seq1 = pF1KE0264.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE0264/gi568815595r_142718338.tfa (gi568815595r:142718338_142988896), 270559 bp

>pF1KE0264 1245
>gi568815595r:142718338_142988896 (Chr3)

(complement)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-192  (101120-101228)   100% ->
193-448  (140425-140680)   100% ->
449-573  (145849-145973)   100% ->
574-710  (149991-150127)   100% ->
711-865  (159051-159205)   99% ->
866-949  (165282-165365)   100% ->
950-1117  (167852-168019)   100% ->
1118-1245  (170432-170559)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGGCGCGAACGCCTGGGCGCCACTCTGCCTGCTGCTGGCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGGCGCGAACGCCTGGGCGCCACTCTGCCTGCTGCTGGCTGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCCAGCTCTCGCGGCAGCAGTCCCCAGAGAG         ACCTGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 CACCCAGCTCTCGCGGCAGCAGTCCCCAGAGAGGTA...CAGACCTGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACATGTGGTGGCATTCTTACTGGAGAGTCTGGATTTATTGGCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 TCACATGTGGTGGCATTCTTACTGGAGAGTCTGGATTTATTGGCAGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTTTTCCTGGAGTGTACCCTCCAAATAGCAAATGTACTTGGAAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101178 GGTTTTCCTGGAGTGTACCCTCCAAATAGCAAATGTACTTGGAAAATCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 A         GTTCCCGAAGGAAAAGTAGTCGTTCTCAATTTCCGATTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 AGTA...CAGGTTCCCGAAGGAAAAGTAGTCGTTCTCAATTTCCGATTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGACCTCGAGAGTGACAACCTGTGCCGCTATGACTTTGTGGATGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140465 TAGACCTCGAGAGTGACAACCTGTGCCGCTATGACTTTGTGGATGTGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGGCCATGCCAATGGCCAGCGCATTGGCCGCTTCTGTGGCACTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140515 AATGGCCATGCCAATGGCCAGCGCATTGGCCGCTTCTGTGGCACTTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTGGAGCCCTTGTGTCCAGTGGCAACAAGATGATGGTGCAGATGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140565 GCCTGGAGCCCTTGTGTCCAGTGGCAACAAGATGATGGTGCAGATGATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGATGCCAACACAGCTGGCAATGGCTTCATGGCCATGTTCTCCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140615 CTGATGCCAACACAGCTGGCAATGGCTTCATGGCCATGTTCTCCGCTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAACCAAACGAAAGAG         GGGATCAGTATTGTGGAGGACTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 140665 GAACCAAACGAAAGAGGTA...AAGGGGATCAGTATTGTGGAGGACTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACAGACCTTCCGGCTCTTTTAAAACCCCCAACTGGCCAGACCGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145874 TGACAGACCTTCCGGCTCTTTTAAAACCCCCAACTGGCCAGACCGGGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCTGCAGGAGTCACTTGTGTGTGGCACATTGTAGCCCCAAAGAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145924 ACCCTGCAGGAGTCACTTGTGTGTGGCACATTGTAGCCCCAAAGAATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574          CTTATAGAATTAAAGTTTGAGAAGTTTGATGTGGAGCGAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145974 GTG...AAGCTTATAGAATTAAAGTTTGAGAAGTTTGATGTGGAGCGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAACTACTGCCGATATGATTATGTGGCTGTGTTTAATGGCGGGGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150032 TAACTACTGCCGATATGATTATGTGGCTGTGTTTAATGGCGGGGAAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACGATGCTAGAAGAATTGGAAAGTATTGTGGTGATAGTCCACCTGC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 150082 ACGATGCTAGAAGAATTGGAAAGTATTGTGGTGATAGTCCACCTGCGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711      ACCAATTGTGTCTGAGAGAAATGAACTTCTTATTCAGTTTTTATC
        ..>>> ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150132 ..TAGGCCAATTGTGTCTGAGAGAAATGAACTTCTTATTCAGTTTTTATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGACTTAAGTTTAACTGCAGATGGGTTTATTGGTCACTACATATTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159096 AGACTTAAGTTTAACTGCAGATGGGTTTATTGGTCACTACATATTCAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAAAAAAACTGCCTACAACTACAGAACAGCCTGTCACCACCACATTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159146 CAAAAAAACTGCCTACAACTACAGAACAGCCTGTCACCACCACATTCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTAACCACGG         GTTTAAAACCCACCGTGGCCTTGTGTCAACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 159196 GTAACCACGGGTA...AAGGTTTAAAACCCACCGTGGCCTTGTGTCAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAAGTGTAGACGGACGGGGACTCTGGAGGGCAATTATTGTTCAAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165313 AAAGTGTAGACGGACGGGGACTCTGGAGGGCAATTATTGTTCAAGTGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTG         TATTAGCCGGCACTGTTATCACAACCATCACTCGCGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165363 TTGGTA...CAGTATTAGCCGGCACTGTTATCACAACCATCACTCGCGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGAGTTTGCACGCCACAGTCTCGATCATCAACATCTACAAAGAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167890 GGGAGTTTGCACGCCACAGTCTCGATCATCAACATCTACAAAGAGGGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTTGGCGATTCAGCAGGCGGGCAAGAACATGAGTGCCAGGCTGACTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167940 TTTGGCGATTCAGCAGGCGGGCAAGAACATGAGTGCCAGGCTGACTGTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCTGCAAGCAGTGCCCTCTCCTCAGAAGAG         GTCTAAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 167990 TCTGCAAGCAGTGCCCTCTCCTCAGAAGAGGTG...TAGGTCTAAATTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATTATTATGGGCCAAGTAGGTGAAGATGGGCGAGGCAAAATCATGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170443 ATTATTATGGGCCAAGTAGGTGAAGATGGGCGAGGCAAAATCATGCCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAGCTTTATCATGATGTTCAAGACCAAGAATCAGAAGCTCCTGGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170493 CAGCTTTATCATGATGTTCAAGACCAAGAATCAGAAGCTCCTGGATGCCT

   1300     .    :    .
   1229 TAAAAAATAAGCAATGT
        |||||||||||||||||
 170543 TAAAAAATAAGCAATGT