seq1 = pF1KE0254.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KE0254/gi568815592f_131045332.tfa (gi568815592f:131045332_131381723), 336392 bp

>pF1KE0254 978
>gi568815592f:131045332_131381723 (Chr6)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-225  (114728-114867)   100% ->
226-362  (119750-119886)   100% ->
363-523  (123782-123942)   100% ->
524-636  (154130-154242)   100% ->
637-784  (174330-174477)   100% ->
785-978  (236199-236392)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGAGGAATTTGAAGCCAATACTATGGATTCTCTGGTAGACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGAGGAATTTGAAGCCAATACTATGGATTCTCTGGTAGACATGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTGCTACTGTAGATATTCAGGATGACTGTGGAA         TCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 ATTTGCTACTGTAGATATTCAGGATGACTGTGGAAGTA...TAGTCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAACCTCAAATAAATTTGAAGAGAAGTCAAGAAAATGAATGGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114734 ATGAACCTCAAATAAATTTGAAGAGAAGTCAAGAAAATGAATGGGTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGATCAAGTAAAGAAGAGGAAAAAAAAGAGAAAAGATTATCAACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114784 AGTGATCAAGTAAAGAAGAGGAAAAAAAAGAGAAAAGATTATCAACCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATTTCCTGTCCATTCCAATCACCAACAAAGAG         ATTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114834 CTATTTCCTGTCCATTCCAATCACCAACAAAGAGGTG...TAGATTATAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGGAATTAAGATCCTGCAGAATGCAATAATACAACAAGATGAGCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119757 AAGGAATTAAGATCCTGCAGAATGCAATAATACAACAAGATGAGCGACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAAAGCAATGGTCAGTGATGGTTCCTTTCATATTACCCTGCTGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119807 GCCAAAGCAATGGTCAGTGATGGTTCCTTTCATATTACCCTGCTGGTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAATTATTAAATGAAGATGAAGTAAACAT         TGGTATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119857 GCAATTATTAAATGAAGATGAAGTAAACATGTG...TAGTGGTATTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTTTTGGAATTGAAACCATTCATAGAAGAACTCCTCCAGGGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123793 CTCTTTTGGAATTGAAACCATTCATAGAAGAACTCCTCCAGGGAAAACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGACTTTGCCCTTTCAAGGGATTGGTACTTTTGGAAATCAGGTTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123843 TTGACTTTGCCCTTTCAAGGGATTGGTACTTTTGGAAATCAGGTTGGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTGAAGCTGGCAGAAGGAGATCATGTAAACTCACTTTTGGAGATAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123893 TGTGAAGCTGGCAGAAGGAGATCATGTAAACTCACTTTTGGAGATAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          AGACTGCAAATAGGACATTTCAAGAAAAAGGCATCCTGGTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123943 GTA...CAGAGACTGCAAATAGGACATTTCAAGAAAAAGGCATCCTGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAGAGAGCAGAAGTTTTAAACCTCATTTGACCTTCATGAAGTTGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154171 GGAGAGAGCAGAAGTTTTAAACCTCATTTGACCTTCATGAAGTTGTCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCACCGTGGCTCCGTAAGAAT         GGAGTGAAAAAAATAGATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 154221 ATCACCGTGGCTCCGTAAGAATGTG...AAGGGAGTGAAAAAAATAGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGATTTATATGAAAAGTTTATCAGTCACAGATTTGGAGAAGAAATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174349 CTGATTTATATGAAAAGTTTATCAGTCACAGATTTGGAGAAGAAATATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATCGCATAGATCTTTGCTCCATGCTGAAGAAAAAACAAAGTAATGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174399 TATCGCATAGATCTTTGCTCCATGCTGAAGAAAAAACAAAGTAATGGTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTATCACTGTGAATCTTCCATTGTGATTG         GTGAAAAGAACG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 174449 TTATCACTGTGAATCTTCCATTGTGATTGGTG...TAGGTGAAAAGAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGGGGAGCCCGATGACGCTGAACTAGTAAGGCTCAGTAAGAGGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236211 GAGGGGAGCCCGATGACGCTGAACTAGTAAGGCTCAGTAAGAGGCTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAACGCGGTGCTCAAGGCTGTCCAGCAGTATCTGGAGGAAACACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236261 GAGAACGCGGTGCTCAAGGCTGTCCAGCAGTATCTGGAGGAAACACAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAAAAACAAGCCGGGGGAGGGGAGCTCTGTGAAAACCGAAGCAGCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236311 TAAAAACAAGCCGGGGGAGGGGAGCTCTGTGAAAACCGAAGCAGCTGATC

   1000     .    :    .    :    .    :
    947 AGAATGGCAATGACAATGAGAACAACAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 236361 AGAATGGCAATGACAATGAGAACAACAGGAAA