seq1 = pF1KE0260.tfa, 294 bp
seq2 = pF1KE0260/gi568815594r_173288344.tfa (gi568815594r:173288344_173491414), 203071 bp

>pF1KE0260 294
>gi568815594r:173288344_173491414 (Chr4)

(complement)

1-242  (100001-100242)   100% ->
243-294  (103020-103071)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACTGATGGTACTTGTTTTCACCATTGGGCTAACTTTGCTGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACTGATGGTACTTGTTTTCACCATTGGGCTAACTTTGCTGCTAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTTCAAGCCATGCCTGCAAATCGCCTCTCTTGCTACAGAAAGATACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTTCAAGCCATGCCTGCAAATCGCCTCTCTTGCTACAGAAAGATACTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATCACAACTGTCACAACCTTCCGGAAGGAGTAGCTGACCTGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGATCACAACTGTCACAACCTTCCGGAAGGAGTAGCTGACCTGACACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGATGTCAATGTCCAGGATCATTTCTGGGATGGGAAGGGATGTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGATGTCAATGTCCAGGATCATTTCTGGGATGGGAAGGGATGTGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATCTGTTACTGCAACTTCAGCGAATTGCTCTGCTGCCCAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100201 GATCTGTTACTGCAACTTCAGCGAATTGCTCTGCTGCCCAAAGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243  AGACGTTTTCTTTGGACCAAAGATCTCTTTCGTGATTCCTTGCAACAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103019 GAGACGTTTTCTTTGGACCAAAGATCTCTTTCGTGATTCCTTGCAACAAT

    300 
    292 CAA
        |||
 103069 CAA