seq1 = pF1KE0307.tfa, 2052 bp
seq2 = pF1KE0307/gi568815592r_139142529.tfa (gi568815592r:139142529_139388899), 246371 bp

>pF1KE0307 2052
>gi568815592r:139142529_139388899 (Chr6)

(complement)

1-430  (100001-100428)   99% ->
431-516  (111985-112070)   100% ->
517-687  (118274-118444)   100% ->
688-882  (126127-126321)   100% ->
883-1002  (128463-128582)   100% ->
1003-1077  (133262-133336)   100% ->
1078-1170  (140991-141083)   100% ->
1171-1266  (144210-144305)   100% ->
1267-2052  (145586-146371)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCTAATCACTCTGAACAGCTCTCAGCGGAACGACAGTCAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCTAATCACTCTGAACAGCTCTCAGCGGAACGACAGTCAACACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCAGGTGACAGTTCATCATTACCCAGTCACAATGGCCTGGAGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCAGGTGACAGTTCATCATTACCCAGTCACAATGGCCTGGAGAAGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGCCAGGATTCTCCAACCCCAGTCCAACCACCAGAGAAAGAGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGCCAGGATTCTCCAACCCCAGTCCAACCACCAGAGAAAGAGGCAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCACCCCGATATCTCTGAAGAGCTGAATCGACAGCTGGAAGACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCACCCCGATATCTCTGAAGAGCTGAATCGACAGCTGGAAGACATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAACACTTATGGGTCTGCTGCCAGCACAGCAGGGAAAGAGGGCTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAACACTTATGGGTCTGCTGCCAGCACAGCAGGGAAAGAGGGCTCTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCCAGTGAGCAGCCTGAGAATGCAGAATCACCTGACAACGAGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGCCAGTGAGCAGCCTGAGAATGCAGAATCACCTGACAACGAGGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACTGTGAGGAAACAACTGAAGAGGCTGGAAGAGAACCCGTTGCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACTGTGAGGAAACAACTGAAGAGGCTGGAAGAGAACCCGTTGCTTCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGCCACCCACTGTCAAAGAGCCCGTCAGCAATAAGGAGCAAAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGCCACCCACTGTCAAAGAGCCCGTCAGCAATAAGGAGCAAAAATTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAAAGAAAATCCTAAAAGGATTAGGCAAAG         AAGCCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||-->>>...>>>|||||||||||
 100401 AAAAGAAAATCCTAAAAGGATTAGGCAA  GTA...AAGAAGCCAACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTAATGCAAAATCTGAACAAGTTGCAAACACCGGAAGAAAAGTTTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111996 CTAATGCAAAATCTGAACAAGTTGCAAACACCGGAAGAAAAGTTTGATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTATTCAAGAAGTATGCTGAATTG         CTGGATGAACATCGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112046 TTTATTCAAGAAGTATGCTGAATTGGTA...CAGCTGGATGAACATCGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGAGCAAAAGAAGTTAAAGCTCCTCCAAAAGAAACAGGTACAAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118290 CTGAGCAAAAGAAGTTAAAGCTCCTCCAAAAGAAACAGGTACAAATTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAGAAAAGGACCAGTTACAAGGTGAACACAGCAGAGCTATCCTCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118340 AAAGAAAAGGACCAGTTACAAGGTGAACACAGCAGAGCTATCCTCGCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAGCAAATTGGAGAGTCTGTGCCGGGAGCTGCAGAGACACAACAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118390 AAGCAAATTGGAGAGTCTGTGCCGGGAGCTGCAGAGACACAACAAGACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGAAG         GAAGAGGCGCTTCAGCGGGCACGTGAGGAAGAAGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118440 TGAAGGTA...CAGGAAGAGGCGCTTCAGCGGGCACGTGAGGAAGAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAAAGGAAGGAAATCACAAGCCATTTCCAGAGTACCCTCACGGACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126163 AAAAGGAAGGAAATCACAAGCCATTTCCAGAGTACCCTCACGGACATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGGCCAGATCGAGCAGCAGAGTGAGCGAAATATGAAGCTCTGTCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126213 GGGCCAGATCGAGCAGCAGAGTGAGCGAAATATGAAGCTCTGTCAGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACACAGAGCTTGCAGAAAAGCTGAAAAGCATCATCGATCAGTATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126263 ACACAGAGCTTGCAGAAAAGCTGAAAAGCATCATCGATCAGTATGAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AGAGAGGAG         CATCTGGACAAAATATTTAAACACAGAGAACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 126313 AGAGAGGAGGTG...TAGCATCTGGACAAAATATTTAAACACAGAGAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCAGCAGAAGCTGGTGGATGCAAAGCTTGAGCAGGCCCAAGAAATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128495 GCAGCAGAAGCTGGTGGATGCAAAGCTTGAGCAGGCCCAAGAAATGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGAAGCGGAGGAGCGACACAAACGAGAAAAGGAATAT         