seq1 = pF1KE0279.tfa, 624 bp
seq2 = pF1KE0279/gi568815595f_138272884.tfa (gi568815595f:138272884_138502266), 229383 bp

>pF1KE0279 624
>gi568815595f:138272884_138502266 (Chr3)

1-193  (100001-100193)   100% ->
194-347  (124441-124594)   100% ->
348-447  (125586-125685)   100% ->
448-527  (127651-127730)   100% ->
528-624  (129287-129383)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACCAGCGCCGTCCCCAGTGACAACCTCCCCACATACAAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACCAGCGCCGTCCCCAGTGACAACCTCCCCACATACAAGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGTGGGGGATGGGGGTGTGGGCAAAAGTGCCCTCACCATCCAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGTGGGGGATGGGGGTGTGGGCAAAAGTGCCCTCACCATCCAGTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGAAGATCTTTGTGCCTGACTATGACCCCACCATTGAAGACTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGAAGATCTTTGTGCCTGACTATGACCCCACCATTGAAGACTCCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGAAACATACGGAGATTGACAATCAATGGGCCATCTTGGACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100151 CTGAAACATACGGAGATTGACAATCAATGGGCCATCTTGGACGGTG...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194   TTCTGGACACAGCTGGGCAGGAGGAATTCAGCGCCATGCGGGAGCAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124439 AGTTCTGGACACAGCTGGGCAGGAGGAATTCAGCGCCATGCGGGAGCAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATGCGCACGGGGGATGGCTTCCTCATCGTCTACTCCGTCACTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124489 ACATGCGCACGGGGGATGGCTTCCTCATCGTCTACTCCGTCACTGACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAGCTTTGAGCACGTGGACCGCTTCCACCAGCTTATCCTGCGCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124539 GCCAGCTTTGAGCACGTGGACCGCTTCCACCAGCTTATCCTGCGCGTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGACAG         GGAGTCATTCCCGATGATCCTCGTGGCCAACAAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124589 AGACAGGTG...CAGGGAGTCATTCCCGATGATCCTCGTGGCCAACAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCGATTTGATGCACTTGAGGAAGATCACCAGGGAGCAAGGAAAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125621 TCGATTTGATGCACTTGAGGAAGATCACCAGGGAGCAAGGAAAAGAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCGACCAAACACAAT         ATTCCGTACATAGAAACCAGTGCCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125671 GCGACCAAACACAATGTA...CAGATTCCGTACATAGAAACCAGTGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACCCACCTCTCAATGTCGACAAAGCCTTCCATGACCTCGTTAGAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127677 GGACCCACCTCTCAATGTCGACAAAGCCTTCCATGACCTCGTTAGAGTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTAG         GCAACAGATTCCGGAAAAAAGCCAGAAGAAGAAGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127727 TTAGGTG...AAGGCAACAGATTCCGGAAAAAAGCCAGAAGAAGAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAACCAAATGGCGGGGAGACCGGGCCACAGGCACCCACAAACTGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129324 AAAACCAAATGGCGGGGAGACCGGGCCACAGGCACCCACAAACTGCAATG

    650     .    :
    615 TGTGATCTTG
        ||||||||||
 129374 TGTGATCTTG