seq1 = pF1KE0334.tfa, 2625 bp
seq2 = pF1KE0334/gi568815594r_119398604.tfa (gi568815594r:119398604_119728599), 329996 bp

>pF1KE0334 2625
>gi568815594r:119398604_119728599 (Chr4)

(complement)

1-152  (99929-100080)   99% ->
153-741  (121303-121891)   99% ->
742-831  (131988-132077)   100% ->
832-903  (161456-161527)   100% ->
904-993  (163190-163279)   100% ->
994-1131  (165630-165767)   99% ->
1132-1199  (168237-168304)   100% ->
1200-1308  (174854-174962)   99% ->
1309-1396  (175963-176050)   100% ->
1397-1572  (185966-186141)   99% ->
1573-1632  (189581-189640)   100% ->
1633-1779  (202905-203051)   99% ->
1780-1905  (207540-207665)   99% ->
1906-2000  (209461-209555)   100% ->
2001-2088  (217466-217553)   100% ->
2089-2189  (220896-220996)   100% ->
2190-2267  (222668-222745)   100% ->
2268-2331  (224001-224064)   100% ->
2332-2406  (225945-226019)   98% ->
2407-2490  (227347-227430)   100% ->
2491-2625  (229862-229996)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGGGCCGGCCCCAGCTTCGGGCAGCAGCGACAGCAGCAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99929 ATGGAGCGGGCCGGCCCCAGCTTCGGGCAGCAGCGACAGCAGCAGCAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCAGCAGAAGCAGCAGCAGAGGGATCAGGACTCGGTCGAAGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99979 CCAGCAGCAGAAGCAGCAGCAGAGGGATCAGGACTCGGTCGAAGCATGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACGGTCACTGGGACTTTACCTTCTCATACTTTGTTAGAAAAGCCACC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100029 TGGACGATCACTGGGACTTTACCTTCTCATACTTTGTTAGAAAAGCCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AG         AGAAATGGTCAATGCATGGTTTGCTGAGAGAGTTCACAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100079 AGGTA...CAGAGAAATGGTCAATGCATGGTTTGCTGAGAGAGTTCACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCCTGTGTGCAAGGAAGGTATCAGAGGCCACACCGAATCTTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121342 CATCCCTGTGTGCAAGGAAGGTATCAGAGGCCACACCGAATCTTGCTCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCCCTTGCAGCAGAGTCCTCGTGCAGATAACAGTGTCCCTGGAACACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 121392 GTCCCTTGCAGCAGAGTCCTCGTGCAGATAACAGTGCCCCTGGAACACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCAGGAAAATCTCTGCCTCTGAATTTGACCGGCCTCTTAGACCCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121442 ACCAGGAAAATCTCTGCCTCTGAATTTGACCGGCCTCTTAGACCCATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTCAAGGATTCTGAGGGAACTGTGAGCTTCCTCTCTGACTCAGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121492 TGTCAAGGATTCTGAGGGAACTGTGAGCTTCCTCTCTGACTCAGAAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGAACAGATGCCTCTAACCCCTCCAAGGTTTGATCATGATGAAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121542 AGGAACAGATGCCTCTAACCCCTCCAAGGTTTGATCATGATGAAGGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGTGCTCAAGACTCTTGGAATTAGTGAAGGATATTTCTAGTCATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121592 CAGTGCTCAAGACTCTTGGAATTAGTGAAGGATATTTCTAGTCATTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTCACAGCCTTATGTCACAAAATTTTCTTGCATATCCATGGACTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121642 TGTCACAGCCTTATGTCACAAAATTTTCTTGCATATCCATGGACTGATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGCTGACCGCTATTCCCTGTTCCTTGTCTGTGAAGACAGCTCCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121692 CTGCTGACCGCTATTCCCTGTTCCTTGTCTGTGAAGACAGCTCCAATGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGTTTCTTATCAGCCGCCTCTTTGATGTTGCTGAAGGTTCAACACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121742 AAGTTTCTTATCAGCCGCCTCTTTGATGTTGCTGAAGGTTCAACACTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAAGTTTCAAATAACTGTATCCGCTTAGAATGGAACAAAGGCATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121792 AGAAGTTTCAAATAACTGTATCCGCTTAGAATGGAACAAAGGCATTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GACATGTGGCAGCGCTTGGTGAGCCCTTGAACATCAAAGATGCATATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121842 GACATGTGGCAGCGCTTGGTGAGCCCTTGAACATCAAAGATGCATATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742          GATCCTCGGTTCAATGCAGAAGTTGACCAAATTACAGGCTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121892 