seq1 = pF1KE0324.tfa, 1854 bp
seq2 = pF1KE0324/gi568815581f_32071043.tfa (gi568815581f:32071043_32324730), 253688 bp

>pF1KE0324 1854
>gi568815581f:32071043_32324730 (Chr17)

1-37  (71651-71687)   100% ->
38-96  (100001-100059)   100% ->
97-178  (102789-102870)   100% ->
179-222  (104277-104320)   100% ->
223-276  (104920-104973)   100% ->
277-329  (105119-105171)   100% ->
330-438  (111715-111823)   100% ->
439-540  (112129-112230)   100% ->
541-639  (121159-121257)   100% ->
640-748  (122094-122202)   100% ->
749-869  (122945-123065)   100% ->
870-954  (127905-127989)   100% ->
955-1100  (128363-128508)   100% ->
1101-1201  (129914-130014)   100% ->
1202-1332  (131728-131858)   100% ->
1333-1416  (132848-132931)   100% ->
1417-1536  (135868-135987)   99% ->
1537-1739  (137065-137267)   100% ->
1740-1854  (153574-153688)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAAGACGTGCGGATCCTGCTGGTGGGAGAAC         CTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  71651 ATGAAGAAAGACGTGCGGATCCTGCTGGTGGGAGAACGTG...CAGCTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGTTGGGAAGACATCACTGATTATGTCTCTGGTCAGTGAAGAATTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100005 AGTTGGGAAGACATCACTGATTATGTCTCTGGTCAGTGAAGAATTTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAG         GTTCCTCCCCGGGCAGAAGAAATCACCATTCCAGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100055 AAGAGGTA...AAGGTTCCTCCCCGGGCAGAAGAAATCACCATTCCAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATGTCACCCCAGAGAGAGTTCCAACACACATTGTAGATTACTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102825 GATGTCACCCCAGAGAGAGTTCCAACACACATTGTAGATTACTCAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    179      AAGCAGAACAGAGTGATGAACAACTTCATCAAGAAATATCTCAG 
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102875 ..TAGAAGCAGAACAGAGTGATGAACAACTTCATCAAGAAATATCTCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223         GCTAATGTCATCTGTATAGTGTATGCCGTTAACAACAAGCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104322 TG...TAGGCTAATGTCATCTGTATAGTGTATGCCGTTAACAACAAGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TCTATTGATAAG         GTAACAAGTCGATGGATTCCTCTCATAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104962 TCTATTGATAAGGTA...TAGGTAACAAGTCGATGGATTCCTCTCATAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TGAAAGAACAGACAAAGACAGCAG         GCTGCCTTTAATATTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105148 TGAAAGAACAGACAAAGACAGCAGGTA...TAGGCTGCCTTTAATATTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 TTGGGAACAAATCTGATCTGGTGGAATATAGTAGTATGGAGACCATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111732 TTGGGAACAAATCTGATCTGGTGGAATATAGTAGTATGGAGACCATCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CCTATTATGAACCAGTATACAGAAATAGAAACCTGTGTGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111782 CCTATTATGAACCAGTATACAGAAATAGAAACCTGTGTGGAGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439  TGTTCAGCGAAAAACCTGAAGAACATATCAGAGCTCTTTTATTACGCAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112128 GTGTTCAGCGAAAAACCTGAAGAACATATCAGAGCTCTTTTATTACGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AGAAAGCTGTTCTTCATCCTACAGGGCCCCTGTACTGCCCAGAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112178 AGAAAGCTGTTCTTCATCCTACAGGGCCCCTGTACTGCCCAGAGGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GAG         ATGAAACCAGCTTGTATAAAAGCCCTTACTCGTATATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112228 GAGGTA...TAGATGAAACCAGCTTGTATAAAAGCCCTTACTCGTATATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TAAAATATCTGATCAAGATAATGATGGTACTCTCAATGATGCTGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121197 TAAAATATCTGATCAAGATAATGATGGTACTCTCAATGATGCTGAACTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ACTTCTTTCAG         AGGATTTGTTTCAACACTCCATTAGCTCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121247 ACTTCTTTCAGGTA...TAGAGGATTTGTTTCAACACTCCATTAGCTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 CAAGCTCTGGAGGATGTCAAGAATGTAGTCAGAAAACATATAAGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122124 CAAGCTCTGGAGGATGTCAAGAATGTAGTCAGAAAACATATAAGTGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGTGGCTGACAGTGGGTTGACCCTGAAAG         GTTTTCTCTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122174 TGTGGCTGACAGTGGGTTGACCCTGAAAGGTG...CAGGTTTTCTCTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 TACACACACTTTTTATCCAGAGAGGGAGACACGAAACTACTTGGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122957 TACACACACTTTTTATCCAGAGAGGGAGACACGAAACTACTTGGACTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CTTCGACGATTTGGTTATGATGATGACCTGGATTTGACACCTGAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123007 