTTTGTTTATTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 GGACTTTTTGCTGTGTGTTCACTTGGAATTTTCATGTTTGTTTATTTCTC

   2150 
   2151 CTTA
        ||||
 102151 CTTA