GTA...TAGGATCCTCGGTTCAATGCAGAAGTTGACCAAATTACAGGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAAGACACAAAGCATTCTTTGTATGCCAATTAAGAATCATAGGGAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132029 CAAGACACAAAGCATTCTTTGTATGCCAATTAAGAATCATAGGGAAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832         GTTGTTGGTGTAGCCCAGGCCATCAACAAGAAATCAGGAAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132079 TA...CAGGTTGTTGGTGTAGCCCAGGCCATCAACAAGAAATCAGGAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGTGGGACATTTACTGAAAAAGATGAAAAG         GACTTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 161498 GGTGGGACATTTACTGAAAAAGATGAAAAGGTA...TAGGACTTTGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTATTTGGCATTTTGTGGTATTGTTCTTCATAATGCTCAGCTCTATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163201 TTATTTGGCATTTTGTGGTATTGTTCTTCATAATGCTCAGCTCTATGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTTCACTGCTGGAGAACAAGAGAAATCAG         GTGCTGCTCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| |||
 163251 CTTCACTGCTGGAGAACAAGAGAAATCAGGTC...TAGGTGCTGCTTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTGCTAGTTTAATTTTTGAAGAACAACAATCATTAGAAGTAATTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165642 CTTGCTAGTTTAATTTTTGAAGAACAACAATCATTAGAAGTAATTTTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAAAATAGCTGCCACTATTATCTCTTTCATGCAAGTGCAGAAATGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165692 GAAAATAGCTGCCACTATTATCTCTTTCATGCAAGTGCAGAAATGCACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTTTCATAGTGGATGAAGATTGCTCC         GATTCTTTTTCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 165742 TTTTCATAGTGGATGAAGATTGCTCCGTG...TAGGATTCTTTTTCTAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTGTTTCACATGGAGTGTGAGGAATTAGAAAAATCATCTGATACATTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168252 GTGTTTCACATGGAGTGTGAGGAATTAGAAAAATCATCTGATACATTAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AAG         GGAACATGATGCAAACAAAATCAATTACATGTATGCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168302 AAGGTA...CAGGGAACATGATGCAAACAAAATCAATTACATGTATGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGTACGTCAAAAATACTATGGAACCACTTAATATCCCAGATGTCAGTAAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174892 AGTATGTCAAAAATACTATGGAACCACTTAATATCCCAGATGTCAGTAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GATAAAAGATTTCCCTGGACA         ACTGAAAATACAGGAAATGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 174942 GATAAAAGATTTCCCTGGACAGTA...TAGACTGAAAATACAGGAAATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAACCAGCAGTGCATTAGAAGTTTGCTTTGTACACCTATAAAAAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175983 AAACCAGCAGTGCATTAGAAGTTTGCTTTGTACACCTATAAAAAATGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGAAGAATAAAGTTATAG         GGGTTTGCCAACTTGTTAATAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 176033 AGAAGAATAAAGTTATAGGTA...TAGGGGTTTGCCAACTTGTTAATAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGGAGGAGAATACTGGCAAGGTTAAACCTTTCAACCGAAATGACGAACA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 185989 ATGGAGGAGAATACTGGCAAGGTTAAGCCTTTCAACCGAAATGACGAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTTTCTGGAAGCTTTTGTCATCTTTTGTGGCTTGGGGATCCAGAACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186039 GTTTCTGGAAGCTTTTGTCATCTTTTGTGGCTTGGGGATCCAGAACACGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGATGTATGAAGCAGTGGAGAGAGCCATGGCCAAGCAAATGGTCACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186089 AGATGTATGAAGCAGTGGAGAGAGCCATGGCCAAGCAAATGGTCACATTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAG         GTTCTGTCGTATCATGCTTCAGCAGCAGAGGAAGAAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186139 GAGGTG...TAGGTTCTGTCGTATCATGCTTCAGCAGCAGAGGAAGAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AAGAGAGCTACAGTCGTTAGCG         GCTGCTGTGGTGCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 189619 AAGAGAGCTACAGTCGTTAGCGGTA...AAGGCTGCTGTGGTGCCATCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCCAGACCCTTAAAATTACTGACTTTAGCTTCAGTGACTTTGAGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202924 CCCAGACCCTTAAAATTACTGACTTTAGCTTCAGTGACTTTGAGCTGTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GATCTGGAAACAGCACTGTGTACAATTCGGATGTTTACTGACCTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202974 GATCTGGAAACAGCACTGTGTACAATTCGGATGTTTACTGACCTCAACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGTGCAGAACTTCCGGATGAAACATGAG         GTTCTTTGCAGAT
