seq1 = pF1KE0347.tfa, 2559 bp
seq2 = pF1KE0347/gi568815578f_32680324.tfa (gi568815578f:32680324_32907900), 227577 bp

>pF1KE0347 2559
>gi568815578f:32680324_32907900 (Chr20)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-204  (101030-101091)   100% ->
205-306  (104435-104536)   100% ->
307-432  (106179-106304)   100% ->
433-654  (106907-107128)   100% ->
655-813  (108531-108689)   100% ->
814-921  (111278-111385)   100% ->
922-1066  (112303-112447)   100% ->
1067-1126  (113213-113272)   100% ->
1127-1252  (115086-115211)   100% ->
1253-1297  (115327-115371)   100% ->
1298-1377  (116467-116546)   100% ->
1378-1490  (116864-116976)   100% ->
1491-1674  (118137-118320)   100% ->
1675-1759  (118921-119005)   100% ->
1760-1905  (119830-119975)   100% ->
1906-1996  (120512-120602)   100% ->
1997-2145  (120955-121103)   100% ->
2146-2231  (122062-122147)   100% ->
2232-2301  (125015-125084)   100% ->
2302-2420  (125886-126004)   100% ->
2421-2559  (127439-127577)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGGAGACACCAGGCATCTCAATGGAGAGGAGGACGCCGGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGGAGACACCAGGCATCTCAATGGAGAGGAGGACGCCGGCGGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGACTCGATCCTCGTCAACGGGGCCTGCAGCGACCAGTCCTCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGACTCGATCCTCGTCAACGGGGCCTGCAGCGACCAGTCCTCCGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCCCCAATCCTGGAGGCTATCCGCACCCCGGAGATCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 CGCCCCCAATCCTGGAGGCTATCCGCACCCCGGAGATCAGAGGTG...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  GCCGAAGATCAAGCTCGCGACTCTCCAAGAGGGAGGTGTCCAGTCTGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101029 GGCCGAAGATCAAGCTCGCGACTCTCCAAGAGGGAGGTGTCCAGTCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGCTACACACAG         GACTTGACAGGCGATGGCGACGGGGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101079 AAGCTACACACAGGTA...AAGGACTTGACAGGCGATGGCGACGGGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGATGGCTCTGACACCCCAGTCATGCCAAAGCTCTTCCGGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104463 ATGGGGATGGCTCTGACACCCCAGTCATGCCAAAGCTCTTCCGGGAAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGACTCGTTCAGAAAGCCCAGCT         GTCCGAACTCGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104513 AGGACTCGTTCAGAAAGCCCAGCTGTA...TAGGTCCGAACTCGAAATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACAGTGTCTCCAGCCGGGAGAGGCACAGGCCTTCCCCACGTTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106196 CAACAGTGTCTCCAGCCGGGAGAGGCACAGGCCTTCCCCACGTTCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGGCCGGCAGGGCCGCAACCATGTGGACGAGTCCCCCGTGGAGTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106246 GAGGCCGGCAGGGCCGCAACCATGTGGACGAGTCCCCCGTGGAGTTCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTACCAGG         TCCCTGAGACGGCGGGCAACAGCATCGGCAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106296 GCTACCAGGGTT...CAGTCCCTGAGACGGCGGGCAACAGCATCGGCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACGCCATGGCCGTCCCCTCCCAGCTCTTACCTTACCATCGACCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106939 AACGCCATGGCCGTCCCCTCCCAGCTCTTACCTTACCATCGACCTCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGACACAGAGGACACACATGGGACGCCCCAGAGCAGCAGTACCCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106989 ACGACACAGAGGACACACATGGGACGCCCCAGAGCAGCAGTACCCCCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCGCCTAGCCCAGGACAGCCAGCAGGGGGGCATGGAGTCCCCGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107039 GCCCGCCTAGCCCAGGACAGCCAGCAGGGGGGCATGGAGTCCCCGCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGGCAGACAGTGGAGATGGAGACAGTTCAGAGTATCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107089 GGAGGCAGACAGTGGAGATGGAGACAGTTCAGAGTATCAGGTA...