seq1 = pF1KE0333.tfa, 1899 bp
seq2 = pF1KE0333/gi568815597f_89268552.tfa (gi568815597f:89268552_89485466), 216915 bp

>pF1KE0333 1899
>gi568815597f:89268552_89485466 (Chr1)

1-190  (100001-100190)   99% ->
191-318  (100995-101122)   100% ->
319-428  (109552-109661)   100% ->
429-625  (109866-110062)   99% ->
626-871  (111835-112080)   100% ->
872-1152  (113143-113423)   98% ->
1153-1365  (114113-114325)   99% ->
1366-1468  (115101-115203)   100% ->
1469-1662  (115542-115735)   99% ->
1663-1899  (116679-116915)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATCTGGACCCAAAATGTTGGCCCCCGTTTGCCAGGTGGAAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100001 ATGGAATCTGGACCCAAAATGTTGGCCCCCGTTTGCCTGGTGGAAAATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGAGCAGCTATTGGTGAACCAGCAAGCTATACAGATTCTTGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATGAGCAGCTATTGGTGAACCAGCAAGCTATACAGATTCTTGAAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTCTCAGCCAGTGGTGGTGGTGGCCATTGTAGGACTGTACCGTACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTCTCAGCCAGTGGTGGTGGTGGCCATTGTAGGACTGTACCGTACAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAATCCTACTTGATGAACCATCTGGCAGGACAGAATCATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100151 AAATCCTACTTGATGAACCATCTGGCAGGACAGAATCATGGTA...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCCCTCTGGGCTCCACGGTGCAGTCTGAAACCAAGGGCATCTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100996 CTTCCCTCTGGGCTCCACGGTGCAGTCTGAAACCAAGGGCATCTGGATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTGCGTGCCCCACCCATCCAAGCCAAACCACACCCTGGTCCTTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101046 GGTGCGTGCCCCACCCATCCAAGCCAAACCACACCCTGGTCCTTCTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCGAAGGTCTGGGCGATGTGGAAAAG         GGTGACCCTAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101096 ACCGAAGGTCTGGGCGATGTGGAAAAGGTA...TAGGGTGACCCTAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACTCCTGGATCTTTGCCCTGGCTGTGCTCCTGTGCAGCACCTTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109566 TGACTCCTGGATCTTTGCCCTGGCTGTGCTCCTGTGCAGCACCTTTGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAACAGCATGAGCACCATCAACCACCAGGCCCTGGAGCAGCTGCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109616 ACAACAGCATGAGCACCATCAACCACCAGGCCCTGGAGCAGCTGCAGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      TTATGTGACGGAGCTCACAGAACTAATTAAGGCAAAGTCCTCCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109666 ..TAGTTATGTGACGGAGCTCACAGAACTAATTAAGGCAAAGTCCTCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGGCCTGATGGAGTAGAAGATTCCACAGAGTTTGTGAGTTTCTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109911 AAGGCCTGATGGAGTAGAAGATTCCACAGAGTTTGTGAGTTTCTTCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTTTCTTTGGACAGTACGGGATTTCACTCTGGAGCTGAAGTTGAACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109961 ACTTTCTTTGGACAGTACGGGATTTCACTCTGGAGCTGAAGTTGAACGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACCCTATCACAGAGGATGAATACCTGGAGAATGCCTTGAAGCTGATTCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110011 CACCCTATCACAGAAGATGAATACCTGGAGAATGCCTTGAAGCTGATTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AG         GCAATAATCCCAGAGTTCAAACATCCAATTTTCCCAGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110061 AGGTA...CAGGCAATAATCCCAGAGTTCAAACATCCAATTTTCCCAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTGCATCAGGCGTTTCTTTCCAAAACGGAAGTGTTTCGTCTTTGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111874 AGTGCATCAGGCGTTTCTTTCCAAAACGGAAGTGTTTCGTCTTTGACCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCAACAAATGACAAAGACCTTCTAGCCAATATTGAGAAGGTGTCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111924 CCAACAAATGACAAAGACCTTCTAGCCAATATTGAGAAGGTGTCAGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCAACTGGATCCCAAATTCCAGGAACAAACAAACATTTTCTGTTCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111974 GCAACTGGATCCCAAATTCCAGGAACAAACAAACATTTTCTGTTCTTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTTCACTCATGCAAGAACCAAGACCCTCAGGGAGGGAATCACAGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112024 TCTTCACTCATGCAAGAACCAAGACCCTCAGGGAGGGAATCACAGTCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGAATC         GTCTGGGAACTCTGGCAGTGACTTATGTAGAGGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112074 