seq1 = pF1KE0271.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KE0271/gi568815587f_64941293.tfa (gi568815587f:64941293_65144724), 203432 bp

>pF1KE0271 1074
>gi568815587f:64941293_65144724 (Chr11)

1-574  (100001-100574)   100% ->
575-1074  (102933-103432)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGGCTGCGAGCTGCCCGTGGGCACCTGCCCGGACATGTGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCGGCTGCGAGCTGCCCGTGGGCACCTGCCCGGACATGTGCCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGAGCGCGCCCAGCGCGAAAGGGAGCACCGCCTGCACCGCTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGAGCGCGCCCAGCGCGAAAGGGAGCACCGCCTGCACCGCTTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGCCGGGTTGCCGCCAGGACCCGCCCCGCGCGGATCCGCAGCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGCCGGGTTGCCGCCAGGACCCGCCCCGCGCGGATCCGCAGCGCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGAAGGAGTACAGCCGACCCGCCGCCGGCAAGCCCCGGCCCCCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGAAGGAGTACAGCCGACCCGCCGCCGGCAAGCCCCGGCCCCCGCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGTTGCGTCCGCCCTCCGTGCTGCTGGCCACCGTGCGCTACCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGTTGCGTCCGCCCTCCGTGCTGCTGGCCACCGTGCGCTACCTGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGAGGTGGCGGAGAGCGCCGACATCGCCCGCGCCGAGGTGGCCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGAGGTGGCGGAGAGCGCCGACATCGCCCGCGCCGAGGTGGCCAGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGCAGACCGCTTGCGAGCTGTGCTCCTGGACCTGGCGCTGCAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGCAGACCGCTTGCGAGCTGTGCTCCTGGACCTGGCGCTGCAGGGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCGACGCCGAGGCAGCTGTGGTGCTGGAGGCGGCGCTGGCCACGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCGACGCCGAGGCAGCTGTGGTGCTGGAGGCGGCGCTGGCCACGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACCGTAGTGGCGCGGCTCGGGCCCGACGCGGCGCGGGGACCCGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACCGTAGTGGCGCGGCTCGGGCCCGACGCGGCGCGGGGACCCGCGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGGTGCTGCTGCAGGCCCAGGTGCAGGAGGGCTTCGGCTCGCTGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGGTGCTGCTGCAGGCCCAGGTGCAGGAGGGCTTCGGCTCGCTGCGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGCTACGCGCGGGGCGCCGGGCCGCACCCCCGCCAACCCGCCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGCTACGCGCGGGGCGCCGGGCCGCACCCCCGCCAACCCGCCTTCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTCTTTCTGCTCTATAACCTGG         GCTCGGTGGAAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100551 GCCTCTTTCTGCTCTATAACCTGGGTG...CAGGCTCGGTGGAAGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CATGAGGTTCTACAGCTGCCTGCTGCCCTGCGCGCCTGCCCGCCCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102950 CATGAGGTTCTACAGCTGCCTGCTGCCCTGCGCGCCTGCCCGCCCCTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAAGGCCTTGGCGGTAGATGCTGCCTTCCGAGAGGGCAATGCTGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103000 CAAGGCCTTGGCGGTAGATGCTGCCTTCCGAGAGGGCAATGCTGCCCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGTTCCGTCTGCTCCAGACCCTGCCCTACCTGCCAAGTTGCGCTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103050 TGTTCCGTCTGCTCCAGACCCTGCCCTACCTGCCAAGTTGCGCTGTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGCCATGTGGGCCATGCCCGCCGGGAAGCCCTGGCCCGCTTCGCTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103100 TGCCATGTGGGCCATGCCCGCCGGGAAGCCCTGGCCCGCTTCGCTCGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTTAGCACCCCCAAGGGCCAGACCTTGCCTCTGGGCTTCATGGTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 CTTTAGCACCCCCAAGGGCCAGACCTTGCCTCTGGGCTTCATGGTCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCTTGGCCCTGGATGGACTCAGGGAAGCACGGGACCTGTGCCAGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103200 TCTTGGCCCTGGATGGACTCAGGGAAGCACGGGACCTGTGCCAGGCCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGGCTGCCCTTGGACGGAGAGGAGAGAGTTGTGTTCCTGAGGGGTCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103250 GGGCTGCCCTTGGACGGAGAGGAGAGAGTTGTGTTCCTGAGGGGTCGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGTGGAGGAAGGGCTACCGCCTGCCAGTACGTGCAAGGTGTTAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 CGTGGAGGAAGGGCTACCGCCTGCCAGTACGTGCAAGGTGTTAGTGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCAAACTTCGAGGACGTACCCTGGAGGAGGTGGTCATGGCAGAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 GCAAACTTCGAGGACGTACCCTGGAGGAGGTGGTCATGGCAGAGGAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :
   1042 GATGAGGGCACGGACAGACCTGGGTCCCCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 103400 GATGAGGGCACGGACAGACCTGGGTCCCCAGCC