seq1 = pF1KE0293.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE0293/gi568815583f_22686704.tfa (gi568815583f:22686704_22924236), 237533 bp

>pF1KE0293 987
>gi568815583f:22686704_22924236 (Chr15)

1-178  (99954-100131)   100% ->
179-226  (124046-124093)   100% ->
227-317  (125460-125550)   100% ->
318-478  (133610-133770)   98% ->
479-987  (137025-137533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACTGCAGCTGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99954 ATGGGGACTGCAGCTGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGGGGCGCGTAGCCCGAGCCCCGCCGCCGTGTCGCTCGGCCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 GGAGGGGGCGCGTAGCCCGAGCCCCGCCGCCGTGTCGCTCGGCCTGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCGTCGTGTCGAGCCTGGTGAACGGGTCCACGTTCGTGCTACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100054 TGGCCGTCGTGTCGAGCCTGGTGAACGGGTCCACGTTCGTGCTACAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGGCATCGTGCGTGCCAAGCGGCGAG         GTACTTCCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100104 AAGGGCATCGTGCGTGCCAAGCGGCGAGGTA...TAGGTACTTCCTATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACAGACATTGTGTGGTGGGCTGGCACAATCGCAA         TGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 124059 AACAGACATTGTGTGGTGGGCTGGCACAATCGCAAGTA...CAGTGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGCCAGATTGGAAACTTCCTGGCTTACACGGCGGTCCCCACGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125466 TTGGCCAGATTGGAAACTTCCTGGCTTACACGGCGGTCCCCACGGTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAACCCCCCTGGGCGCCCTTGGAGTACCGTTCGG         GTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125516 GTAACCCCCCTGGGCGCCCTTGGAGTACCGTTCGGGTG...AAGGTCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTAGCTTCCTATCTCCTGAAGGAAAAGCTCAACATCTTGGGCAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133616 TTTAGCTTCCTATCTCCTGAAGGAAAAGCTCAACATCTTGGGCAAGTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGTGCCTGCTAAGCTGTGCAGGCTCCGTCGTGCTGATTATCCACTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133666 GGTGCCTGCTAAGCTGTGCAGGCTCCGTCGTGCTGATTATCCACTCCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGTCTGAGAGTGTGACGACTCAGGCTGAGCTGGAGGAAAAGCTGACCAA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 133716 AAGTCTGAGAGTGTGACAACTCAGGCTGAGCTGGAGGAAAAGCTGACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCAG         TGTTTGTGGGCTACCTGTGCATCGTGCTGCTCATGC
         ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133766 TCCAGGTA...CAGTGTTTGTGGGCTACCTGTGCATCGTGCTGCTCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGCTGCTCATCTTCTGGATCGCGCCGGCCCATGGGCCCACCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137061 TGCTGCTGCTCATCTTCTGGATCGCGCCGGCCCATGGGCCCACCAACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGGTCTACATCAGCATCTGCTCCTTGCTGGGCAGTTTCACCGTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137111 ATGGTCTACATCAGCATCTGCTCCTTGCTGGGCAGTTTCACCGTGCCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCAAGGGCATCGGGCTGGCGGCCCAAGACATCTTGCATAACAACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137161 CACCAAGGGCATCGGGCTGGCGGCCCAAGACATCTTGCATAACAACCCGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAGTCAGAGAGCCCTCTGCCTGTGCCTGGTACTCCTGGCCGTGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137211 CCAGTCAGAGAGCCCTCTGCCTGTGCCTGGTACTCCTGGCCGTGCTCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCAGCATCATCGTCCAGTTCAGGTACATCAACAAGGCGCTGGAGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137261 TGCAGCATCATCGTCCAGTTCAGGTACATCAACAAGGCGCTGGAGTGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGACTCCTCGGTGTTCGGGGCCATCTACTACGTCGTGTTTACCACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137311 CGACTCCTCGGTGTTCGGGGCCATCTACTACGTCGTGTTTACCACGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCTGCTGGCCTCAGCCATCCTCTTCCGGGAGTGGAGCAACGTGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137361 TCCTGCTGGCCTCAGCCATCCTCTTCCGGGAGTGGAGCAACGTGGGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGGACTTCTTGGGGATGGCCTGTGGATTCACGACCGTCTCCGTGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137411 GTGGACTTCTTGGGGATGGCCTGTGGATTCACGACCGTCTCCGTGGGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGTCCTTATACAGGTGTTCAAAGAGTTCAATTTCAACCTTGGGGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137461 TGTCCTTATACAGGTGTTCAAAGAGTTCAATTTCAACCTTGGGGAGATGA

   1000     .    :    .    :
    965 ACAAATCTAATATGAAAACAGAC
        |||||||||||||||||||||||
 137511 ACAAATCTAATATGAAAACAGAC