seq1 = pF1KE0303.tfa, 1788 bp
seq2 = pF1KE0303/gi568815575f_154195860.tfa (gi568815575f:154195860_154429685), 233826 bp

>pF1KE0303 1788
>gi568815575f:154195860_154429685 (ChrX)

1-134  (100001-100134)   99% ->
135-252  (109445-109562)   100% ->
253-350  (113486-113583)   100% ->
351-542  (114977-115168)   99% ->
543-670  (115252-115379)   100% ->
671-864  (116721-116914)   100% ->
865-1029  (119314-119478)   100% ->
1030-1186  (124898-125054)   100% ->
1187-1317  (127348-127478)   100% ->
1318-1401  (129480-129563)   100% ->
1402-1498  (131732-131828)   100% ->
1499-1618  (131980-132099)   100% ->
1619-1788  (133657-133826)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATGCTGAGGCGAGGGCTGAGTTCCCGGAGGAGGCCAGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGATGCTGAGGCGAGGGCTGAGTTCCCGGAGGAGGCCAGACCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGGGCACCTTGCAGGTGTTTCAAGATATGGCCAGCCGCTTGCGAATCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGGGCACCTTGCAGGTGTTGCAAGATATGGCCAGCCGCTTGCGAATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTCCATCAGGGCCACATGCTCCACGAGCTCCGG         CCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 ATTCCATCAGGGCCACATGCTCCACGAGCTCCGGGTA...CAGCCACCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATCATGTAGCAGTTCTTCTGAGATCATGTCTGTGCTGTTCTTCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109452 ACATCATGTAGCAGTTCTTCTGAGATCATGTCTGTGCTGTTCTTCTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGAGGTACAAGCAGTCAGATCCAGAGAATCCGGACAACGACCGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109502 CATGAGGTACAAGCAGTCAGATCCAGAGAATCCGGACAACGACCGATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTCGCAAAG         AGACTGTCGTTTGTGGATGTGGCAACAGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109552 TCCTCGCAAAGGTA...CAGAGACTGTCGTTTGTGGATGTGGCAACAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGCTCGGACAAGGACTGGGAGTTGCATGTGGAATGGCATATACTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113516 TGGCTCGGACAAGGACTGGGAGTTGCATGTGGAATGGCATATACTGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTACTTCGACAGGGCCAG         CTACCGGGTGTTCTGCCTCATGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113566 GTACTTCGACAGGGCCAGGTG...CAGCTACCGGGTGTTCTGCCTCATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGATGGCGAGTCCTCAGAAGGCTCTGTCTGGGAGGCAATGGCCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115000 GTGATGGCGAGTCCTCAGAAGGCTCTGTCTGGGAGGCAATGGCCTTTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCTACTACAGTCTGGACAATCTTGTGGCAACCTTTGATGTGAACCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 115050 TCCTACTACAGTCTGGACAATCTTGTGGCAATCTTTGATGTGAACCGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGACACAGTGGTGCATTGCCCGCCGAGCACTGCATAAACATCTATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115100 GGGACACAGTGGTGCATTGCCCGCCGAGCACTGCATAAACATCTATCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCGCTGCGAAGCCTTTGG         GTGGAACACTTATGTGGTGGAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115150 GGCGCTGCGAAGCCTTTGGGTA...CAGGTGGAACACTTATGTGGTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCCGGGACGTGGAGGCACTGTGCCAGGTATTCTGGCAGGCTTCTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115274 GGCCGGGACGTGGAGGCACTGTGCCAGGTATTCTGGCAGGCTTCTCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGCACAAGCCCACTGCTGTGGTGGCCAAGACCTTCAAGGGCCGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115324 GAAGCACAAGCCCACTGCTGTGGTGGCCAAGACCTTCAAGGGCCGGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCCAA         GTATTGAGGATGCAGAAAGTTGGCATGCAAAGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115374 CCCCAAGTA...CAGGTATTGAGGATGCAGAAAGTTGGCATGCAAAGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGCCGAGAGAAAGAGCAGATGCCATTATCAAATTAATTGAGAGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116756 ATGCCGAGAGAAAGAGCAGATGCCATTATCAAATTAATTGAGAGCCAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAGACCAGCAGGAATCTTGACCCACAGCCCCCCATTGAGGACTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116806 ACAGACCAGCAGGAATCTTGACCCACAGCCCCCCATTGAGGACTCACCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGTCAACATCACAGATGTAAGGATGACCTCTCCACCTGATTACAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116856 