CTTCGACGATTTGGTTATGATGATGACCTGGATTTGACACCTGAATATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GTTCCCCCT         GCTGAAAATACCTCCTGATTGCACTACTGAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123057 GTTCCCCCTGTA...CAGGCTGAAAATACCTCCTGATTGCACTACTGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TAAATCATCATGCATATTTATTTCTCCAAAGCACCTTTGACAAGCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127937 TAAATCATCATGCATATTTATTTCTCCAAAGCACCTTTGACAAGCATGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TTG         GATAGAGACTGTGCTTTGTCACCTGATGAGCTTAAAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127987 TTGGTA...CAGGATAGAGACTGTGCTTTGTCACCTGATGAGCTTAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TTTATTTAAAGTTTTCCCTTACATACCTTGGGGGCCAGATGTGAATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128401 TTTATTTAAAGTTTTCCCTTACATACCTTGGGGGCCAGATGTGAATAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CAGTTTGTACCAATGAAAGAGGCTGGATAACCTACCAGGGATTCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128451 CAGTTTGTACCAATGAAAGAGGCTGGATAACCTACCAGGGATTCCTTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAGTGGAC         GCTCACGACTTATTTAGATGTACAGCGGTGCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128501 CAGTGGACGTG...TAGGCTCACGACTTATTTAGATGTACAGCGGTGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GGAATATTTGGGCTATCTAGGCTATTCAATATTGACTGAGCAAGAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129947 GGAATATTTGGGCTATCTAGGCTATTCAATATTGACTGAGCAAGAGTCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAGCTTCAGCTGTTACAG         TGACAAGAGATAAAAAGATAGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 129997 AAGCTTCAGCTGTTACAGGTA...TAGTGACAAGAGATAAAAAGATAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CTGCAGAAAAAACAAACTCAAAGAAATGTGTTCAGATGTAATGTAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131751 CTGCAGAAAAAACAAACTCAAAGAAATGTGTTCAGATGTAATGTAATTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 AGTGAAAAACTGTGGGAAAAGTGGAGTTCTTCAGGCTCTTCTTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131801 AGTGAAAAACTGTGGGAAAAGTGGAGTTCTTCAGGCTCTTCTTGGAAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 ACTTAATG         AGGCAGAAGAAAATTCGTGAAGATCATAAATCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 131851 ACTTAATGGTG...CAGAGGCAGAAGAAAATTCGTGAAGATCATAAATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TACTATGCGATTAACACTGTTTATGTATATGGACAAGAGAAATACTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132881 TACTATGCGATTAACACTGTTTATGTATATGGACAAGAGAAATACTTGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 G         TTGCATGATATCTCAGAATCGGAATTTCTAACTGAAGCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132931 GGTA...AAGTTGCATGATATCTCAGAATCGGAATTTCTAACTGAAGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 AAATCATTTGTGATGTTGTATGCCTGGTATATGATGTCAGCAATCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135908 AAATCATTTGTGATGTTGTATGCCTGGTATATGATGTCAGCAATCCCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 TCCCTTGAATACTGTGCCAGGATTTTTAAG         CAACACTTTAT
        ||| ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 135958 TCCTTTGAATACTGTGCCAGGATTTTTAAGGTT...TAGCAACACTTTAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GGACAGCAGAATACCTTGCTTAATCGTAGCTGCAAAGTCAGACCTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137076 GGACAGCAGAATACCTTGCTTAATCGTAGCTGCAAAGTCAGACCTGCATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 AAGTTAAACAAGAATACAGTATTTCACCTACTGATTTCTGCAGGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137126 AAGTTAAACAAGAATACAGTATTTCACCTACTGATTTCTGCAGGAAACAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AAAATGCCTCCACCACAAGCCTTCACTTGCAATACTGCTGATGCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137176 AAAATGCCTCCACCACAAGCCTTCACTTGCAATACTGCTGATGCCCCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 TAAGGATATCTTTGTTAAATTGACAACAATGGCCATGTATCC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137226 TAAGGATATCTTTGTTAAATTGACAACAATGGCCATGTATCCGTA...CA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1740  GCACGTGACACAAGCTGACCTCAAGAGCTCCACGTTTTGGCTTCGAGCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 153573 GGCACGTGACACAAGCTGACCTCAAGAGCTCCACGTTTTGGCTTCGAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 AGTTTTGGTGCTACTGTTTTTGCAGTTTTGGGCTTTGCTATGTACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153623 AGTTTTGGTGCTACTGTTTTTGCAGTTTTGGGCTTTGCTATGTACAAAGC

   2000     .    :    .
   1839 ATTATTGAAACAGCGA
        ||||||||||||||||
 153673 ATTATTGAAACAGCGA