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGGAAGGAGTTTGGAATAGGGGACCTCGTGTGGGGAAAGATCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108532 ATGGGAAGGAGTTTGGAATAGGGGACCTCGTGTGGGGAAAGATCAAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCTCCTGGTGGCCCGCCATGGTGGTGTCTTGGAAGGCCACCTCCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108582 TTCTCCTGGTGGCCCGCCATGGTGGTGTCTTGGAAGGCCACCTCCAAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAGGCTATGTCTGGCATGCGGTGGGTCCAGTGGTTTGGCGATGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108632 ACAGGCTATGTCTGGCATGCGGTGGGTCCAGTGGTTTGGCGATGGCAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTCCGAG         GTCTCTGCAGACAAACTGGTGGCACTGGGGCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108682 TCTCCGAGGTG...TAGGTCTCTGCAGACAAACTGGTGGCACTGGGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCAGCCAGCACTTTAATTTGGCCACCTTCAATAAGCTCGTCTCCTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111311 TTCAGCCAGCACTTTAATTTGGCCACCTTCAATAAGCTCGTCTCCTATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAAAGCCATGTACCATGCTCTGGAG         AAAGCTAGGGTGCGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111361 AAAAGCCATGTACCATGCTCTGGAGGTA...CAGAAAGCTAGGGTGCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGGCAAGACCTTCCCCAGCAGCCCTGGAGACTCATTGGAGGACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112319 CTGGCAAGACCTTCCCCAGCAGCCCTGGAGACTCATTGGAGGACCAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGCCCATGTTGGAGTGGGCCCACGGGGGCTTCAAGCCCACTGGGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112369 AAGCCCATGTTGGAGTGGGCCCACGGGGGCTTCAAGCCCACTGGGATCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGCCTCAAACCCAACAACACGCAACCAG         TGGTTAATAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112419 GGGCCTCAAACCCAACAACACGCAACCAGGTG...AAGTGGTTAATAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGAAGGTGCGTCGTGCAGGCAGTAGGAAATTAGAATCAAGGAAATACG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113225 CGAAGGTGCGTCGTGCAGGCAGTAGGAAATTAGAATCAAGGAAATACGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127        AGAACAAGACTCGAAGACGCACAGCTGACGACTCAGCCACCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113275 A...CAGAGAACAAGACTCGAAGACGCACAGCTGACGACTCAGCCACCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGACTACTGCCCCGCACCCAAGCGCCTCAAGACAAATTGCTATAACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115129 TGACTACTGCCCCGCACCCAAGCGCCTCAAGACAAATTGCTATAACAACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCAAAGACCGAGGGGATGAAGATCAGAGCCGAG         AACAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115179 GCAAAGACCGAGGGGATGAAGATCAGAGCCGAGGTG...TAGAACAAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCTTCAGATGTTGCCAACAACAAGAGCAGCCTGGAAG         ATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115335 GCTTCAGATGTTGCCAACAACAAGAGCAGCCTGGAAGGTA...CAGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTGTTTGTCTTGTGGCAGGAAAAACCCCGTGTCCTTCCACCCTCTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116471 CTGTTTGTCTTGTGGCAGGAAAAACCCCGTGTCCTTCCACCCTCTCTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGGGGGGCTCTGTCAGACATGCCGG         GATCGCTTCCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116521 AGGGGGGGCTCTGTCAGACATGCCGGGTA...CAGGATCGCTTCCTTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTGTTTTACATGTATGATGACGATGGCTATCAGTCTTACTGCACTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116879 CTGTTTTACATGTATGATGACGATGGCTATCAGTCTTACTGCACTGTGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTGCGAGGGCCGAGAGCTGCTGCTTTGCAGCAACACGAGCTGCTGCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116929 CTGCGAGGGCCGAGAGCTGCTGCTTTGCAGCAACACGAGCTGCTGCCGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1491        GTGTTTCTGTGTGGAGTGCCTGGAGGTGCTGGTGGGCACAGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116979 G...CAGGTGTTTCTGTGTGGAGTGCCTGGAGGTGCTGGTGGGCACAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACAGCGGCCGAGGCCAAGCTTCAGGAGCCCTGGAGCTGTTACATGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118180 ACAGCGGCCGAGGCCAAGCTTCAGGAGCCCTGGAGCTGTTACATGTGTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCCGCAGCGCTGTCATGGCGTCCTGCGGCGCCGGAAGGACTGGAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118230 CCCGCAGCGCTGTCATGGCGTCCTGCGGCGCCGGAAGGACTGGAACGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCCTGCAGGCCTTCTTCACCAGTGACACGGGGCTTGAATAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118280 