seq1 = pF1KE0340.tfa, 1521 bp
seq2 = pF1KE0340/gi568815576f_40757182.tfa (gi568815576f:40757182_41026432), 269251 bp

>pF1KE0340 1521
>gi568815576f:40757182_41026432 (Chr22)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-181  (111818-111934)   100% ->
182-589  (124589-124996)   100% ->
590-792  (129132-129334)   100% ->
793-855  (150406-150468)   100% ->
856-969  (151941-152054)   100% ->
970-1055  (157058-157143)   100% ->
1056-1236  (165152-165332)   100% ->
1237-1357  (167181-167301)   100% ->
1358-1521  (169088-169251)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTGGCTGCTCTCAGCCCCCAAGCTGGTTCCCGCTGTAGCAAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTGGCTGCTCTCAGCCCCCAAGCTGGTTCCCGCTGTAGCAAACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCGGCCTCTCAG         GATGTATGTTGTGTTCACAGCGAAGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCGGCCTCTCAGGTT...CAGGATGTATGTTGTGTTCACAGCGAAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCCCTTCAGCCTGTCCCAGAAAGGAGGATTCCAAACCGATACTTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111845 ACTCCCTTCAGCCTGTCCCAGAAAGGAGGATTCCAAACCGATACTTAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCCCAGCCCCTTTACACACCCACACCTCCTCAGACCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111895 CAGCCCAGCCCCTTTACACACCCACACCTCCTCAGACCAGGTA...TAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGGTAACTCCAGGACTATCTCAGGTGGAATATGCACTTCGCAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124590 GGAGGTAACTCCAGGACTATCTCAGGTGGAATATGCACTTCGCAGACACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTAATGTCTCTGATCCAGAAGGAAGCTCAAGGGCAGAGTGGGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124640 AACTAATGTCTCTGATCCAGAAGGAAGCTCAAGGGCAGAGTGGGACAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGACAGTGGTTGTGCTCTCCAACCCTACATACTACATGAGCAACGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124690 CAGACAGTGGTTGTGCTCTCCAACCCTACATACTACATGAGCAACGATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCCTATACTTTCCACCAAGACAACAATTTCCTGTACCTATGTGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124740 TCCCTATACTTTCCACCAAGACAACAATTTCCTGTACCTATGTGGATTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGAGCCTGATAGCATTCTTGTCCTTCAGAGCCTCCCTGGCAAACAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124790 AAGAGCCTGATAGCATTCTTGTCCTTCAGAGCCTCCCTGGCAAACAATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCATCACACAAAGCCATACTTTTTGTGCCTCGGCGAGATCCCAGTCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124840 CCATCACACAAAGCCATACTTTTTGTGCCTCGGCGAGATCCCAGTCGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTTTGGGATGGTCCGCGATCTGGCACTGATGGAGCAATAGCTCTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124890 ACTTTGGGATGGTCCGCGATCTGGCACTGATGGAGCAATAGCTCTAACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGTAGACGAAGCCTATACGCTAGAAGAATTTCAACATCTTCTACCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124940 GAGTAGACGAAGCCTATACGCTAGAAGAATTTCAACATCTTCTACCAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGAAAG         CTGAGACGAACATGGTTTGGTATGACTGGATGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124990 ATGAAAGGTA...AAGCTGAGACGAACATGGTTTGGTATGACTGGATGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCTCACATGCACAGCTTCACTCTGACTATATGCAGCCCCTGACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129166 GCCCTCACATGCACAGCTTCACTCTGACTATATGCAGCCCCTGACTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCAAAGCCAAGAGCAAGAACAAGGTTCGGGGTGTTCAGCAGCTGATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129216 CCAAAGCCAAGAGCAAGAACAAGGTTCGGGGTGTTCAGCAGCTGATACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGCCTCCGGCTGATCAAGTCTCCTGCAGAAATTGAACGAATGCAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129266 CGCCTCCGGCTGATCAAGTCTCCTGCAGAAATTGAACGAATGCAGATTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGGAAGCTGACATCACAG         GCTTTCATAGAAACCATGTTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129316 TGGGAAGCTGACATCACAGGTA...CAGGCTTTCATAGAAACCATGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCAGTAAAGCCCCTGTGGAAGAAGCCTTTCTTTATGCTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 150428 CCAGTAAAGCCCCTGTGGAAGAAGCCTTTCTTTATGCTAAGGTG...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTGAATTTGAATGCCGGGCTCGTGGCGCAGACATTTTAGCCTATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151941 TTTGAATTTGAATGCCGGGCTCGTGGCGCAGACATTTTAGCCTATCCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTGGTGGCTGGTGGTAATCGGTCAAACACTTTGCACTATGTGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151991 TGTGGTGGCTGGTGGTAATCGGTCAAACACTTTGCACTATGTGAAAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ATCAACTCATCAAG         GATGGGGAAATGGTGCTTCTGGATGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 152041 ATCAACTCATCAAGGTA...CAGGATGGGGAAATGGTGCTTCTGGATGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGTTGTGAGTCTTCCTGCTATGTGAGTGACATCACACGTACGTGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157085 GGTTGTGAGTCTTCCTGCTATGTGAGTGACATCACACGTACGTGGCCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAATGGCAG         GTTCACCGCACCTCAGGCAGAACTCTATGAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 157135 CAATGGCAGGTA...CAGGTTCACCGCACCTCAGGCAGAACTCTATGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCGTTCTAGAGATCCAAAGAGATTGTTTGGCCCTCTGCTTCCCTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165184 CCGTTCTAGAGATCCAAAGAGATTGTTTGGCCCTCTGCTTCCCTGGGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGCTTGGAGAACATCTACAGCATGATGCTGACCCTGATAGGACAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165234 AGCTTGGAGAACATCTACAGCATGATGCTGACCCTGATAGGACAGAAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TAAAGACTTGGGGATCATGAAGAACATTAAGGAAAATAATGCCTTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 165284 TAAAGACTTGGGGATCATGAAGAACATTAAGGAAAATAATGCCTTCAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237         GCTGCTCGAAAATACTGTCCTCATCATGTTGGCCACTACCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165334 TA...CAGGCTGCTCGAAAATACTGTCCTCATCATGTTGGCCACTACCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGGATGGATGTCCATGACACTCCAGACATGCCCCGTTCCCTCCCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167223 GGGATGGATGTCCATGACACTCCAGACATGCCCCGTTCCCTCCCTCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCCTGGGATGGTAATCACAATTGAGCCCG         GCATTTATATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 167273 GCCTGGGATGGTAATCACAATTGAGCCCGGTA...CAGGCATTTATATTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGAGGATGACAAAGATGCCCCAGAGAAGTTTCGGGGTCTTGGTGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169100 CAGAGGATGACAAAGATGCCCCAGAGAAGTTTCGGGGTCTTGGTGTACGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATTGAGGATGATGTAGTGGTGACTCAGGACTCACCTCTCATCCTTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169150 ATTGAGGATGATGTAGTGGTGACTCAGGACTCACCTCTCATCCTTTCTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGACTGTCCCAAAGAGATGAATGACATTGAACAGATATGCAGCCAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169200 AGACTGTCCCAAAGAGATGAATGACATTGAACAGATATGCAGCCAGGCTT

   1600 
   1520 CT
        ||
 169250 CT