seq1 = pF1KE0330.tfa, 1824 bp
seq2 = pF1KE0330/gi568815578r_37029023.tfa (gi568815578r:37029023_37279480), 250458 bp

>pF1KE0330 1824
>gi568815578r:37029023_37279480 (Chr20)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ==
120-287  (100091-100258)   98% ->
288-409  (105365-105486)   100% ->
410-555  (107424-107569)   100% ->
556-678  (111238-111360)   100% ->
679-758  (119305-119384)   100% ->
759-903  (120445-120589)   100% ->
904-999  (121526-121621)   100% ->
1000-1104  (124314-124418)   100% ->
1105-1240  (131572-131707)   100% ->
1241-1365  (135640-135764)   100% ->
1366-1518  (138167-138319)   98% ->
1519-1679  (141511-141671)   99% ->
1680-1824  (150314-150458)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTGTCCCGCAGGGGAAGGGGATCCCGCCTGGCCGGCTCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTGTCCCGCAGGGGAAGGGGATCCCGCCTGGCCGGCTCTCGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGACTAGTAACCTCCCGCGGGCGACAGCCCTCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGACTAGTAACCTCCCGCGGGCGACAGCCCTCTCCCCA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    120 AAGCCACGCGCAACTCCTCACCCGGCGGCGCCATTCCTCCGAGCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100091 AAGCCACGCGCAACTCCTCACCCGGCGGCGCCATTCCTCCGAGCAGGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    170 CGCCGGGGTCCGAGCCGCGGGCTGACTTCCGCTCGGGAAAGTGGTTCCAA
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100141 CGCCGGAGTCCGAGCCGCGGGCTGACTTCCGCTCGGGAAAGTGGCTCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    220 GAGCCCGCCACAGGGGACGCCAGGGACTCGCGGCAGGCTCTGCGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100191 GAGCCCGCCACAGGGGACGCCAGGGACTCGCGGCAGGCTCTGCGGGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    270 GATGAGTTCTAAGCACAG         GATCTGTAGTCAGGAAGAAGTAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100241 GATGAGTTCTAAGCACAGGTC...TAGGATCTGTAGTCAGGAAGAAGTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    311 TGATCCCCTGTGCCTATGACAGTGATTCAGAAAGTGTGGATTTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105388 TGATCCCCTGTGCCTATGACAGTGATTCAGAAAGTGTGGATTTGGAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361 AGCAACTTAGAGATTATTAAAAAAGGCTCAAGTAGCATTGAACTGACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105438 AGCAACTTAGAGATTATTAAAAAAGGCTCAAGTAGCATTGAACTGACAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    410         ACTTGGACATCCCTGACATCCCTGGACTCCATTGTGAGCCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 TA...TAGACTTGGACATCCCTGACATCCCTGGACTCCATTGTGAGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    452 TGTCACATAGCCCCAGACACCTGACCCAACAGGACCCGCTCAGTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107466 TGTCACATAGCCCCAGACACCTGACCCAACAGGACCCGCTCAGTGAGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502 ATTGTTGAGAAACTGATCCAGTCCATCCAGAAGGTTTTCAATGGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107516 ATTGTTGAGAAACTGATCCAGTCCATCCAGAAGGTTTTCAATGGTGAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552 AAAG         GGTGAACTTGAAAAGCTGAAATTCCTAGGAGATCTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107566 AAAGGTA...CAGGGTGAACTTGAAAAGCTGAAATTCCTAGGAGATCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    593 CTTCTCTCAGCCAAGCTTTACCTTATGATGAAACCGCAAAATCATTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111275 CTTCTCTCAGCCAAGCTTTACCTTATGATGAAACCGCAAAATCATTCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643 CACAGCCACATAGCAGACATTGTGCATACCTTAAAT         GTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111325 CACAGCCACATAGCAGACATTGTGCATACCTTAAATGTA...CAGGTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684 GGTACAAGAGGAACGCCCGCATTCTCTGTCCAGTTCCATGCGCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119310 GGTACAAGAGGAACGCCCGCATTCTCTGTCCAGTTCCATGCGCCAGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734 TCTTTGTCACCATCGCTGATCTCAG         TTACCAAGATGTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119360 TCTTTGTCACCATCGCTGATCTCAGGTG...TAGTTACCAAGATGTCCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775 TTGCTGTTGGGCTCTGAAGATCGAGCTGAGTTGTTCAGTCTTACCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120461 TTGCTGTTGGGCTCTGAAGATCGAGCTGAGTTGTTCAGTCTTACCATCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    825 GAGTATAATCACTCTGCCCTCTGTAAGGACCCTTACCCAGATACAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120511 GAGTATAATCACTCTGCCCTCTGTAAGGACCCTTACCCAGATACAGGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    875 TCATGCCCAATGGGACCTGCAACACAGAG         TGTCTTTACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120561 TCATGCCCAATGGGACCTGCAACACAGAGGTA...CAGTGTCTTTACAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    916 CAGACGTTTCAGGCATTCTCTGAGATGCTCCAGAGTTTGGTGGTAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121538 CAGACGTTTCAGGCATTCTCTGAGATGCTCCAGAGTTTGGTGGTAAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    966 CCCACATTTGGAAAATCTTGACACCATTATTAAG         CACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121588 CCCACATTTGGAAAATCTTGACACCATTATTAAGGTA...CAGCACTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1007 TCCCCTGGTTACAGTCAGTCAAAGACCATGAGCGGGAACGGGCCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124321 TCCCCTGGTTACAGTCAGTCAAAGACCATGAGCGGGAACGGGCCACGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1057 AGCATGGCTCAAGTTCTGAAGTGCCTATCCAAACATCTCAACTTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124371 AGCATGGCTCAAGTTCTGAAGTGCCTATCCAAACATCTCAACTTGAAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105        CTTCCACTGCGATTCCAAAGACTTGGACACCTAGTGGCTCTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124421 G...AAGCTTCCACTGCGATTCCAAAGACTTGGACACCTAGTGGCTCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1148 TGGCACTGCTCTGTGGGGACCCACAGGAAAAGGTGGCTGAGGAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131615 TGGCACTGCTCTGTGGGGACCCACAGGAAAAGGTGGCTGAGGAGGCTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1198 GAGGGCATTCACTCCCTGCTGCATATCACCCTGAGGCTGAAGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 131665 GAGGGCATTCACTCCCTGCTGCATATCACCCTGAGGCTGAAGTGTA...C