GCCTGCAGGCCTTCTTCACCAGTGACACGGGGCTTGAATATGTA...CAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAAGCCCCCAAGCTGTACCCTGCCATTCCCGCAGCCCGAAGGCGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118921 GAAGCCCCCAAGCTGTACCCTGCCATTCCCGCAGCCCGAAGGCGGCCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TCGAGTCCTGTCATTGTTTGATGGCATCGCGACAG         GCTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 118971 TCGAGTCCTGTCATTGTTTGATGGCATCGCGACAGGTG...CAGGCTACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TAGTCCTCAAAGAGTTGGGCATAAAGGTAGGAAAGTACGTCGCTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119836 TAGTCCTCAAAGAGTTGGGCATAAAGGTAGGAAAGTACGTCGCTTCTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GTGTGTGAGGAGTCCATTGCTGTTGGAACCGTGAAGCACGAGGGGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119886 GTGTGTGAGGAGTCCATTGCTGTTGGAACCGTGAAGCACGAGGGGAATAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAAATACGTGAACGACGTGAGGAACATCACAAAGAAAAAT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119936 CAAATACGTGAACGACGTGAGGAACATCACAAAGAAAAATGTG...CAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TTGAAGAATGGGGCCCATTTGACTTGGTGATTGGCGGAAGCCCATGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120513 TTGAAGAATGGGGCCCATTTGACTTGGTGATTGGCGGAAGCCCATGCAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GATCTCTCAAATGTGAATCCAGCCAGGAAAGGCCTGTATG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120563 GATCTCTCAAATGTGAATCCAGCCAGGAAAGGCCTGTATGGTG...CAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GGGTACAGGCCGGCTCTTCTTCGAATTTTACCACCTGCTGAATTACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120956 GGGTACAGGCCGGCTCTTCTTCGAATTTTACCACCTGCTGAATTACTCAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GCCCCAAGGAGGGTGATGACCGGCCGTTCTTCTGGATGTTTGAGAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121006 GCCCCAAGGAGGGTGATGACCGGCCGTTCTTCTGGATGTTTGAGAATGTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTAGCCATGAAGGTTGGCGACAAGAGGGACATCTCACGGTTCCTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121056 GTAGCCATGAAGGTTGGCGACAAGAGGGACATCTCACGGTTCCTGGAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2146        TGTAATCCAGTGATGATTGATGCCATCAAAGTTTCTGCTGCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121106 G...CAGTGTAATCCAGTGATGATTGATGCCATCAAAGTTTCTGCTGCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 ACAGGGCCCGATACTTCTGGGGCAACCTACCCGGGATGAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122105 ACAGGGCCCGATACTTCTGGGGCAACCTACCCGGGATGAACAGGTA...C

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2232   GCCCGTGATAGCATCAAAGAATGATAAACTCGAGCTGCAGGACTGCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125013 AGGCCCGTGATAGCATCAAAGAATGATAAACTCGAGCTGCAGGACTGCTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GGAATACAATAGGATAGCCAAG         TTAAAGAAAGTACAGACAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125063 GGAATACAATAGGATAGCCAAGGTA...CAGTTAAAGAAAGTACAGACAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 TAACCACCAAGTCGAACTCGATCAAACAGGGGAAAAACCAACTTTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125905 TAACCACCAAGTCGAACTCGATCAAACAGGGGAAAAACCAACTTTTCCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 GTTGTCATGAATGGCAAAGAAGATGTTTTGTGGTGCACTGAGCTCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125955 GTTGTCATGAATGGCAAAGAAGATGTTTTGTGGTGCACTGAGCTCGAAAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421          GATCTTTGGCTTTCCTGTGCACTACACAGACGTGTCCAACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126005 GTG...CAGGATCTTTGGCTTTCCTGTGCACTACACAGACGTGTCCAACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 TGGGCCGTGGTGCCCGCCAGAAGCTGCTGGGAAGGTCCTGGAGCGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127480 TGGGCCGTGGTGCCCGCCAGAAGCTGCTGGGAAGGTCCTGGAGCGTGCCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2512 GTCATCCGACACCTCTTCGCCCCTCTGAAGGACTACTTTGCATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127530 GTCATCCGACACCTCTTCGCCCCTCTGAAGGACTACTTTGCATGTGAA