seq1 = pF1KE0309.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KE0309/gi568815595f_47182966.tfa (gi568815595f:47182966_47443938), 260973 bp

>pF1KE0309 1722
>gi568815595f:47182966_47443938 (Chr3)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-260  (136688-136818)   99% ->
261-401  (139603-139743)   100% ->
402-600  (146986-147184)   100% ->
601-761  (150192-150352)   100% ->
762-898  (151718-151854)   100% ->
899-1121  (153570-153792)   100% ->
1122-1226  (157607-157711)   100% ->
1227-1338  (159754-159865)   100% ->
1339-1722  (160590-160973)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGAGGACGGCGCGGAGGAGCTGGAGGATCTGGTGCACTTCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGAGGACGGCGCGGAGGAGCTGGAGGATCTGGTGCACTTCTCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTGAGTTGCCTAGTCGCGGCTACGGCGTCATGGAGGAGATCCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTGAGTTGCCTAGTCGCGGCTACGGCGTCATGGAGGAGATCCGGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGCAAGCTGTGCGACGTGACCCTCAAG         ATTGGGGACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 AGGGCAAGCTGTGCGACGTGACCCTCAAGGTA...CAGATTGGGGACCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATTCAGTGCCCACCGGATTGTCTTGGCAGCCTCGATCCCGTATTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 136700 AAATTCAGTGCCCACCGGATTGTCTTAGCAGCCTCGATCCCGTATTTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTATGTTTACAAATGACATGATGGAGTGCAAGCAGGATGAGATTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136750 TGCTATGTTTACAAATGACATGATGGAGTGCAAGCAGGATGAGATTGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCAAGGAATGGACCCAAG         TGCCCTGGAGGCTCTGATCAAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 136800 TGCAAGGAATGGACCCAAGGTA...TAGTGCCCTGGAGGCTCTGATCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGCCTACAACGGCAACCTTGCCATTGACCAGCAAAATGTCCAGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139625 TTTGCCTACAACGGCAACCTTGCCATTGACCAGCAAAATGTCCAGTCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGATGGGGGCGAGCTTCCTGCAGCTGCAGAGCATCAAAGACGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139675 GCTGATGGGGGCGAGCTTCCTGCAGCTGCAGAGCATCAAAGACGCCTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCACATTCCTTCGAGAACG         GCTTCACCCAAAAAACTGCCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 139725 GCACATTCCTTCGAGAACGGTG...AAGGCTTCACCCAAAAAACTGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTGTGCGCCAGTTTGCTGAGACAATGATGTGTGCTGTGCTGTACGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147008 GGTGTGCGCCAGTTTGCTGAGACAATGATGTGTGCTGTGCTGTACGACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCAACAGCTTCATCCACCAGCACTTTGTGGAGGTGTCCATGTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147058 TGCCAACAGCTTCATCCACCAGCACTTTGTGGAGGTGTCCATGTCAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTTCCTGGCCCTGCCCTTGGAAGACGTGCTTGAGCTGGTGTCTCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147108 AGTTCCTGGCCCTGCCCTTGGAAGACGTGCTTGAGCTGGTGTCTCGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCTGAATGTCAAATCTGAGGAGCAG         GTCTTTGAAGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 147158 GAGCTGAATGTCAAATCTGAGGAGCAGGTA...CAGGTCTTTGAAGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATTGGCCTGGGTCAGATACGACCGGGAGCAGAGGGGTCCCTACCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150206 ATTGGCCTGGGTCAGATACGACCGGGAGCAGAGGGGTCCCTACCTGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCTGCTGTCCAATATCCGCCTGCCCCTCTGTCGGCCCCAGTTCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150256 AGCTGCTGTCCAATATCCGCCTGCCCCTCTGTCGGCCCCAGTTCCTTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACAGAGTACAGCAGGATGACCTGGTGCGTTGCTGCCACAAATGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 150306 GACAGAGTACAGCAGGATGACCTGGTGCGTTGCTGCCACAAATGCAGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762       GGACCTGGTAGACGAAGCAAAGGACTACCACCTCATGCCAGAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150356 ...TAGGGACCTGGTAGACGAAGCAAAGGACTACCACCTCATGCCAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCGGCCCCACCTGCCAGCTTTCAGAACCCGGCCACGCTGCTGCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151762 GCCGGCCCCACCTGCCAGCTTTCAGAACCCGGCCACGCTGCTGCACATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCGCTGGACTTATCTACGCTGTAGGGGGCCTCAACTCAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 151812 ATCGCTGGACTTATCTACGCTGTAGGGGGCCTCAACTCAGCAGGTA...