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241   ATATCACTCATGACAAGAAAGATCAGCAAAACTTGAAAAGAGCATTGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135638 AGATATCACTCATGACAAGAAAGATCAGCAAAACTTGAAAAGAGCATTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289 CAAAATGTCGAGAATTCCTGGAGCTCCACAGCTCTGCCGCTAAATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135688 CAAAATGTCGAGAATTCCTGGAGCTCCACAGCTCTGCCGCTAAATGCTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339 TACAACTGTCCCTTCAGAATTGCCCAG         GTCTTTGAAGGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 135738 TACAACTGTCCCTTCAGAATTGCCCAGGTA...CAGGTCTTTGAAGGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1380 TCTTGATTCAAATGAGCTCTGCCAGTTTATAATGACTACATTTGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138181 TCTTGATTCAAATGAGCTCTGCCAGTTTATAATGACTACATTTGATACCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1430 TGAAAACCCTGAAACATCCCTGCATCCAGCGATCAGCAGGAGAATTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138231 TGAAAACCCTGAAACATCCCTGCATCCAGCGATCAGCAGGAGAATTACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480 CTAACTTTGGCGAAAAATACAGAGTCCCAATTTGAGGAG         GT
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||>>>...>>>||
 138281 CTAACTTTGGCAAAAAATACAGAGTCCCAATTTGAGAAGGTA...CAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1521 GCCAGAAATTATGGGAGTTATCTGTGCCCAGTTACCCATAATCAGCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 141513 GCCAGAAATTATGGGAGTTATCTGTGCCCAGTTATCCATAATCAGCCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1571 CTAGAGTCCGCCAACAAATCATAAATACCGTGAGTTTATTTATATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141563 CTAGAGTCCGCCAACAAATCATAAATACCGTGAGTTTATTTATATCCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1621 CCCAAGTACACAGATATAGTGCTCAGCTTCCTTCTGTGTCATCCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141613 CCCAAGTACACAGATATAGTGCTCAGCTTCCTTCTGTGTCATCCAGTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1671 GTATAACAG         GCACCTGGCTGAGGTGTGGAGAATGCTGTCGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 141663 GTATAACAGGTA...CAGGCACCTGGCTGAGGTGTGGAGAATGCTGTCGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1712 TGGAGCTTCCCAGCACGACCTGGATTCTGTGGAGGCTCCTGAGGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150346 TGGAGCTTCCCAGCACGACCTGGATTCTGTGGAGGCTCCTGAGGAAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1762 CAGAAATGCCATAATGAGCCTGCACAGGAGAAGATGGCATATGTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150396 CAGAAATGCCATAATGAGCCTGCACAGGAGAAGATGGCATATGTGGCTGT

   1800     .    :
   1812 GGCTGTAAGCCCT
        |||||||||||||
 150446 GGCTGTAAGCCCT