seq1 = pF1KE0326.tfa, 1917 bp
seq2 = pF1KE0326/gi568815595f_16075152.tfa (gi568815595f:16075152_16327497), 252346 bp

>pF1KE0326 1917
>gi568815595f:16075152_16327497 (Chr3)

1-539  (100001-100539)   99% ->
540-706  (120609-120775)   100% ->
707-911  (125468-125672)   100% ->
912-1079  (133352-133519)   100% ->
1080-1197  (135973-136090)   100% ->
1198-1392  (137418-137612)   100% ->
1393-1524  (144252-144383)   99% ->
1525-1629  (144759-144863)   100% ->
1630-1773  (147464-147607)   100% ->
1774-1917  (152203-152346)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCTAAGGAAGCGATACAGGCACAGACCATGCAGACTCCAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCTAAGGAAGCGATACAGGCACAGACCATGCAGACTCCAGTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGCTCCTGATGCTGGGATGCGTCCTGATGATGGTGGCGATGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCTGCTCCTGATGCTGGGATGCGTCCTGATGATGGTGGCGATGTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCTCCCCACCACACCCTGCACCAGACTGACACAGCCCAAGCCAGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100101 ACCCTCCCCACCACACCCTGCACCAGACTGTCACAGCCCAAGCCAGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAGCCCTGAAGCCAGGTACCGCCTGGACTTTGGGGAATCCCAGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACAGCCCTGAAGCCAGGTACCGCCTGGACTTTGGGGAATCCCAGGATTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTACTGGAAGCTGAGGATGAGGGTGAAGAGTACAGCCCTCTGGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTACTGGAAGCTGAGGATGAGGGTGAAGAGTACAGCCCTCTGGAGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCACCCTTTATCTCACTGCGGGAGGATCAGCTGCTGGTGGCCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCACCCTTTATCTCACTGCGGGAGGATCAGCTGCTGGTGGCCGTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTACCCCAGGCCAGAAGGAACCAGAGCCAGGGCAGGAGAGGTGGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTACCCCAGGCCAGAAGGAACCAGAGCCAGGGCAGGAGAGGTGGGAGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGCCTCATCAAGCAGCCAAGGAGGCAGGATAAGGAAGCCCCAAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGCCTCATCAAGCAGCCAAGGAGGCAGGATAAGGAAGCCCCAAAGAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTGGGGGGCTGATGAGGACGGGGAGGTGTCTGAAGAAGAGGAGTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTGGGGGGCTGATGAGGACGGGGAGGTGTCTGAAGAAGAGGAGTTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGTTCAGCCTGGACCCACGTGGCCTCCAGGAGGCACTCAGTGCCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGTTCAGCCTGGACCCACGTGGCCTCCAGGAGGCACTCAGTGCCCGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCCCTCCAGAGGGCTCTGCCCGAGGTGCGGCACCCACT         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100501 CCCCCTCCAGAGGGCTCTGCCCGAGGTGCGGCACCCACTGTA...CAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTCTGCAGCAGCACCCTCAGGACAGCCTGCCCACAGCCAGCGTCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120611 GTCTGCAGCAGCACCCTCAGGACAGCCTGCCCACAGCCAGCGTCATCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGTTTCCATGATGAGGCCTGGTCCACTCTCCTGCGGACTGTACACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120661 TGTTTCCATGATGAGGCCTGGTCCACTCTCCTGCGGACTGTACACAGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTCGACACAGTGCCCAGGGCCTTCCTGAAGGAGATCATCCTCGTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120711 CCTCGACACAGTGCCCAGGGCCTTCCTGAAGGAGATCATCCTCGTGGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACCTCAGCCAGCAAG         GACAACTCAAGTCTGCTCTCAGCGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120761 ACCTCAGCCAGCAAGGTA...CAGGACAACTCAAGTCTGCTCTCAGCGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TATGTGGCCAGGCTGGAGGGGGTGAAGTTACTCAGGAGCAACAAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125494 TATGTGGCCAGGCTGGAGGGGGTGAAGTTACTCAGGAGCAACAAGAGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGGTGCCATCAGGGCCCGGATGCTGGGGGCCACCAGAGCCACCGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125544 GGGTGCCATCAGGGCCCGGATGCTGGGGGCCACCAGAGCCACCGGGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGCTCGTCTTCATGGATGCCCACTGCGAGTGCCACCCAGGCTGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125594 TGCTCGTCTTCATGGATGCCCACTGCGAGTGCCACCCAGGCTGGCTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCCCTCCTCAGCAGAATAGCTGGTGACAG         GAGCCGAGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 125644 