seq1 = pF1KE0312.tfa, 1575 bp
seq2 = pF1KE0312/gi568815597r_26791013.tfa (gi568815597r:26791013_27000442), 209430 bp

>pF1KE0312 1575
>gi568815597r:26791013_27000442 (Chr1)

(complement)

1-451  (100001-100451)   99% ->
452-876  (102718-103142)   100% ->
877-1051  (106033-106207)   100% ->
1052-1111  (106995-107054)   100% ->
1112-1233  (107652-107773)   100% ->
1234-1361  (107905-108032)   100% ->
1362-1575  (109217-109430)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGCCCGGCGAGGCGGAGGAGGAGGCGACAGTTTACCTGGTAGT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTGCCCGGCGAGGCGGAGGAGGAGGCGACAGTTTACCTGGTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGGTATCCCCTCCGTGTTGCGCTCGGCCCATTTACGGAGCTATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCGGTATCCCCTCCGTGTTGCGCTCGGCCCATTTACGGAGCTATTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGTTCCGAGAAGAGCGCGGCGGTGGCTTCCTCTGTTCCCACTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100101 GCCAGTTCCGAGAAGAGCGCGGCGGTGGCTTCCTCTGTTTCCACTACCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATCGGCCTGAGCGGGCCCCTCCGCAGGCCGCTCCTAACTCTGCCCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATCGGCCTGAGCGGGCCCCTCCGCAGGCCGCTCCTAACTCTGCCCTAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCTACCGACCCAGCCGCTGAGGGCCAGCTTCTCTCTCAGACTTCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCTACCGACCCAGCCGCTGAGGGCCAGCTTCTCTCTCAGACTTCGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGATGTCCGGCCTCTCTCCACTCGAGACTCTACTCCAATCCAGACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGATGTCCGGCCTCTCTCCACTCGAGACTCTACTCCAATCCAGACCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCTGCTGCTGCGTCATCTCGGTAAGGGGGTTGGCTCAAGCTCAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCTGCTGCTGCGTCATCTCGGTAAGGGGGTTGGCTCAAGCTCAGAGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATTCGCATGTACTCGGGCCGCCGGTGGCTGGATTCTCACGGGACTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATTCGCATGTACTCGGGCCGCCGGTGGCTGGATTCTCACGGGACTTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TACCGGGTCGCTGTCTCATCCGCAGACTTCGGCTACCTGCGGAGGCATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100401 TACCGGGTCGCTGTCTCATCCGCAGACTTCGGCTACCTACGGAGGCATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 G         GTCTGGGCTCCTTTCCCTTCAAGACCCGGAAGGAACTGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTA...AAGGTCTGGGCTCCTTTCCCTTCAAGACCCGGAAGGAACTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAGTTGGAAGGCAGAGAATGAAGCCTTCACCCTGGCTGACCTGAAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102758 GAGTTGGAAGGCAGAGAATGAAGCCTTCACCCTGGCTGACCTGAAGCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCCGGAGCTGAACCCACCAGTGCTGATGCCCAGAGGGAATGTGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102808 TGCCGGAGCTGAACCCACCAGTGCTGATGCCCAGAGGGAATGTGGGGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCCTGCGGGTCTTTTTGGAGTTGATCCGGGCCTGCCGCCTACCCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102858 CCCCTGCGGGTCTTTTTGGAGTTGATCCGGGCCTGCCGCCTACCCCCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GATCATCACCCAGCTGCAGCTCCAGTTCCCCAAGACAGGTTCCTCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102908 GATCATCACCCAGCTGCAGCTCCAGTTCCCCAAGACAGGTTCCTCCCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTACGGCAATGTGCCTTTTGAGTATGAGGACTCAGAGACTGTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 GCTACGGCAATGTGCCTTTTGAGTATGAGGACTCAGAGACTGTGGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAAGAGCTTGTGTATACAGCAGAGGGTGAAGAAATACCCCAAGGAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103008 GAAGAGCTTGTGTATACAGCAGAGGGTGAAGAAATACCCCAAGGAACCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTGGCAGATATACCAGCCAGCCCCTGTGGAGAGCCTGAGGAAGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103058 CCTGGCAGATATACCAGCCAGCCCCTGTGGAGAGCCTGAGGAAGAAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGAAGGAAGAGGAAGAAGAGTCTCACTCAGATGAG         GACGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103108 GGAAGGAAGAGGAAGAAGAGTCTCACTCAGATGAGGTG...TAGGACGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GACCGGGGTGAGGAATGGGAACGGCATGAAGCGCTGCATGAGGACGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106039 GACCGGGGTGAGGAATGGGAACGGCATGAAGCGCTGCATGAGGACGTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGGGCAGGAGCGGACCACTGAGCAGCTCTTTGAGGAGGAGATTGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106089 CGGGCAGGAGCGGACCACTGAGCAGCTCTTTGAGGAGGAGATTGAGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGTGGGAGAAGGGTGGCTCTGGCCTGGTGTTTTATACTGATGCCCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106139 AGTGGGAGAAGGGTGGCTCTGGCCTGGTGTTTTATACTGATGCCCAGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGGCAGGAGGAAGAAGGAG         ATTTTGATGAACAGACAGCCGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106189 TGGCAGGAGGAAGAAGGAGGTA...CAGATTTTGATGAACAGACAGCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGACTGGGATGTGGACATGAGTGTGTACTATGACAGAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107017 TGACTGGGATGTGGACATGAGTGTGTACTATGACAGAGGTA...CAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGGAGACAAGGATGCCCGAGACTCTGTCCAAATGCGTCTGGAACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107655 GTGGAGACAAGGATGCCCGAGACTCTGTCCAAATGCGTCTGGAACAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CTCCGAGATGGACAGGAAGATGGCTCTGTGATCGAACGCCAGGTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107705 CTCCGAGATGGACAGGAAGATGGCTCTGTGATCGAACGCCAGGTGGGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTTTGAGCGCCACACCAAG         GGCATTGGGCGGAAGGTGATGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107755 CTTTGAGCGCCACACCAAGGTG...CAGGGCATTGGGCGGAAGGTGATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AGCGGCAGGGCTGGGCTGAGGGCCAGGGCCTGGGCTGCAGGTGCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107927 AGCGGCAGGGCTGGGCTGAGGGCCAGGGCCTGGGCTGCAGGTGCTCAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GTGCCTGAGGCCCTGGATAGTGATGGCCAACACCCCAGATGCAAGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107977 GTGCCTGAGGCCCTGGATAGTGATGGCCAACACCCCAGATGCAAGCGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 ATTGGG         GTACCATGGAGAGAAGCTACAGCCATTTGGGCAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108027 ATTGGGGTA...CAGGTACCATGGAGAGAAGCTACAGCCATTTGGGCAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGAAGAGGCCCCGTAGAAATGGCTTGGGGCTCATCTCCACCATCTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109252 TGAAGAGGCCCCGTAGAAATGGCTTGGGGCTCATCTCCACCATCTATGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GAGCCTCTACCCCAAGACCAGACGGAGTCACTGCTCCGCCGCCAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109302 GAGCCTCTACCCCAAGACCAGACGGAGTCACTGCTCCGCCGCCAGCCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CACCAGCATGAAGTTTCGGACAGACATGGCCTTTGTGAGGGGTTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109352 CACCAGCATGAAGTTTCGGACAGACATGGCCTTTGTGAGGGGTTCCAGTT

   1600     .    :    .    :    .
   1547 GTGCTTCAGACAGCCCCTCATTGCCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 109402 GTGCTTCAGACAGCCCCTCATTGCCTGAC