seq1 = pF1KE0257.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE0257/gi568815575f_136388115.tfa (gi568815575f:136388115_136592372), 204258 bp

>pF1KE0257 1197
>gi568815575f:136388115_136592372 (ChrX)

1-434  (100001-100434)   100% ->
435-786  (102019-102370)   100% ->
787-1197  (103848-104258)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAAAGGCAGCCTCACTCACCTAATCAGACTTTAATTTCAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAAAGGCAGCCTCACTCACCTAATCAGACTTTAATTTCAATCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATGACACAGAATCATCAAGCTCTGTGGTTTCTAACGATAACACAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAATGACACAGAATCATCAAGCTCTGTGGTTTCTAACGATAACACAAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGATGGAGCGGGGACAACTCTCCAGGAATAGAAGCATTGTGTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGATGGAGCGGGGACAACTCTCCAGGAATAGAAGCATTGTGTGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATATTACTTATGCTGTGATCATTTCAGTGGGCATCCTTGGAAATGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATATTACTTATGCTGTGATCATTTCAGTGGGCATCCTTGGAAATGCTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTCATCAAAGTCTTTTTCAAGACCAAATCCATGCAAACAGTTCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTCATCAAAGTCTTTTTCAAGACCAAATCCATGCAAACAGTTCCAAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTTCATCACCAGCCTGGCTTTTGGAGATCTTTTACTTCTGCTAACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTTCATCACCAGCCTGGCTTTTGGAGATCTTTTACTTCTGCTAACTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCCAGTGGATGCAACTCACTACCTTGCAGAAGGATGGCTGTTCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCCAGTGGATGCAACTCACTACCTTGCAGAAGGATGGCTGTTCGGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AATTGGTTGTAAGGTGCTCTCTTTCATCCGGCTCACTTCTGTTGGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AATTGGTTGTAAGGTGCTCTCTTTCATCCGGCTCACTTCTGTTGGTGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTGTTCACATTAACAATTCTCAGCGCTGACAG         ATACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100401 CAGTGTTCACATTAACAATTCTCAGCGCTGACAGGTG...TAGATACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCAGTTGTGAAGCCACTTGAGCGACAGCCCTCCAATGCCATCCTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102026 GCAGTTGTGAAGCCACTTGAGCGACAGCCCTCCAATGCCATCCTGAAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTGTGTAAAAGCTGGCTGCGTCTGGATCGTGTCTATGATATTTGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102076 TTGTGTAAAAGCTGGCTGCGTCTGGATCGTGTCTATGATATTTGCTCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGAGGCTATATTTTCAAATGTATACACTTTTCGAGATCCCAATAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102126 CTGAGGCTATATTTTCAAATGTATACACTTTTCGAGATCCCAATAAAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGACATTTGAATCATGTACCTCTTATCCTGTCTCTAAGAAGCTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102176 ATGACATTTGAATCATGTACCTCTTATCCTGTCTCTAAGAAGCTCTTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAAATACATTCTCTGCTGTGCTTCTTAGTGTTCTACATTATTCCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102226 AGAAATACATTCTCTGCTGTGCTTCTTAGTGTTCTACATTATTCCACTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTATTATCTCTGTCTACTATTCCTTGATTGCTAGGACCCTTTACAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102276 CTATTATCTCTGTCTACTATTCCTTGATTGCTAGGACCCTTTACAAAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCCTGAACATACCTACTGAGGAACAAAGCCATGCCCGTAAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102326 ACCCTGAACATACCTACTGAGGAACAAAGCCATGCCCGTAAGCAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787     ATTGAATCCCGAAAGAGAATTGCCAGAACGGTATTGGTGTTGGTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102376 .TAGATTGAATCCCGAAAGAGAATTGCCAGAACGGTATTGGTGTTGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTCTGTTTGCCCTCTGCTGGTTGCCAAATCACCTCCTGTACCTCTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103894 CTCTGTTTGCCCTCTGCTGGTTGCCAAATCACCTCCTGTACCTCTACCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCATTCACTTCTCAAACCTATGTAGACCCCTCTGCCATGCATTTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103944 TCATTCACTTCTCAAACCTATGTAGACCCCTCTGCCATGCATTTCATTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CACCATTTTCTCTCGGGTTTTGGCTTTCAGCAATTCTTGCGTAAACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103994 CACCATTTTCTCTCGGGTTTTGGCTTTCAGCAATTCTTGCGTAAACCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTGCTCTCTACTGGCTGAGCAAAAGCTTCCAGAAGCATTTTAAAGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104044 TTGCTCTCTACTGGCTGAGCAAAAGCTTCCAGAAGCATTTTAAAGCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TTGTTCTGTTGCAAGGCGGAGCGGCCTGAGCCTCCTGTTGCTGACACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104094 TTGTTCTGTTGCAAGGCGGAGCGGCCTGAGCCTCCTGTTGCTGACACCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCTTACCACCCTGGCTGTGATGGGAACGGTCCCGGGCACTGGGAGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104144 TCTTACCACCCTGGCTGTGATGGGAACGGTCCCGGGCACTGGGAGCATAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGATGTCTGAAATTAGTGTGACCTCGTTCACTGGGTGTAGTGTGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104194 AGATGTCTGAAATTAGTGTGACCTCGTTCACTGGGTGTAGTGTGAAGCAG

   1200     .    :    .
   1183 GCAGAGGACAGATTC
        |||||||||||||||
 104244 GCAGAGGACAGATTC