AAGTCAACATCACAGATGTAAGGATGACCTCTCCACCTGATTACAGAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGTGACAAG         ATAGCTACTCGGAAAGCATGCGGTCTGGCTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116906 GGTGACAAGGTA...TAGATAGCTACTCGGAAAGCATGCGGTCTGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCTAAGCTGGGCTACGCGAACAACAGAGTCGTTGTGCTGGATGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119346 GGCTAAGCTGGGCTACGCGAACAACAGAGTCGTTGTGCTGGATGGTGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCAGGTACTCTACTTTCTCTGAGATATTCAACAAGGAGTACCCTGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119396 CCAGGTACTCTACTTTCTCTGAGATATTCAACAAGGAGTACCCTGAGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTCATCGAGTGCTTTATGGCTGAACAAAACATG         GTGAGCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119446 TTCATCGAGTGCTTTATGGCTGAACAAAACATGGTG...CAGGTGAGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCTCTGGGCTGTGCCTCCCGTGGACGGACCATTGCTTTTGCTAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124906 GGCTCTGGGCTGTGCCTCCCGTGGACGGACCATTGCTTTTGCTAGCACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGCTGCCTTTCTGACTCGAGCATTTGATCACATCCGGATAGGAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124956 TTGCTGCCTTTCTGACTCGAGCATTTGATCACATCCGGATAGGAGGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCTGAGAGCAACATCAACATTATTGGTTCCCACTGTGGGGTATCTGTTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 125006 GCTGAGAGCAACATCAACATTATTGGTTCCCACTGTGGGGTATCTGTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187         GTGACGATGGTGCTTCCCAGATGGCCCTGGAGGATATAGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125056 TA...CAGGTGACGATGGTGCTTCCCAGATGGCCCTGGAGGATATAGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGTTCCGAACCATTCCCAAGTGCACGATCTTCTACCCAACTGATGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127390 TGTTCCGAACCATTCCCAAGTGCACGATCTTCTACCCAACTGATGCCGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCCACGGAGCATGCTGTTGCTCTGGCAGCCAATGCCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127440 TCCACGGAGCATGCTGTTGCTCTGGCAGCCAATGCCAAGGTA...TAGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GATGTGCTTCATTCGGACCACCCGACCAGAAACTATGGTTATTTACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129482 GATGTGCTTCATTCGGACCACCCGACCAGAAACTATGGTTATTTACACCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CACAAGAACGCTTTGAGATCGGACAGGCCAAG         GTCCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 129532 CACAAGAACGCTTTGAGATCGGACAGGCCAAGGTA...CAGGTCCTCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CACTGTGTCAGTGACAAGGTCACAGTTATTGGAGCTGGAATTACTGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131741 CACTGTGTCAGTGACAAGGTCACAGTTATTGGAGCTGGAATTACTGTGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGAAGCCTTAGCAGCTGCTGATGAGCTTTCGAAACAAG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131791 TGAAGCCTTAGCAGCTGCTGATGAGCTTTCGAAACAAGGTC...CAGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTTTTATCCGTGTCATCGACCTGTTTACCATTAAACCTCTGGATGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131983 TTTTTATCCGTGTCATCGACCTGTTTACCATTAAACCTCTGGATGTCGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ACCATCGTCTCCAGTGCAAAAGCCACAGAGGGCCGGATCATTACAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132033 ACCATCGTCTCCAGTGCAAAAGCCACAGAGGGCCGGATCATTACAGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGATCACTACCCGCAAG         GTGGCATCGGGGAAGCTGTCTGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132083 GGATCACTACCCGCAAGGTG...CAGGTGGCATCGGGGAAGCTGTCTGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CAGCCGTCTCCATGGATCCTGACATTCAGGTTCATTCGCTGGCAGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133681 CAGCCGTCTCCATGGATCCTGACATTCAGGTTCATTCGCTGGCAGTGTCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGAGTGCCCCAGAGTGGGAAGTCCGAGGAATTGCTGGATATGTATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133731 GGAGTGCCCCAGAGTGGGAAGTCCGAGGAATTGCTGGATATGTATGGAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1743 TAGTGCCAGACATATCATAGTGGCCGTGAAATGCATGTTGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133781 TAGTGCCAGACATATCATAGTGGCCGTGAAATGCATGTTGCTGAAC