seq1 = pF1KE0304.tfa, 1467 bp
seq2 = pF1KE0304/gi568815597f_231238384.tfa (gi568815597f:231238384_231453358), 214975 bp

>pF1KE0304 1467
>gi568815597f:231238384_231453358 (Chr1)

1-221  (100001-100221)   100% ->
222-321  (101386-101485)   100% ->
322-450  (109414-109542)   100% ->
451-718  (112921-113188)   100% ->
719-1467  (114227-114975)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGATGACTTGATGTTGGCACTGCGGCTTCAGGAGGAGTGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGATGACTTGATGTTGGCACTGCGGCTTCAGGAGGAGTGGAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGAGGCGGAGCGCGATCATGCCCAGGAGTCCCTGTCGCTAGTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGAGGCGGAGCGCGATCATGCCCAGGAGTCCCTGTCGCTAGTGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCGTGGGAGTTGGTGGACCCCACACCGGACTTGCAGGCACTGTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCGTGGGAGTTGGTGGACCCCACACCGGACTTGCAGGCACTGTTTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTTTAACGACCAATTCTTCTGGGGCCAGCTGGAGGCCGTCGAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTTTAACGACCAATTCTTCTGGGGCCAGCTGGAGGCCGTCGAGGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGGAGCGTGCGAATGACCCT         GTGTGCTGGGATATGCAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100201 GTGGAGCGTGCGAATGACCCTGTG...TAGGTGTGCTGGGATATGCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGAAGGGAAGGGTGGAATGTGTTCCATCCGTCTCAGCGAACCCCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101406 ATGAAGGGAAGGGTGGAATGTGTTCCATCCGTCTCAGCGAACCCCTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGTTGAGGCCAAGAAAGGATCTTGTAGAG         ACCCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101456 AAGTTGAGGCCAAGAAAGGATCTTGTAGAGGTA...CAGACCCTCCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAAATGATACATGCCTATTTATTTGTCACTAATAACGACAAAGACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109425 TGAAATGATACATGCCTATTTATTTGTCACTAATAACGACAAAGACCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGGGCATGGTCCAGAATTTTGTAAACATATGCATCGCATCAACAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109475 AAGGGCATGGTCCAGAATTTTGTAAACATATGCATCGCATCAACAGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGGAGCCAATATAACG         GTATACCATACTTTTCACGATGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109525 ACTGGAGCCAATATAACGGTA...CAGGTATACCATACTTTTCACGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTGGATGAGTATCGGCGACACTGGTGGCGCTGCAATGGGCCGTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112944 GGTGGATGAGTATCGGCGACACTGGTGGCGCTGCAATGGGCCGTGCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAGGCCACCGTATTACGGCTATGTCAAACGAGCTACTAACAGGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112994 ACAGGCCACCGTATTACGGCTATGTCAAACGAGCTACTAACAGGGAACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGCTCATGACTATTGGTGGGCTGAGCACCAGAAAACCTGTGGAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113044 TCTGCTCATGACTATTGGTGGGCTGAGCACCAGAAAACCTGTGGAGGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTACATAAAAATCAAGGAACCAGAGAATTACTCAAAAAAAGGCAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113094 TTACATAAAAATCAAGGAACCAGAGAATTACTCAAAAAAAGGCAAAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGCAAAACTAGGAAAGGAACCAGTATTGGCCGCAGAGAATAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113144 AGGCAAAACTAGGAAAGGAACCAGTATTGGCCGCAGAGAATAAAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719     ATAAACCCAACAGAGGTGAGGCCCAGCTAGTAATCCCTTTTAGTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113194 .CAGATAAACCCAACAGAGGTGAGGCCCAGCTAGTAATCCCTTTTAGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAAAGGATATGTTCTAGGAGAAACAAGCAATTTACCTTCACCTGGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114273 GAAAGGATATGTTCTAGGAGAAACAAGCAATTTACCTTCACCTGGGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGATCACTTCACATGCCATTAATAAAACCCAAGATCTTTTAAATCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114323 TGATCACTTCACATGCCATTAATAAAACCCAAGATCTTTTAAATCAAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CATTCAGCAAATGCTGTAAGACTTAATTCTAAAATCAAGGTGAAATTTGA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 114373 CATTCAGCAAATGCTGTAAGACCTAATTCTAAAATCAAGGTGAAATTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACAGAATGGTTCAAGTAAAAATTCTCATCTGGTCTCCCCTGCTGTTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114423 ACAGAATGGTTCAAGTAAAAATTCTCATCTGGTCTCCCCTGCTGTTAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACAGTCACCAAAATGTTCTAAGCAACTACTTTCCTAGAGTATCATTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114473 ACAGTCACCAAAATGTTCTAAGCAACTACTTTCCTAGAGTATCATTTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AACCAAAAGGCTTTCAGAGGTGTGAATGGATCTCCAAGGATAAGTGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114523 AACCAAAAGGCTTTCAGAGGTGTGAATGGATCTCCAAGGATAAGTGTAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGTTGGCAACATCCCTAAAAACTCAGTCTCTTCTAGTTCTCAGAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114573 AGTTGGCAACATCCCTAAAAACTCAGTCTCTTCTAGTTCTCAGAGAAGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TTTCATCTTCTAAGATATCCCTAAGAAATTCTTCAAAAGTAACGGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114623 TTTCATCTTCTAAGATATCCCTAAGAAATTCTTCAAAAGTAACGGAATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GCATCTGTGATGCCATCCCAGGATGTGAGTGGGTCTGAAGATACATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114673 GCATCTGTGATGCCATCCCAGGATGTGAGTGGGTCTGAAGATACATTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAATAAACGACCTAGGCTAGAAGATAAGACTGTTTTTGACAATTTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114723 AAATAAACGACCTAGGCTAGAAGATAAGACTGTTTTTGACAATTTTTTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TCAAGAAAGAGCAAATAAAAAGCAGTGGTAATGATCCAAAGTATAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114773 TCAAGAAAGAGCAAATAAAAAGCAGTGGTAATGATCCAAAGTATAGTACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ACCACAGCTCAGAATTCCAGCAGTTCATCCAGTCAGAGCAAAATGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114823 ACCACAGCTCAGAATTCCAGCAGTTCATCCAGTCAGAGCAAAATGGTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TTGCCCAGTTTGTCAGAATGAAGTTCTGGAGTCTCAGATTAATGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114873 TTGCCCAGTTTGTCAGAATGAAGTTCTGGAGTCTCAGATTAATGAGCACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGGACTGGTGCCTTGAAGGTGACAGCATCAAAGTCAAAAGCGAAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114923 TGGACTGGTGCCTTGAAGGTGACAGCATCAAAGTCAAAAGCGAAGAAAGT

   1500 
   1465 CTT
        |||
 114973 CTT