seq1 = pF1KE0313.tfa, 3009 bp
seq2 = pF1KE0313/gi568815597f_112574913.tfa (gi568815597f:112574913_112800504), 225592 bp

>pF1KE0313 3009
>gi568815597f:112574913_112800504 (Chr1)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-341  (114023-114226)   99% ->
342-577  (114503-114738)   100% ->
578-836  (114928-115186)   99% ->
837-971  (116753-116887)   100% ->
972-1140  (117849-118017)   100% ->
1141-1295  (119106-119260)   100% ->
1296-1472  (119541-119717)   100% ->
1473-1620  (119837-119984)   100% ->
1621-1779  (120504-120662)   100% ->
1780-1883  (121236-121339)   100% ->
1884-1981  (121525-121622)   100% ->
1982-2198  (121718-121934)   100% ->
2199-2316  (123082-123199)   100% ->
2317-2508  (123375-123566)   99% ->
2509-2583  (123803-123877)   100% ->
2584-2709  (124773-124898)   100% ->
2710-2798  (124982-125070)   100% ->
2799-2920  (125307-125428)   100% ->
2921-3009  (125504-125592)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGTAAGTTCAGCTGCCGGCAGCTCCGGGAGGCGGGCCAGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGTAAGTTCAGCTGCCGGCAGCTCCGGGAGGCGGGCCAGTGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAGTTTCCTGGTCGTTCGGGGACTGGACATGGAGACAGATCGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGAGTTTCCTGGTCGTTCGGGGACTGGACATGGAGACAGATCGCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGCGGACCATTTATAACCGCGACTTCAAGATCAG         CTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 GGCTGCGGACCATTTATAACCGCGACTTCAAGATCAGGTA...CAGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGACCCCCGCCCCTGGCTTCTCCTCCATGCTGTATGGAATGAAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114027 GGGACCCCCGCCCCTGGCTTCTCCTCCATGCTGTATGGAATGAAGATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATCTGGCCTACGTCACCAAGACTCGGGTCAGGTTCTTCAGACTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114077 AAATCTGGCCTACGTCACCAAGACTCGGGTCAGGTTCTTCAGACTCGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGGGCCGACGTGCGGTTCCCAGAAAAGAGGAGAATGAAGCTGGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114127 GCTGGGCCGACGTGCGGTTCCCAGAAAAGAGGAGAATGAAGCTGGGGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATATCAGCAAACACCACAAGTCACTGCTAGCCAAGATCTTTTATGACAG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114177 GATATCAGCAAACACCACAAGTCACTGCTAGCCAAGATCTTTTATGACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          GGCTGAGTATCTTCATGGGAAACATGGTGTGGATGTGGAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114227 GTG...CAGGGCTGAGTATCTTCATGGGAAACATGGTGTGGATGTGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAGGGGCCCCATGAAGCCCGAGATGGGCAGCTCCTTATCCGCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114544 TCCAGGGGCCCCATGAAGCCCGAGATGGGCAGCTCCTTATCCGCCTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGAACCGCAAAGAGGTGCTGACCCTGAGGCTTCGGAATGGCGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114594 TTGAACCGCAAAGAGGTGCTGACCCTGAGGCTTCGGAATGGCGGAACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCTGTTACCCTCACTCACCTCTTCCCACTCTGCCGGACACCCCAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114644 GTCTGTTACCCTCACTCACCTCTTCCCACTCTGCCGGACACCCCAGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTTTCTACAATGAAGACCAGGAGTTGCCCTGTCCACTGGGCCCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114694 CTTTCTACAATGAAGACCAGGAGTTGCCCTGTCCACTGGGCCCCGGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578     GTGAATGCTATGAACTCCATGTCCATTGTAAGACCAGCTTTGTGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114744 .CAGGTGAATGCTATGAACTCCATGTCCATTGTAAGACCAGCTTTGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTACTTCCCAGCCACAGTGCTCTGGGAGCTGCTGGGACCTGGGGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114974 CTACTTCCCAGCCACAGTGCTCTGGGAGCTGCTGGGACCTGGGGAGTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTCAGAAGGAGCCGGCACATTCTACATTGCCCGCTTCTTGGCTGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115024 GTTCAGAAGGAGCCGGCACATTCTACATTGCCCGCTTCTTGGCTGCCGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCCACAGCCCCCTGGCTACACAGCTGAAGCCCATGACTCCCTTCAAGCG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 115074 GCCCACAGCCCCCTGGCTGCACAGCTGAAGCCCATGACTCCCTTCAAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GACCCGGATCACCGGAAACCCTGTGGTGACCAATCGGATAGAGGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115124 GACCCGGATCACCGGAAACCCTGTGGTGACCAATCGGATAGAGGAAGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGAGACCTGACCG         CGCTAAGGGCTATGACCTGGAGTTAAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115174 AGAGACCTGACCGGTA...CAGCGCTAAGGGCTATGACCTGGAGTTAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGGCGCTGGGGACATACTACCCACCTCCCCGCCTCAGGCAGCTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116781 