CCCCTCCTCAGCAGAATAGCTGGTGACAGGTA...CAGGAGCCGAGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ATCTCCGGTGATAGATGTGATTGACTGGAAGACTTTCCAGTATTACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133364 ATCTCCGGTGATAGATGTGATTGACTGGAAGACTTTCCAGTATTACCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CAAAGGACCTGCAGCGTGGGGTGTTGGACTGGAAGCTGGATTTCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133414 CAAAGGACCTGCAGCGTGGGGTGTTGGACTGGAAGCTGGATTTCCACTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GAACCTTTGCCAGAGCATGTGAGGAAGGCCCTCCAGTCCCCCATAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133464 GAACCTTTGCCAGAGCATGTGAGGAAGGCCCTCCAGTCCCCCATAAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CATCAG         GAGCCCTGTGGTGCCCGGAGAGGTGGTGGCCATGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133514 CATCAGGTG...CAGGAGCCCTGTGGTGCCCGGAGAGGTGGTGGCCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACAGACATTACTTCCAAAACACTGGAGCGTATGACTCTCTTATGTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136008 ACAGACATTACTTCCAAAACACTGGAGCGTATGACTCTCTTATGTCGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CGAGGTGGTGAAAACCTCGAACTGTCTTTCAAG         GCCTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136058 CGAGGTGGTGAAAACCTCGAACTGTCTTTCAAGGTA...CAGGCCTGGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTGTGGTGGCTCTGTTGAAATCCTTCCCTGCTCTCGGGTAGGACACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137426 CTGTGGTGGCTCTGTTGAAATCCTTCCCTGCTCTCGGGTAGGACACATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ACCAAAATCAGGATTCCCATTCCCCCCTCGACCAGGAGGCCACCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137476 ACCAAAATCAGGATTCCCATTCCCCCCTCGACCAGGAGGCCACCCTGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AACAGGGTTCGCATTGCTGAGACCTGGCTGGGGTCATTCAAAGAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137526 AACAGGGTTCGCATTGCTGAGACCTGGCTGGGGTCATTCAAAGAAACCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CTACAAGCATAGCCCAGAGGCCTTCTCCTTGAGCAAG         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 137576 CTACAAGCATAGCCCAGAGGCCTTCTCCTTGAGCAAGGTA...CAGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGAAGCCAGACTGCATGGAACGCTTGCAGCTGCAAAGGAGACTGGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144256 AGAAGCCAGACTGCATGGAACGCTTGCAGCTGCAAAGGAGACTGGGTTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CGGACATTCCACTGGTTTCTGGCCAATGTCTACCCTGAGCTGTACCCATC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 144306 CGGACATTCCACTGGTTTCTGGCTAATGTCTACCCTGAGCTGTACCCATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAAAG         CTCCACAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 144356 TGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAAAGGCA...CAGCTCCACAACACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GACTTGGGCTCTGTGCAGACTGCCAGGCAGAAGGGGACATCCTGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144772 GACTTGGGCTCTGTGCAGACTGCCAGGCAGAAGGGGACATCCTGGGCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CCCATGGTGTTGGCTCCTTGCAGTGACAGCCGGCAGCAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 144822 CCCATGGTGTTGGCTCCTTGCAGTGACAGCCGGCAGCAACAGGTG...CA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630  TACCTGCAGCACACCAGCAGGAAGGAGATTCACTTTGGCAGCCCACAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147463 GTACCTGCAGCACACCAGCAGGAAGGAGATTCACTTTGGCAGCCCACAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 ACCTGTGCTTTGCTGTCAGGCAGGAGCAGGTGATTCTTCAGAACTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147513 ACCTGTGCTTTGCTGTCAGGCAGGAGCAGGTGATTCTTCAGAACTGCACG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GAGGAAGGCCTGGCCATCCACCAGCAGCACTGGGACTTCCAGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 147563 GAGGAAGGCCTGGCCATCCACCAGCAGCACTGGGACTTCCAGGAGGTG..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774     AATGGGATGATTGTCCACATTCTTTCTGGGAAATGCATGGAAGCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147613 .TAGAATGGGATGATTGTCCACATTCTTTCTGGGAAATGCATGGAAGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TGGTGCAAGAAAACAATAAAGATTTGTACCTGCGTCCGTGTGATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152249 TGGTGCAAGAAAACAATAAAGATTTGTACCTGCGTCCGTGTGATGGAAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1870 GCCCGCCAGCAGTGGCGTTTTGACCAGATCAATGCTGTGGATGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152299 GCCCGCCAGCAGTGGCGTTTTGACCAGATCAATGCTGTGGATGAACGA