        |||||||||||||| |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 203024 TGTGCAGAACTTCCAGATGAAACATGAGGTA...AAGGTTCTTTGCAGAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGATTTTAAGTGTTAAGAAGAATTATCGGAAGAATGTTGCCTATCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207553 GGATTTTAAGTGTTAAGAAGAATTATCGGAAGAATGTTGCCTATCATAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TGGAGACATGCCTTTAATACAGCTCAGTGCATGTTTGCCGCTCTAAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 207603 TGGAGACATGCCTTTAATACAGCTCAGTGCATGTTTGCTGCTCTAAAAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGGCAAAATTCAG         AACAAGCTGACTGACCTGGAGATACTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 207653 AGGCAAAATTCAGGTA...CAGAACAAGCTGACTGACCTGGAGATACTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CATTGCTGATTGCTGCACTAAGCCACGATTTGGATCACCGTGGTGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209489 CATTGCTGATTGCTGCACTAAGCCACGATTTGGATCACCGTGGTGTGAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AACTCTTACATACAGCG         AAGTGAACATCCACTTGCCCAGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 209539 AACTCTTACATACAGCGGTA...CAGAAGTGAACATCCACTTGCCCAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TTACTGCCATTCAATCATGGAACACCATCATTTTGACCAGTGCCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217490 TTACTGCCATTCAATCATGGAACACCATCATTTTGACCAGTGCCTGATGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TTCTTAATAGTCCA         GGCAATCAGATTCTCAGTGGCCTCTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 217540 TTCTTAATAGTCCAGTA...AAGGGCAATCAGATTCTCAGTGGCCTCTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 ATTGAAGAATATAAGACCACGTTGAAAATAATCAAGCAAGCTATTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220923 ATTGAAGAATATAAGACCACGTTGAAAATAATCAAGCAAGCTATTTTAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TACAGACCTAGCACTGTACATTAA         GAGGCGAGGAGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 220973 TACAGACCTAGCACTGTACATTAAGTA...TAGGAGGCGAGGAGAATTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 TTGAACTTATAAGAAAAAATCAATTCAATTTGGAAGATCCTCATCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222685 TTGAACTTATAAGAAAAAATCAATTCAATTTGGAAGATCCTCATCAAAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GAGTTGTTTTT         GGCAATGCTGATGACAGCTTGTGATCTTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 222735 GAGTTGTTTTTGTA...CAGGGCAATGCTGATGACAGCTTGTGATCTTTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 TGCAATTACAAAACCCTGGCCTATTCAACAACGG         ATAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||| |
 224031 TGCAATTACAAAACCCTGGCCTATTCAACAACGGGTA...CAGATAGCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AACTTGTAGCAACTGAATTTTTTGATCAAGGAGACAGAGAGAGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225952 AACTTGTAGCAACTGAATTTTTTGATCAAGGAGACAGAGAGAGAAAAGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CTCAACATAGAACCCACT         GATCTAATGAACAGGGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 226002 CTCAACATAGAACCCACTGTA...CAGGATCTAATGAACAGGGAGAAGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 AAACAAAATCCCAAGTATGCAAGTTGGGTTCATAGATGCCATCTGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227370 AAACAAAATCCCAAGTATGCAAGTTGGGTTCATAGATGCCATCTGCTTGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 AACTGTATGAG         GCCCTGACCCACGTGTCAGAGGACTGTTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 227420 AACTGTATGAGGTA...TAGGCCCTGACCCACGTGTCAGAGGACTGTTTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 CCTTTGCTAGATGGCTGCAGAAAGAACAGGCAGAAATGGCAGGCCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229892 CCTTTGCTAGATGGCTGCAGAAAGAACAGGCAGAAATGGCAGGCCCTTGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 AGAACAGCAGGAGAAGATGCTGATTAATGGGGAAAGCGGCCAGGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229942 AGAACAGCAGGAGAAGATGCTGATTAATGGGGAAAGCGGCCAGGCCAAGC

   2800     .
   2621 GGAAC
        |||||
 229992 GGAAC