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 128545 AGGAAGCGGAGGAGCGACACAAACGAGAAAAGGAATATGTA...TAGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGAACCAGGCAGCAGAGTGGAAACTTCAGGCGAAAGTGCTGAAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133265 CTGAACCAGGCAGCAGAGTGGAAACTTCAGGCGAAAGTGCTGAAGGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAGACAGTCCTGCAGGCTCAG         CTCACTCTCTACTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133315 AGAGACAGTCCTGCAGGCTCAGGTG...CAGCTCACTCTCTACTCAGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGTTTGAAGAATTCCAGAGCACACTAACTAAAAGCAACGAGGTGTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141010 GGTTTGAAGAATTCCAGAGCACACTAACTAAAAGCAACGAGGTGTTTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACGTTCAAACAGGAAATGGACAAA         ACAACTAAGAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 141060 ACGTTCAAACAGGAAATGGACAAAGTG...TAGACAACTAAGAAAATGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAGCTGGAAAAGGACACAGCCACATGGAAAGCCCGATTTGAGAACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144227 GAAGCTGGAAAAGGACACAGCCACATGGAAAGCCCGATTTGAGAACTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACAAAGCTCTGTTGGACATGATTGAAGAG         AAAGCACTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 144277 ACAAAGCTCTGTTGGACATGATTGAAGAGGTG...CAGAAAGCACTGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTAAAGAATATGAGTGCTTTGTGATGAAAATCGGGAGGCTAGAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145598 GCTAAAGAATATGAGTGCTTTGTGATGAAAATCGGGAGGCTAGAGAACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTGCCGTGCTTTACAAGAAGAGAGAAACGAACTCCACAAAAAAATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145648 CTGCCGTGCTTTACAAGAAGAGAGAAACGAACTCCACAAAAAAATCAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACGCAGAAATATCTGAAAAGGATGACCAAAGTCAGCACAACTCCGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145698 ACGCAGAAATATCTGAAAAGGATGACCAAAGTCAGCACAACTCCGATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAGCCAGAGTCAAACGTCTCTGTGGATCAAGAGATTGACGCAGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145748 GAGCCAGAGTCAAACGTCTCTGTGGATCAAGAGATTGACGCAGAGGAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TAATAGTGTCCAAACCGCCGTGAAAAATCTGGCCACAGCCTTCATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145798 TAATAGTGTCCAAACCGCCGTGAAAAATCTGGCCACAGCCTTCATGATAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TTCATCATCCAGAGTCAACCCCGCACCAGTCCAAAGAAACCCAACCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145848 TTCATCATCCAGAGTCAACCCCGCACCAGTCCAAAGAAACCCAACCCGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATAGGCAGTTCTCAGGAGAGTGCTGACGCCGCTCTCAAGGAGCCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145898 ATAGGCAGTTCTCAGGAGAGTGCTGACGCCGCTCTCAAGGAGCCAGAGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 ACCCCCTCTGATCCCTTCACGGGATTCAGAGAGTCCCCTGCCTCCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145948 ACCCCCTCTGATCCCTTCACGGGATTCAGAGAGTCCCCTGCCTCCCCTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CTCCTCAGGCTGAAGCCGAAGGAGGCAGTGATGCTGAACCTCCCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145998 CTCCTCAGGCTGAAGCCGAAGGAGGCAGTGATGCTGAACCTCCCTCCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GCCAGTAATTCTCCTGCCGGGTTGGGAGCAGAAACCCAATGCGAGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146048 GCCAGTAATTCTCCTGCCGGGTTGGGAGCAGAAACCCAATGCGAGGGTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CCCTGTTGGAGCACAGGCTGATCAGGCGTCCTGGAAGCCAGAGGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146098 CCCTGTTGGAGCACAGGCTGATCAGGCGTCCTGGAAGCCAGAGGCAGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CTTCCGGTCAGGCCCCACAGGCTCCCACCGAGGCCTCCCTACAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146148 CTTCCGGTCAGGCCCCACAGGCTCCCACCGAGGCCTCCCTACAGAAGATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GAGGCAGATGTGCCTGCTCCAGCATGCGCAGCAGAAGAGCACGTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146198 GAGGCAGATGTGCCTGCTCCAGCATGCGCAGCAGAAGAGCACGTTGCAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CATGGTGCCTGCATGCGAGCCCAGTAGGCAGCCCCCACGAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146248 CATGGTGCCTGCATGCGAGCCCAGTAGGCAGCCCCCACGAGCAGCAGCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 AGGAGCTGCCAGTAGGGGCCTCAGCTGGGCCCCAGCCGCGCAACGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146298 AGGAGCTGCCAGTAGGGGCCTCAGCTGGGCCCCAGCCGCGCAACGTGGCT

   2100     .    :    .    :
   2029 GACACCAATCTGGAAGGCGTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||
 146348 GACACCAATCTGGAAGGCGTCGAC