seq1 = pF1KE0329.tfa, 1524 bp
seq2 = pF1KE0329/gi568815596f_135641930.tfa (gi568815596f:135641930_135882884), 240955 bp

>pF1KE0329 1524
>gi568815596f:135641930_135882884 (Chr2)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-185  (106338-106440)   100% ->
186-214  (111610-111638)   100% ->
215-333  (112230-112348)   99% ->
334-508  (113588-113762)   100% ->
509-602  (119889-119982)   100% ->
603-657  (127840-127894)   100% ->
658-822  (128642-128806)   100% ->
823-950  (130491-130618)   100% ->
951-1053  (134320-134422)   100% ->
1054-1185  (137019-137150)   100% ->
1186-1388  (138254-138456)   100% ->
1389-1524  (140820-140955)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGGTTCCAGGGCGCCATTCCGGCCGCCATCGCGACGGCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTGGTTCCAGGGCGCCATTCCGGCCGCCATCGCGACGGCCAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGGCGCGGTCTTCGTGGTGTTCGTGGCAG         GTGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GAGCGGCGCGGTCTTCGTGGTGTTCGTGGCAGGTG...CAGGTGATGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACAGTCTACACAGATGGCTGCAAGTTGGGAAGATGATAAAGTTACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106347 AACAGTCTACACAGATGGCTGCAAGTTGGGAAGATGATAAAGTTACAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATCTTCAAACAGTTTTGTTGCTATTAAAATCGATACCAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106397 GCATCTTCAAACAGTTTTGTTGCTATTAAAATCGATACCAAAAGGTT...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    TGAAGCCTGCCTACAGTTTTCACAAATCT         ATCCTGTAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111607 CAGTGAAGCCTGCCTACAGTTTTCACAAATCTGTA...CAGATCCTGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGTGTGTTCCATCCAGTTTCTTTATTGGAGACAGTGGAATTCCCTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112239 TGTGTGTTCCATCCAGTTTCTTTATTGGAGACAGTGGAATTCCCTTGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTAATAGCAGGAAGTGTTTCTGCAGATGAGCTTGTTACAAGAATTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 112289 GTAATAGCAGGAAGTGTTTCTGCAGATGAACTTGTTACAAGAATTCACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCCGACAG         ATGCATTTGCTAAAAAGTGAAACATCAGTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112339 GGTCCGACAGGTA...TAGATGCATTTGCTAAAAAGTGAAACATCAGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAAATGGCAGTCAGTCAGAAAGTTCAGTGTCTACTCCATCTGCGTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113619 CAAATGGCAGTCAGTCAGAAAGTTCAGTGTCTACTCCATCTGCGTCATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAACCTAACAACACTTGTGAAAACTCTCAGTCCAGAAATGCAGAGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113669 GAACCTAACAACACTTGTGAAAACTCTCAGTCCAGAAATGCAGAGCTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAGATACCACCCACTTCTGATACAAAGTCAGATACTGCAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113719 TGAGATACCACCCACTTCTGATACAAAGTCAGATACTGCAACAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509    GAGGAGAAAGTGCAGGCCATGCCACTTCCTCTCAGGAGCCTAGTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119886 AAGGAGGAGAAAGTGCAGGCCATGCCACTTCCTCTCAGGAGCCTAGTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGCTCAGATCAGAGACCTGCAGAGGACCTCAACATCCGAGTGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119936 TGCTCAGATCAGAGACCTGCAGAGGACCTCAACATCCGAGTGGAAAGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603       ACTAACAAAAAAACTTGAAGAAAGGAGAGAAGAGAAAAGAAAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119986 ...CAGACTAACAAAAAAACTTGAAGAAAGGAGAGAAGAGAAAAGAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGAAGAACAG         AGAGAAATTAAGAAGGAAATTGAGAGGAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 127884 AGGAAGAACAGGTA...CAGAGAGAAATTAAGAAGGAAATTGAGAGGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAACTGGAAAAGAAATGTTGGATTATAAAAGAAAACAAGAAGAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128672 AAAACTGGAAAAGAAATGTTGGATTATAAAAGAAAACAAGAAGAAGAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AACAAAAAGAATGCTGGAGGAAAGAAACAGAGAGAAAGCAGAAGATAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128722 AACAAAAAGAATGCTGGAGGAAAGAAACAGAGAGAAAGCAGAAGATAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGCTCGAGAACGTATAAAACAGCAGATTGCATTG         GACCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128772 CAGCTCGAGAACGTATAAAACAGCAGATTGCATTGGTA...AAGGACCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCAGAGAGAGCTGCTCGTTTTGCAAAGACAAAGGAAGAAGTAGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130497 GCAGAGAGAGCTGCTCGTTTTGCAAAGACAAAGGAAGAAGTAGAGGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAAGCTGCTGCCTTGCTAGCAAAACAGGCAGAAATGGAAGTCAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130547 CAAAGCTGCTGCCTTGCTAGCAAAACAGGCAGAAATGGAAGTCAAGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AATCTTATGCAAGAGAAAGAAG         CACTGTTGCAAGAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130597 AATCTTATGCAAGAGAAAGAAGGTA...TAGCACTGTTGCAAGAATTCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTCCGTCTTCCTGATGGTTCTTCCTTTACAAATCAGTTCCCTTCTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134339 TTCCGTCTTCCTGATGGTTCTTCCTTTACAAATCAGTTCCCTTCTGATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCTCTAGAAGAGGCAAGGCAGTTTGCTGCACAG         ACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 134389 TCCTCTAGAAGAGGCAAGGCAGTTTGCTGCACAGGTA...CAGACTGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCAACACTTACGGTAATTTTTCGTTAGCAACCATGTTTCCCAGGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137026 GCAACACTTACGGTAATTTTTCGTTAGCAACCATGTTTCCCAGGAGGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTACCAAAGAAGATTATAAAAAGAAGTTACTGGATTTGGAACTTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137076 TTTACCAAAGAAGATTATAAAAAGAAGTTACTGGATTTGGAACTTGCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAGCGCTTCGGTGGTACTGTTGCCA         GCAGGAAGACCAACTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 137126 AAGCGCTTCGGTGGTACTGTTGCCAGTA...TAGGCAGGAAGACCAACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CATCCATTGTACACTCTTCCAGCGGAGACATTTGGACCTTGTTGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138270 CATCCATTGTACACTCTTCCAGCGGAGACATTTGGACCTTGTTGGGAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTGCTTTATCCATTCCTTGCCATCTGGAGATTAATTAGCAATTTCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138320 GTGCTTTATCCATTCCTTGCCATCTGGAGATTAATTAGCAATTTCTTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TAGTAATCCGCCTCCCACACAGACTTCAGTGAGAGTAACATCGTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138370 TAGTAATCCGCCTCCCACACAGACTTCAGTGAGAGTAACATCGTCAGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCCCAAACCCTGCATCATCTAGCAAATCAGAAAAAAG         GGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 138420 CCCCAAACCCTGCATCATCTAGCAAATCAGAAAAAAGGTA...CAGGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCAGTGAGAAAAAGAGTGCTGGAAAAACGTGGAGACGACTTTAAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140824 CCAGTGAGAAAAAGAGTGCTGGAAAAACGTGGAGACGACTTTAAAAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGGGAAAATTTATAGATTAAGGACTCAAGATGATGGTGAAGATGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140874 GGGGAAAATTTATAGATTAAGGACTCAAGATGATGGTGAAGATGAAAACA

   1600     .    :    .    :    .    :
   1493 ACACTTGGAATGGAAATTCCACTCAACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 140924 ACACTTGGAATGGAAATTCCACTCAACAGATG