GGGAATCGTG...TAGGTCTGGGAACTCTGGCAGTGACTTATGTAGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CATCAACAGTGGAGCAGTGCCTTGTCTGGAGGATGCAGTGATAACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 113177 CATCAACAGTGGAGCAGTGCCTTGTCTGGAGAATGCAGTGATAACTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCAGCGTGAGAACTCAGCGGCCGTGCAGAGGGCATCTGACTACTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 113227 CCCAGCGTGAGAACTCAGCGGCCGTGCAGAGGGCAGCTGACTACTACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGCAGATGGCCCAGCGAGTGAAGTTCCCCACAGACACGCTCCAGGAGCT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 113277 CAGCAGATGGCCCAGCGAGTGAAGCTCCCCACAGACACGCTCCAGGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCTGGACGTGCATGCGGCCTGTGAGAGGGAAGCCATTGCAATCTTCATGG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113327 GCTGGACATGCATGCGGCCTGTGAGAGGGAAGCCATTGCAATCTTCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGCACTCCTTCAAGGATGAAAATCAGGAATTCCAGAAGAAGTTCATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113377 AGCACTCCTTCAAGGATGAAAATCAGGAATTCCAGAAGAAGTTCATGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153       GAAACCACAATGAATAAGAAGGGGGATTTCTTGCTGCAGAATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113427 ...CAGGAAACCACAATGAATAAGAAGGGGGATTTCTTGCTGCAGAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGAGTCATCTGTTCAATACTGCCAGGCTAAACTCAATGAGCTCTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114157 AGAGTCATCTGTTCAATACTGCCAGGCTAAACTCAATGAGCTCTCAAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GACTAATGGAAAGTATCTCAGCAGGAAGTTTCTCTGTTCCTGGAGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114207 GACTAATGGAAAGTATCTCAGCAGGAAGTTTCTCTGTTCCTGGAGGGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AAGCTCTACATGGAAACAAAGGAAAGGATTGAGCAGGACTATTGGCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 114257 AAGCTCTACATGGAAACAAAGGAAAGGATTGAACAGGACTATTGGCAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCCCAGGAAAGGAGTAAAG         GCAAAAGAGGTCTTCCAGAGGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114307 TCCCAGGAAAGGAGTAAAGGTA...TAGGCAAAAGAGGTCTTCCAGAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCCTGGAGTCACAGATGGTGATAGAGGAATCCATCTTGCAGTCAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115123 TCCTGGAGTCACAGATGGTGATAGAGGAATCCATCTTGCAGTCAGATAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCCCTCACTGATAGAGAGAAGGCAGTAGCAG         TGGATCGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 115173 GCCCTCACTGATAGAGAGAAGGCAGTAGCAGGTA...CAGTGGATCGGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CAAGAAGGAGGCAGCTGAGAAGGAACAGGAACTTTTAAAACAGAAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115552 CAAGAAGGAGGCAGCTGAGAAGGAACAGGAACTTTTAAAACAGAAATTAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGGAGCAGCAGCAACAGATGGAGGCTCAAGTTAAGAGTCGCAAGGAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 115602 AGGAGCAGCAGCAACAGATGGAGGCTCAAGATAAGAGTCGCAAGGAAAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATAGCCCAACTGAAGGAGAAGCTGCAGATGGAGAGAGAACACCTACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115652 ATAGCCCAACTGAAGGAGAAGCTGCAGATGGAGAGAGAACACCTACTGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGAGCAGATTATGATGTTGGAGCACACGCAGAAG         GTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115702 AGAGCAGATTATGATGTTGGAGCACACGCAGAAGGTA...TAGGTCCAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ATGATTGGCTTCATGAAGGATTTAAGAAGAAGTATGAGGAGATGAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116686 ATGATTGGCTTCATGAAGGATTTAAGAAGAAGTATGAGGAGATGAATGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAGATAAGTCAATTTAAACGTATGATTGATACTACAAAAAATGATGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116736 GAGATAAGTCAATTTAAACGTATGATTGATACTACAAAAAATGATGATAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TCCCTGGATTGCACGAACCTTGGACAACCTTGCCGATGAGCTAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116786 TCCCTGGATTGCACGAACCTTGGACAACCTTGCCGATGAGCTAACTGCAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TATTGTCTGCTCCTGCTAAATTAATTGGTCATGGTGTCAAAGGTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116836 TATTGTCTGCTCCTGCTAAATTAATTGGTCATGGTGTCAAAGGTGTGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :
   1870 TCACTCTTTAAAAAGCATAAGCTCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 116886 TCACTCTTTAAAAAGCATAAGCTCCCCTTT