seq1 = pF1KE0278.tfa, 633 bp
seq2 = pF1KE0278/gi568815597f_20039428.tfa (gi568815597f:20039428_20248398), 208971 bp

>pF1KE0278 633
>gi568815597f:20039428_20248398 (Chr1)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-169  (100739-100791)   100% ->
170-314  (104019-104163)   100% ->
315-424  (105153-105262)   100% ->
425-633  (108763-108971)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGATGGGGCAAAGGCCAACCCCAAAGGGTTCAAAAAGAAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGATGGGGCAAAGGCCAACCCCAAAGGGTTCAAAAAGAAGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATAGATGCTTCTCTGGGTGGAGGGGCCCACGCTTCGGGGCCTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATAGATGCTTCTCTGGGTGGAGGGGCCCACGCTTCGGGGCCTCCTGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTCAAGAACCTCCAG         GTCTAGCCTGGGTATGAAGAAGTTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTCAAGAACCTCCAGGTA...CAGGTCTAGCCTGGGTATGAAGAAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACCGTGGCCATCCTTGCTGGCAGCG         TTCTGTCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100764 TTCACCGTGGCCATCCTTGCTGGCAGCGGTG...CAGTTCTGTCCACAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCACGGCAGCCTGCTCAACCTGAAGGCCATGGTGGAGGCCGTCACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104032 TCACGGCAGCCTGCTCAACCTGAAGGCCATGGTGGAGGCCGTCACAGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAGCGCCATCCTGTCCTTCGTGGGCTACGGTTGCTACTGTGGGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104082 GGAGCGCCATCCTGTCCTTCGTGGGCTACGGTTGCTACTGTGGGCTGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCCGTGGCCAGCCCAAGGATGAGGTGGACTG         GTGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104132 GGCCGTGGCCAGCCCAAGGATGAGGTGGACTGGTA...TAGGTGCTGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGCCCACGACTGCTGCTACCAGGAACTCTTTGACCAAGGCTGTCACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105162 CGCCCACGACTGCTGCTACCAGGAACTCTTTGACCAAGGCTGTCACCCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGTGGACCACTATGATCACACCATCGAGAACAACACTGAGATAGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105212 ATGTGGACCACTATGATCACACCATCGAGAACAACACTGAGATAGTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 A         GTGACCTCAACAAGACAGAGTGTGACAAGCAGACATGCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105262 AGTG...TAGGTGACCTCAACAAGACAGAGTGTGACAAGCAGACATGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTGTGACAAGAACATGGTTCTGTGCCTCATGAACCAGACGTACCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108803 GTGTGACAAGAACATGGTTCTGTGCCTCATGAACCAGACGTACCGAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTACCGTGGCTTCCTCAATGTCTACTGCCAGGGCCCCACGCCCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108853 AGTACCGTGGCTTCCTCAATGTCTACTGCCAGGGCCCCACGCCCAACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCATCTATGAACCGCCCCCTGAGGAGGTCACCTGCAGTCACCAATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108903 AGCATCTATGAACCGCCCCCTGAGGAGGTCACCTGCAGTCACCAATCCCC

    650     .    :    .
    615 AGCGCCCCCCGCCCCTCCC
        |||||||||||||||||||
 108953 AGCGCCCCCCGCCCCTCCC