ATGGCGCTGGGGACATACTACCCACCTCCCCGCCTCAGGCAGCTGCTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATGCTTCTTCAGGGAACAAGTATCTTCACTGCCCCTAAGGAGATCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116831 CATGCTTCTTCAGGGAACAAGTATCTTCACTGCCCCTAAGGAGATCGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGATCAA         GGCCCAGCTGGAGACAGCCCTGAAGTGGAGGAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116881 AGATCAAGTA...CAGGGCCCAGCTGGAGACAGCCCTGAAGTGGAGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TATGAGGTGAAGCTGCGGCTGCTGCTGCACCTGGAGGAACTGCAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117883 TATGAGGTGAAGCTGCGGCTGCTGCTGCACCTGGAGGAACTGCAGATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCATGATATCCGGCACTATGACCTGGAGTCGGTGCCCATGACCTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117933 GCATGATATCCGGCACTATGACCTGGAGTCGGTGCCCATGACCTGGGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTGTGGACCAGAACCCCAGGCTGCTCACGCTGGAG         GTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117983 CTGTGGACCAGAACCCCAGGCTGCTCACGCTGGAGGTC...TAGGTTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGAGTGACTGAGAGCCGCCCCTCAGTGCTACGGGGCGACCACCTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119112 GGAGTGACTGAGAGCCGCCCCTCAGTGCTACGGGGCGACCACCTGTTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCTTTTGTCCTCGGAGACACACCAGGAGGACCCCATCACATATAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119162 CCTTTTGTCCTCGGAGACACACCAGGAGGACCCCATCACATATAAGGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTGTGCACAAGGTGGAATTGGACCGTGTCAAGCTGAGCTTTTCCATGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119212 TTGTGCACAAGGTGGAATTGGACCGTGTCAAGCTGAGCTTTTCCATGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1296         CCTCCTGAGCCGCTTTGTGGATGGGCTGACCTTCAAGGTGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119262 TG...AAGCCTCCTGAGCCGCTTTGTGGATGGGCTGACCTTCAAGGTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTTTACCTTCAACCGCCAGCCGCTGCGAGTCCAGCACCGTGCCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119583 CTTTACCTTCAACCGCCAGCCGCTGCGAGTCCAGCACCGTGCCCTGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGACAGGGCGCTGGCTGCTGTGGCCCATGCTCTTTCCTGTGGCACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119633 TGACAGGGCGCTGGCTGCTGTGGCCCATGCTCTTTCCTGTGGCACCTCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GACGTCCCGCTGCTGCCCTCAGATGTGAAACTCAA         GCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119683 GACGTCCCGCTGCTGCCCTCAGATGTGAAACTCAAGTG...CAGGCTGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CGACCGGAGTCTGGAGTCAAACCCAGAGCAGCTGCAGGCCATGAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119843 CGACCGGAGTCTGGAGTCAAACCCAGAGCAGCTGCAGGCCATGAGGCACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TTGTTACGGGCACCACCCGTCCAGCCCCCTACATCATCTTTGGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119893 TTGTTACGGGCACCACCCGTCCAGCCCCCTACATCATCTTTGGGCCTCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GGCACCGGCAAGACTGTCACGTTAGTGGAGGCAATTAAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119943 GGCACCGGCAAGACTGTCACGTTAGTGGAGGCAATTAAGCAGGTG...CA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1621  GTGGTGAAGCACTTGCCCAAAGCCCACATCTTGGCCTGCGCTCCATCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120503 GGTGGTGAAGCACTTGCCCAAAGCCCACATCTTGGCCTGCGCTCCATCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACTCAGGGGCTGACCTACTCTGTCAAAGGCTCCGGGTCCACCTTCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120553 ACTCAGGGGCTGACCTACTCTGTCAAAGGCTCCGGGTCCACCTTCCTAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCCATCTACCGCCTCCTGGCCCCCAGCAGGGACATCCGCATGGTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120603 TCCATCTACCGCCTCCTGGCCCCCAGCAGGGACATCCGCATGGTACCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GGACATCAAG         CCCTGCTGCAACTGGGACGCAAAGAAGGGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120653 GGACATCAAGGTA...CAGCCCTGCTGCAACTGGGACGCAAAGAAGGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGTATGTATTTCCCGCCAAGAAGAAGCTGCAGGAATACCGGGTCTTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121267 AGTATGTATTTCCCGCCAAGAAGAAGCTGCAGGAATACCGGGTCTTAATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ACCACCCTCATCACTGCCGGCAG         GTTGGTCTCGGCCCAGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121317 ACCACCCTCATCACTGCCGGCAGGTG...CAGGTTGGTCTCGGCCCAGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TCCCATTGATCACTTCACACACATCTTCATCGATGAGGCTGGCCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121543 TCCCATTGATCACTTCACACACATCTTCATCGATGAGGCTGGCCACTGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGGAGCCTGAGAGTCTGGTAGCTATAGCAG         GGCTGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121593 TGGAGCCTGAGAGTCTGGTAGCTATAGCAGGTG...CAGGGCTGATGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GTAAAGGAAACAGGTGATCCAGGAGGGCAGCTGGTGCTGGCAGGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121729 GTAAAGGAAACAGGTGATCCAGGAGGGCAGCTGGTGCTGGCAGGAGACCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TCGGCAGCTGGGGCCTGTGCTGCGTTCCCCACTGACCCAGAAGCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121779 TCGGCAGCTGGGGCCTGTGCTGCGTTCCCCACTGACCCAGAAGCATGGAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 TGGGATACTCACTGCTGGAGCGGCTGCTCACCTACAACTCCCTGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121829 TGGGATACTCACTGCTGGAGCGGCTGCTCACCTACAACTCCCTGTACAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 AAGGGCCCTGATGGCTATGACCCCCAGTTCATAACCAAGCTGCTCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121879 AAGGGCCCTGATGGCTATGACCCCCAGTTCATAACCAAGCTGCTCCGCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CTACAG         GTCTCATCCCACCATCCTGGACATTCCTAACCAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121929 CTACAGGTA...CAGGTCTCATCCCACCATCCTGGACATTCCTAACCAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TCTATTATGAAGGGGAGCTGCAGGCCTGTGCTGATGTCGTGGATCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123117 TCTATTATGAAGGGGAGCTGCAGGCCTGTGCTGATGTCGTGGATCGAGAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CGCTTCTGCCGCTGGGCGGGCCTACCTCGACAG         GGCTTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123167 CGCTTCTGCCGCTGGGCGGGCCTACCTCGACAGGTG...CAGGGCTTTCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CATCATCTTTCACGGCGTAATGGGCAAAGATGAGCGTGAAGGCAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123383 CATCATCTTTCACGGCGTAATGGGCAAAGATGAGCGTGAAGGCAACAGCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 CATCCTTCTTCAACCCTGAAGAGGCTGCCACAGTGACTTCCTACCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123433 CATCCTTCTTCAACCCTGAAGAGGCTGCCACAGTGACTTCCTACCTGAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 CTGCTCCTGGCCCCCACCTCCAAGAAGGGCAAAGCTCGCCTGAGCCCTCG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123483 CTGCTCCTGGCCCCCTCCTCCAAGAAGGGCAAAGCTCGCCTGAGCCCTCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 AAGTGTGGGCGTCATCTCCCCGTACCGGAAACAG         GTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123533 AAGTGTGGGCGTCATCTCCCCGTACCGGAAACAGGTC...CAGGTGGAGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 AAATCCGTTACTGCATCACCAAACTTGACAGGGAGCTTCGAGGACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123810 AAATCCGTTACTGCATCACCAAACTTGACAGGGAGCTTCGAGGACTGGAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 GACATCAAGGACTTGAAG         GTGGGTTCAGTAGAAGAATTCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 123860 GACATCAAGGACTTGAAGGTG...TAGGTGGGTTCAGTAGAAGAATTCCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 AGGCCAAGAACGAAGCGTCATCCTCATCTCCACCGTGCGAAGCAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124796 AGGCCAAGAACGAAGCGTCATCCTCATCTCCACCGTGCGAAGCAGCCAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 GCTTTGTGCAGCTGGATCTGGACTTTAATCTGGGTTTCCTTAAGAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124846 GCTTTGTGCAGCTGGATCTGGACTTTAATCTGGGTTTCCTTAAGAACCCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 AAG         AGGTTCAATGTAGCTGTGACCCGGGCCAAGGCCCTGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124896 AAGGTT...CAGAGGTTCAATGTAGCTGTGACCCGGGCCAAGGCCCTGCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 CATCATCGTGGGGAACCCCCTTCTCCTGGGCCATGACCCTGACTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125020 CATCATCGTGGGGAACCCCCTTCTCCTGGGCCATGACCCTGACTGGAAAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 T         ATTCCTGGAGTTCTGTAAAGAAAACGGAGGGTATACCGGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125070 TGTG...CAGATTCCTGGAGTTCTGTAAAGAAAACGGAGGGTATACCGGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 TGTCCCTTCCCTGCCAAACTGGACCTGCAACAGGGACAGAATTTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125347 TGTCCCTTCCCTGCCAAACTGGACCTGCAACAGGGACAGAATTTACTGCA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 AGGTCTGAGCAAGCTCAGCCCCTCTACCTCAG         GGCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125397 AGGTCTGAGCAAGCTCAGCCCCTCTACCTCAGGTA...CAGGGCCCCACA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2930 GCCATGACTACCTCCCCCAGGAGCGGGAGGGTGAAGGGGGCCTGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125513 GCCATGACTACCTCCCCCAGGAGCGGGAGGGTGAAGGGGGCCTGTCTCTG

   3150     .    :    .    :    .    :
   2980 CAAGTGGAGCCAGAGTGGAGGAATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 125563 CAAGTGGAGCCAGAGTGGAGGAATGAGCTC