seq1 = pF1KE0256.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE0256/gi568815588f_88624544.tfa (gi568815588f:88624544_88852753), 228210 bp

>pF1KE0256 1197
>gi568815588f:88624544_88852753 (Chr10)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-223  (102252-102369)   100% ->
224-422  (106440-106638)   100% ->
423-532  (107635-107744)   100% ->
533-669  (107872-108008)   100% ->
670-816  (113092-113238)   100% ->
817-888  (115453-115524)   100% ->
889-960  (118707-118778)   100% ->
961-1197  (127974-128210)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCAGCTTTTAGCAGCAGCATGCTGGATGCTTCTTCTTGGATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCAGCTTTTAGCAGCAGCATGCTGGATGCTTCTTCTTGGATCTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATGGTTATGACAAGAAAGGAAACAATGCAAACCCTGAAGCTAATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTATGGTTATGACAAGAAAGGAAACAATGCAAACCCTGAAGCTAATATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATATT         AGCCAGATTATTTCTTACTGGGGTTATCCTTATGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATATTGTA...TAGAGCCAGATTATTTCTTACTGGGGTTATCCTTATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTATGATGTTACAACAAAAGATGGTTATATCCTTGGAATTTATAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102288 GAGTATGATGTTACAACAAAAGATGGTTATATCCTTGGAATTTATAGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCACATGGAAGAGGATGCCCAGGGAGGACAG         CTCCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102338 TCCACATGGAAGAGGATGCCCAGGGAGGACAGGTA...CAGCTCCAAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCTGTGTATTTGCAGCATGGCTTAATTGCATCTGCCAGTAACTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106449 CTGCTGTGTATTTGCAGCATGGCTTAATTGCATCTGCCAGTAACTGGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCAACCTGCCCAACAACAGTTTGGCTTTCCTTCTGGCAGATAGTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106499 TGCAACCTGCCCAACAACAGTTTGGCTTTCCTTCTGGCAGATAGTGGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACGTGTGGTTGGGGAACAGCCGAGGAAACACTTGGTCCAGAAAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106549 TGACGTGTGGTTGGGGAACAGCCGAGGAAACACTTGGTCCAGAAAACACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAAATTGTCACCGAAATCACCGGAATACTGGGCCTTCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106599 TTAAATTGTCACCGAAATCACCGGAATACTGGGCCTTCAGGTA...TAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGATGAGATGGCTAAATATGACCTTCCAGCCACAATCAATTTTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107636 TTGGATGAGATGGCTAAATATGACCTTCCAGCCACAATCAATTTTATCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAGAAAACTGGACAGAAGCGACTCTACTACGTGGGCCACTCACAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107686 AGAGAAAACTGGACAGAAGCGACTCTACTACGTGGGCCACTCACAAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACCATAG         CTTTTATAGCATTTTCTACAAACCCAGAACTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107736 CCACCATAGGTG...CAGCTTTTATAGCATTTTCTACAAACCCAGAACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTAAAAAGATTAAGATATTTTTTGCACTGGCTCCAGTTGTCACAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107904 GCTAAAAAGATTAAGATATTTTTTGCACTGGCTCCAGTTGTCACAGTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATACACCCAAAGTCCTATGAAAAAACTAACAACCCTTTCCAGGCGAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107954 ATACACCCAAAGTCCTATGAAAAAACTAACAACCCTTTCCAGGCGAGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAAG         GTGTTGTTTGGTGACAAAATGTTCCACCCTCATACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108004 TTAAGGTA...TAGGTGTTGTTTGGTGACAAAATGTTCCACCCTCATACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGTTTGACCAATTCATTGCCACCAAAGTGTGCAATCGAAAGCTATTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113128 TTGTTTGACCAATTCATTGCCACCAAAGTGTGCAATCGAAAGCTATTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCGTATTTGCAGCAACTTCCTATTTACTCTGAGTGGATTTGATCCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113178 TCGTATTTGCAGCAACTTCCTATTTACTCTGAGTGGATTTGATCCGCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACTTAAATATG         AGTCGCTTGGATGTTTATTTGTCACACAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113228 ACTTAAATATGGTA...CAGAGTCGCTTGGATGTTTATTTGTCACACAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGCGGGAACATCTGTTCAGAATATGCTGCACTGGGCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115483 CCTGCGGGAACATCTGTTCAGAATATGCTGCACTGGGCTCAGGTA...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889  GCTGTTAATTCTGGTCAGCTCCAAGCTTTTGATTGGGGAAACTCTGATC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118706 GGCTGTTAATTCTGGTCAGCTCCAAGCTTTTGATTGGGGAAACTCTGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGAACATGATGCACTTCCATCAG         CTTACACCTCCTTTATAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118756 AGAACATGATGCACTTCCATCAGGTA...TAGCTTACACCTCCTTTATAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACATTACTAAGATGGAAGTTCCAACAGCAATATGGAATGGTGGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127992 AACATTACTAAGATGGAAGTTCCAACAGCAATATGGAATGGTGGACAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATTGTGGCTGATCCCAAGGATGTTGAAAATTTACTTCCTCAAATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128042 CATTGTGGCTGATCCCAAGGATGTTGAAAATTTACTTCCTCAAATTGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCTTATTTATTACAAGCTGATTCCACACTACAATCATGTGGATTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128092 ACCTTATTTATTACAAGCTGATTCCACACTACAATCATGTGGATTTTTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTTGGAGAGGATGCACCTCAGGAAATTTACCAAGACCTAATTATATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128142 CTTGGAGAGGATGCACCTCAGGAAATTTACCAAGACCTAATTATATTGAT

   1250     .    :    .
   1179 GGAAGAATATTTACAAAAT
        |||||||||||||||||||
 128192 GGAAGAATATTTACAAAAT