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899   GTGATTCCCTGAATGTGGTGGAAGTGTTCGACCCCATTGCCAATTGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153568 AGGTGATTCCCTGAATGTGGTGGAAGTGTTCGACCCCATTGCCAATTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGGAGAGATGCCGTCCCATGACAACAGCCCGCAGCCGCGTTGGCGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153618 GGGAGAGATGCCGTCCCATGACAACAGCCCGCAGCCGCGTTGGCGTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGGTGAACGGGCTTCTCTATGCCATCGGAGGATATGACGGCCAGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153668 GTGGTGAACGGGCTTCTCTATGCCATCGGAGGATATGACGGCCAGCTACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTGAGCACTGTGGAGGCCTACAACCCGGAGACAGACACATGGACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153718 GCTGAGCACTGTGGAGGCCTACAACCCGGAGACAGACACATGGACCAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGGGGAGCATGAATAGCAAGAGAAG         TGCCATGGGGACAGTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 153768 TGGGGAGCATGAATAGCAAGAGAAGGTA...CAGTGCCATGGGGACAGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGCTGGATGGGCAGATCTACGTCTGTGGGGGCTACGATGGCAACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157623 GTGCTGGATGGGCAGATCTACGTCTGTGGGGGCTACGATGGCAACTCTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCTCAGCTCCGTGGAGACCTACTCACCTGAGACGGACAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 157673 CCTCAGCTCCGTGGAGACCTACTCACCTGAGACGGACAAGTA...AAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGACAGTGGTGACCTCGATGAGCTCGAATCGCAGTGCTGCTGGGGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159756 GGACAGTGGTGACCTCGATGAGCTCGAATCGCAGTGCTGCTGGGGTTACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTCTTTGAGGGCAGGATATATGTGTCAGGCGGCCATGATGGTTTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159806 GTCTTTGAGGGCAGGATATATGTGTCAGGCGGCCATGATGGTTTGCAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTTCAGCAGT         GTGGAACACTACAACCACCACACAGCCACCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 159856 CTTCAGCAGTGTG...CAGGTGGAACACTACAACCACCACACAGCCACCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GGCACCCTGCAGCTGGCATGCTCAACAAGCGCTGCCGGCACGGAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160621 GGCACCCTGCAGCTGGCATGCTCAACAAGCGCTGCCGGCACGGAGCCGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCCCTGGGGAGCAAGATGTTTGTCTGCGGGGGCTACGATGGCTCTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160671 TCCCTGGGGAGCAAGATGTTTGTCTGCGGGGGCTACGATGGCTCTGGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTCAGCATTGCCGAGATGTACAGCTCTGTGGCAGACCAGTGGTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160721 CCTCAGCATTGCCGAGATGTACAGCTCTGTGGCAGACCAGTGGTGCCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TTGTCCCCATGCACACGCGCAGGAGCCGGGTCTCCCTGGTGGCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160771 TTGTCCCCATGCACACGCGCAGGAGCCGGGTCTCCCTGGTGGCCAGCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GGGCGCCTCTACGCTGTTGGGGGCTACGACGGACAGTCAAACCTAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160821 GGGCGCCTCTACGCTGTTGGGGGCTACGACGGACAGTCAAACCTAAGCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGTGGAGATGTATGACCCAGAGACAGACTGCTGGACATTCATGGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160871 AGTGGAGATGTATGACCCAGAGACAGACTGCTGGACATTCATGGCCCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGCGTGCCATGAGGGAGGGGTCGGTGTGGGCTGCATCCCTCTCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160921 TGGCGTGCCATGAGGGAGGGGTCGGTGTGGGCTGCATCCCTCTCCTCACC

   1800 
   1720 ATC
        |||
 160971 ATC