seq1 = pF1KE0291.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE0291/gi568815577f_39665537.tfa (gi568815577f:39665537_39901354), 235818 bp

>pF1KE0291 1221
>gi568815577f:39665537_39901354 (Chr21)

1-17  (79974-79990)   100% ->
18-100  (80680-80762)   100% ->
101-418  (99999-100316)   100% ->
419-718  (105380-105679)   100% ->
719-934  (113554-113769)   100% ->
935-956  (122631-122652)   100% ->
957-1048  (126472-126563)   100% ->
1049-1128  (127998-128077)   100% ->
1129-1221  (135726-135818)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCAGAAGGAAAG         GAGCACAGCAGATACTCTGCCGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  79974 ATGGGTCAGAAGGAAAGGTA...CAGGAGCACAGCAGATACTCTGCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGGAGGAATGGAAGTCAGCGGCGGGTCTGCGATGGTGGCAAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80704 TCTGGAGGAATGGAAGTCAGCGGCGGGTCTGCGATGGTGGCAAACAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTGGACG         GTTCTGGGTCTGGTAATGAAGTCATAGAAGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  80754 TGGTGGACGGTG...CAGGTTCTGGGTCTGGTAATGAAGTCATAGAAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCCCAAAATGCAAGAGTCCTGAAGGGCTCCCAGGCTCGCTTCAACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100031 CCCCAAAATGCAAGAGTCCTGAAGGGCTCCCAGGCTCGCTTCAACTGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGTCTCCCAGGGCTGGAAGCTCATCATGTGGGCTCTCAGTGACATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100081 CGTCTCCCAGGGCTGGAAGCTCATCATGTGGGCTCTCAGTGACATGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTAAGCGTCAGGCCCATGGAGCCCATCATCACCAATGACCGCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100131 TGCTAAGCGTCAGGCCCATGGAGCCCATCATCACCAATGACCGCTTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTCAGAGGTACGACCAGGGCGGGAACTTCACCTCGGAGATGATCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100181 TCTCAGAGGTACGACCAGGGCGGGAACTTCACCTCGGAGATGATCATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATGTGGAGCCCAGTGATTCGGGGAACATCAGATGCAGCCTCCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100231 CAATGTGGAGCCCAGTGATTCGGGGAACATCAGATGCAGCCTCCAGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCGCCTGCATGGATCTGCTTACCTTACCGTCCAAG         TTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100281 GTCGCCTGCATGGATCTGCTTACCTTACCGTCCAAGGTG...TAGTTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAGCTGTTCATTCCCAGTGTTAATCTTGTAGTCGCTGAGAATGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105385 GGAGAGCTGTTCATTCCCAGTGTTAATCTTGTAGTCGCTGAGAATGAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGTGAAGTTACTTGTCTACCCTCACACTGGACCCGGCTCCCGGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105435 TTGTGAAGTTACTTGTCTACCCTCACACTGGACCCGGCTCCCGGATATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTGGGAGCTCGGTCTCCTGGTCAGCCATTCAAGCTATTATTTTGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105485 CCTGGGAGCTCGGTCTCCTGGTCAGCCATTCAAGCTATTATTTTGTTCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCCCAGCGACCTTCAAAGTGCAGTGAGCATCCTGGCTCTGACCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105535 GAGCCCAGCGACCTTCAAAGTGCAGTGAGCATCCTGGCTCTGACCCCACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGCAATGGGACTTTGACTTGCGTGGCTACCTGGAAGAGCCTGAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105585 GAGCAATGGGACTTTGACTTGCGTGGCTACCTGGAAGAGCCTGAAGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAAGTCTGCAACTGTAAATCTCACTGTGATTCGGTGTCCCCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105635 GCAAGTCTGCAACTGTAAATCTCACTGTGATTCGGTGTCCCCAAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719     ACACTGGAGGTGGTATTAATATTCCAGGTGTATTATCAAGTTTACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105685 .TAGACACTGGAGGTGGTATTAATATTCCAGGTGTATTATCAAGTTTACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAGTTTAGGTTTTTCATTGCCTACTTGGGGCAAAGTTGGACTTGGACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113600 GAGTTTAGGTTTTTCATTGCCTACTTGGGGCAAAGTTGGACTTGGACTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGGCACCATGCTTCTGACGCCGACGTGTACTCTTACAATACGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113650 CAGGCACCATGCTTCTGACGCCGACGTGTACTCTTACAATACGCTGCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGCTGCCGCCGTCGTTGTTGTGGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTGTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113700 TGCTGCCGCCGTCGTTGTTGTGGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTGTTGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTGCTGTAGAAGAAAAAGAG         GATTTCGTATTCAATTTCAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113750 CTGCTGTAGAAGAAAAAGAGGTA...CAGGATTTCGTATTCAATTTCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 A         GAAATCTGAAAAAGAGAAGACAAACAAAGAAACTGAGACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122652 AGTA...TAGGAAATCTGAAAAAGAGAAGACAAACAAAGAAACTGAGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAAAGTGGAAATGAAAACTCCGGCTACAATTCAGATGAACAAAAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126512 GAAAGTGGAAATGAAAACTCCGGCTACAATTCAGATGAACAAAAGACCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AG         ACACCGCTTCTCTCCCTCCCAAATCCTGTGAATCCAGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126562 AGGTG...CAGACACCGCTTCTCTCCCTCCCAAATCCTGTGAATCCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATCCTGAACAAAGAAACAGTAGCTGTGGCCCTCCTCACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128037 ATCCTGAACAAAGAAACAGTAGCTGTGGCCCTCCTCACCAGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGGGCTGATCAACGTCCACCCAGGCCAGCAAGTCATCCACAGGCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135726 CGGGCTGATCAACGTCCACCCAGGCCAGCAAGTCATCCACAGGCTTCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAATCTGGCCAGTCCTGAGAAGGTCAGTAATACAACTGTAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135776 TAATCTGGCCAGTCCTGAGAAGGTCAGTAATACAACTGTAGTA