seq1 = pF1KE0294.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE0294/gi568815597r_158298525.tfa (gi568815597r:158298525_158499466), 200942 bp

>pF1KE0294 942
>gi568815597r:158298525_158499466 (Chr1)

(complement)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAGGTTTCAACAAAACCACTGTGGTTACACAGTTCATCCTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAGGTTTCAACAAAACCACTGTGGTTACACAGTTCATCCTGGTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCTCCAGCCTGGGGGAGCTCCAGCTGCTGCTTTTTGTCATCTTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCTCCAGCCTGGGGGAGCTCCAGCTGCTGCTTTTTGTCATCTTTCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTATACTTGACAATCCTGGTGGCCAATGTGACCATCATGGCCGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTATACTTGACAATCCTGGTGGCCAATGTGACCATCATGGCCGTTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTCAGCTGGACTCTCCACACTCCCATGTATGGCTTTCTATTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTTCAGCTGGACTCTCCACACTCCCATGTATGGCTTTCTATTCATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCATTTTCTGAGTCCTGCTACACTTTTGTCATCATCCCTCAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCATTTTCTGAGTCCTGCTACACTTTTGTCATCATCCCTCAGCTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCACCTGCTCTCAGACACCAAGACCATCTCCTTCATGGCCTGTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCACCTGCTCTCAGACACCAAGACCATCTCCTTCATGGCCTGTGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCTGTTCTTTTTCCTTGGCTTTGCTTGCACCAACTGCCTCCTCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCTGTTCTTTTTCCTTGGCTTTGCTTGCACCAACTGCCTCCTCATTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTGATGGGATATGATCGCTATGTAGCAATTTGTCACCCTCTGAGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTGATGGGATATGATCGCTATGTAGCAATTTGTCACCCTCTGAGGTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACTCATCATAAACAAAAGGCTGGGGTTGGAGTTGATTTCTCTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACTCATCATAAACAAAAGGCTGGGGTTGGAGTTGATTTCTCTCTCAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCACAGGTTTCTTTATTGCTTTGGTGGCCACCAACCTCATTTGTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCACAGGTTTCTTTATTGCTTTGGTGGCCACCAACCTCATTTGTGACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGTTTTTGTGGCCCCAACAGGGTTAACCACTATTTCTGTGACATGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCGTTTTTGTGGCCCCAACAGGGTTAACCACTATTTCTGTGACATGGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGTTATCAAGTTAGCCTGCACTGACACCCATGTGAAAGAGCTGGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGTTATCAAGTTAGCCTGCACTGACACCCATGTGAAAGAGCTGGCTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTAGCCTCAGCATCCTGGTAATTATGGTGCCTTTTCTGTTAATTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTAGCCTCAGCATCCTGGTAATTATGGTGCCTTTTCTGTTAATTCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATCCTATGGCTTCATAGTTAACACCATCCTGAAGATCCCCTCAGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATCCTATGGCTTCATAGTTAACACCATCCTGAAGATCCCCTCAGCTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAAGAAGGCCTTTGTCACCTGTGCCTCACATCTCACTGTGGTCTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAAGAAGGCCTTTGTCACCTGTGCCTCACATCTCACTGTGGTCTTTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACTATGGCTGTGCCTCTATCATCTATCTGCGGCCCAAGTCCAAGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACTATGGCTGTGCCTCTATCATCTATCTGCGGCCCAAGTCCAAGTCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCAGACAAGGATCAGTTGGTGGCAGTGACCTACACAGTGGTTACTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCAGACAAGGATCAGTTGGTGGCAGTGACCTACACAGTGGTTACTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TACTTAATCCTCTTGTCTACAGTCTGAGGAACAAAGAGGTAAAAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TACTTAATCCTCTTGTCTACAGTCTGAGGAACAAAGAGGTAAAAACTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGAAAAGAGTTCTTGGAATGCCTGTGGCAACCAAGATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGAAAAGAGTTCTTGGAATGCCTGTGGCAACCAAGATGAGC